四十一年五月，由少詹事擢礼部右侍郎，署部事。当是时，郊庙大享诸礼，帝二十余年不躬亲，东宫辍讲至八年，皇长孙九龄未就外傅，瑞王二十三未婚，楚宗人久锢未释，代王废长立幼，久不更正，臣僚章奏一切留中，福府庄田取盈四万顷，慎行并切谏。已，念东宫开讲，皇孙出阁，系宗社安危，疏至七八上。代王废长子鼎渭，立爱子鼎莎，李廷机为侍郎时主之，其后，群臣争者百余疏，帝皆不省。慎行屡疏争，乃获更置。楚宗人击杀巡抚赵可怀，为首六人论死，复锢英憔等二十三人于高墙，禁蕴钫等二十三人于远地。慎行力白其非叛，诸人由此获释。皇太子储位虽定，福王尚留京师，须庄田四万顷乃行，宵小多窥伺。廷臣请之国者愈众，帝愈迟之。慎行疏十余上，不见省。最后，贵妃复请帝留王庆太后七旬寿节，群议益籍籍。慎行乃合文武诸臣伏阙力请，大学士叶向高亦争之强。帝不得已，许明年季春之国，群情始安。韩敬科场之议，慎行拟黜敬。而家居时素讲学东林，敬党尤忌之。会吏部缺侍郎，廷议改右侍郎李鋕于左，而以慎行为右，命俱未下。御史过廷训因言鋕未履任，何复推慎行，给事中亓诗教和之。慎行遂四疏乞归，出城候命，帝乃许之。已而京察，御史韩浚等以趣福王之国，谓慎行邀功，列之拾遗疏中。帝察其无罪，获免。

熹宗立，召拜礼部尚书。初，光宗大渐，鸿胪寺丞李可灼以红铅丸药进。俄帝崩，廷臣交章劾之。大学士方从哲拟旨令引疾归，赉以金币。天启元年四月，慎行还朝，上疏曰：先帝骤崩，虽云夙疾，实缘医人用药不审。阅邸报，知李可灼红丸乃首辅方从哲所进。夫可灼官非太医，红丸不知何药，乃敢突然以进。昔许悼公饮世子药而卒，世子即自杀，《春秋》犹书之为弑。然则从哲宜何居？速引剑自裁以谢先帝，义之上也；合门席稿以待司寇，义之次也；乃悍然不顾，至举朝共攻可灼，仅令回籍调理，岂不以己实荐之，恐与同罪与？臣以为从哲纵无弑之心，却有弑之事；欲辞弑之名，难免弑之实。实录中即欲为君父讳，不敢不直书方从哲连进药二丸，须臾帝崩，恐百口无能为天下后世解也。

然从哲之罪实不止此。先是则有皇贵妃欲为皇后事，古未有天子既崩而立后者。倘非礼官执奏，言路力持，几何不遗祸宗社哉！继此则有谥皇祖为恭皇帝事。历考晋、隋、周、宋，其末世亡国之君率谥曰“恭”，而以加之我皇祖，岂真不学无术？实乃咒诅君国，等于亡王，其设心谓何？后此则有选侍垂帘听政事。刘逊、李进忠幺么小竖，何遂胆大扬言。说者谓二竖早以金宝输从哲家，若非九卿、台谏力请移宫，选侍一日得志，陛下几无驻足所。闻尔时从哲濡迟不进，科臣趣之，则云迟数日无害。任妇寺之纵横，忍君父之杌陧，为大臣者宜尔乎？臣在礼言礼，其罪恶逆天，万无可生之路。若其他督战误国，罔上行私，纵情蔑法，干犯天下之名义，酿成国家之祸患者，臣不能悉数也。陛下宜急讨此贼，雪不共之仇！毋询近习，近习皆从哲所攀援也；毋拘忌讳，忌讳即从哲所布置也。并急诛李可灼，以泄神人之愤。

时朝野方恶从哲，慎行论虽过刻，然争韪其言。顾近习多为从哲地，帝乃报曰：“旧辅素忠慎，可灼进药本先帝意。卿言虽忠爱，事属传闻。并进封移宫事，当日九卿、台谏官亲见者，当据实会奏，用释群疑。”于是从哲疏辨。刑部尚书黄克缵右从哲，亦曲为辨。慎行复疏折之，曰：“由前则过信可灼，有轻进药之罪，由后则曲庇可灼，有不讨贼之罪，两者均无辞乎弑也。从哲谓移宫有揭，但诸臣之请在初二，从哲之请在初五。尔时章疏入乾清不入慈庆者已三日，国政几于中断，非他辅臣访知，与群臣力请，其害可胜言哉！伏读圣谕‘辅臣义在体国，为朕分忧。今似此景象，何不代朕传谕一言，屏息纷扰，君臣大义安在？’又云‘朕凌虐不堪，昼夜涕泣六七日。’夫从哲为顾命元臣，使少肯义形于色，何至令至尊忧危如此！惟阿妇寺之意多，戴圣明之意少，故敢于凌皇祖，悖皇考，而欺陛下也。”末复力言克缵之谬。章并下廷议。既而议上，惟可灼下吏戍边，从哲置不问。

山东巡抚奏，五月中，日中月星并见。慎行以为大异，疏请修省，语极危切。秦王谊漶由旁枝进封，其四子法不当封郡王，厚贿近幸，遂得温旨。慎行坚不奉诏，三疏力争，不得。七月谢病去。

其冬，廷推阁臣，以慎行为首，吏部侍郎盛以弘次之。魏忠贤抑不用，用顾秉谦、朱国祯、朱延禧、魏广微，朝论大骇。叶向高连疏请用两人，竟不得命。已，忠贤大炽，议修《三朝要典》，“红丸”之案以慎行为罪魁。其党张讷遂上疏力诋，有诏削夺。未几，刘志选复两疏追劾，诏抚按提问，遣戍宁夏。未行，庄烈帝嗣位，以赦免。

崇祯元年，命以故官协理詹事府，力辞不就。慎行操行峻洁，为一时搢绅冠。朝士数推毂入阁，吏部尚书王永光力排之，迄不获用。八年廷推阁臣，屡不称旨，最后以慎行及刘宗周、林釬名上，帝即召之。慎行已得疾，甫入都，卒。赠太子太保，谥文介。

孙慎行的三本思想性著作—《困思抄》，《慎独义》与《文钞》

《困思抄》(或名《困思钞》)现存四个版本，依年代次序为:明万历刻本17，明天启刊本18，明崇祯刻本19，与年代不明之「常州先哲遗书」本20。

《中庸慎独义》(或名《止躬斋慎独义》，《慎独义》)则有两个版本，依年代次序为明天启刊本21与明崇祯刻本22。

《文钞》则见於前述之明万历刻本23，明崇祯刻本24与「常州先哲遗书」本25之三版本中。

孙慎行《行书佛偈语八条屏》

这件《行书佛偈语八条屏》可谓他的力作，尺幅巨大，画心即有纵 168.5厘米，横38.5厘米，为国家一级文物。从其线条来看当以硬毫秃笔写就，用笔上沉着痛快，如快马入阵；结体上横斜高下，恣肆奇崛；墨色上燥润相间，一任自然，自成高格，为典型明末浪漫主义书风。所谓明末浪漫主义书风即明代晚期，社会处于激烈的动荡之中，各种思潮纷涌而至，在书坛上则由此出现一种个性张扬的书法，主张革新的精神和内心情感的抒发。这种浪漫主义的书法作品在形式、笔墨、结体、章法上都发生了巨大的变化，作品多长幅巨制，以奇崛雄强的风格打破了传统的书法模式。身处这样一个时代的孙慎行或多或少地要受到时代书风的影响。

常州博物馆还藏有他的《<保合堂记碑>拓片》与《<挽诗碑>拓片》两件作品，均书于万历四十五年（1617），时孙慎行43岁，正值壮年。前者为其舅父唐鹤徵（唐荆川之子）80寿诞而撰并书，后者则为纪念唐鹤徵故去而作的七律挽诗两首。从以上作品可以看出，他的书法似根植于颜真卿与柳公权，有着颜体的雄浑博大与柳体的神清气健，森森然不可侵犯之色跃然纸上；从其间架结构来看，又深受宋代黄庭坚与唐代李邕的影响，加上本身的学识修养和对书法的体悟，因而形成了学古而不泥古，出新意于法度之中的独特面目。

孙慎行书法所呈现出来的不拘点画、直抒胸臆，与其内心深处的森然之气是一致的，透过他的书作，有明一代的孤介贤臣的铮铮傲骨仿佛出现在观者面前。

慎行之学，“从宗门人手，与天宁僧静峰，参究公案，无不了然”。他认为，儒者之之道，不从悟入。君子终日学问思辨行，便是终日戒惧慎独，而更无虚间以求一漠然无心光景。故舍学问思辨行，而另求一段静存动察工夫，以养中和者，未有不流于禅学者。

关于理气性命范畴，慎行认为，“天理之流行即气数，元无二也”。一气之流行往来，必有过有不及，故寒暑不能不错杂，治乱不能不循环。人们“以人世畔援歆羡之心，当死生得丧之际，无可奈何而归之运命，宁有可齐之理”？但天唯福善祸淫，因为天全是一段至善，一息如此，终古如此。不然就生理灭息了。这就是万有不齐中的一点真主宰。这又是所谓“齐”。

他反对将性与气质对立起来的说法，指出：“性善气质亦善，以□麦喻之，生意是性，生意默默流行，便是气；生意显然成象，便是质。如何将一粒分作两项，曰性好，气质不好？盖气禀实有不齐，生而愚知清浊，较然分途，如何说得气质皆善？然极愚极浊之人，未尝不知爱亲敬长。此继善之体，不以愚浊而不存，则气质之非不善可知。”（《明儒学案》）

他也反对将人心道心分裂开来的观点，提出：“人心道心，非有两项心也。人之为人者，心；心之为心者，道。人心之中，只有这一些理义之道心，非道心之外，别有一种形气之人心也。盖后人既有气质之性，遂以发于气质者为形气之心，以为心之所具者，此些知觉，以理义实之，而后谓之道心。故须穷天地万物之理，不可纯是己之心也。若然则人生本来祗有知觉，更无理义，只有人心更无道心，即不然亦是两心夹杂而生也。”（同上）

其著作有《困思抄》等。

黄宗羲指出，理义之命、气运之命，理义之性、气质之性，理义之心、形气之心，“三者之说，天下浸淫久矣，得先生而云雾为之一开，真有功于孟子者也。阳明门下，自双江、念以外，总以未发之中，认作已发之和，谓工夫只在致和上，却以语言道断，心行路绝上一层，唤作未发之中。此处大段著力不得，只教人致和著力后，自然黑□撞著也。先生乃谓从喜怒哀乐看，方有未发。夫人日用间，岂必皆喜怒，皆哀乐？即发之时少，未发之时多，心体截得清楚，工夫始有著落。自来皆以仁义礼智为性，恻隐羞恶辞让是非为情，李见罗《道性编》欲从已发推原未发，不可执恻隐羞恶辞让是非之心而昧性，自谓提得头脑。不知有恻隐而始有仁之名，有羞恶而始有义之名，有辞让而始有礼之名，有是非而始有智之名。离却恻隐羞恶辞让是非，则心行路绝，亦无从觅性矣。先生乃谓孟子欲人识心，故将恻隐之心指为仁之端，非仁在而恻隐之心反为端也。如此则见罗之说不辨而知其非矣。”（《明儒学案》）刘宗周论曰：“近看孙淇澳书，觉更严密。谓自幼至老，无一事不合于义，方养得浩然之气，苟有不慊则馁矣。是故东林之学，泾阳导其源，景逸始入细，至先生而集其成矣。”

红丸案，为明朝三大案件之一。泰昌元年（1620年），光宗病重，李可灼进献红丸，自称仙丹。光宗服后死去。有人怀疑是神宗的郑贵妃唆使下毒，旋即展开了一系列的追查元凶的举动。其间，党争与私仇夹杂其中，连坐罪死者众矣。最后，一位刚入阁的、与双方都无牵连的大臣韩上书才平复了众议。李可灼被判流戍，崔文升被贬放南京。“红丸”案算了结了。可是，“红丸”案还有余波。

天启年间，宦官魏忠贤当权，他要为“红丸案”翻案。于是，声讨方从哲的礼部尚书孙慎行被开除了官籍，夺去所有官阶封号，定了流戍。抨击崔文升的东林党人也受了追罚，高攀龙投池而死。崇祯年间，惩办了魏忠贤，又将此案翻了回来。

孙慎行、孙星衍故居位于常州市双桂坊59号。

在双桂坊现代建筑的围裹中，路南侧邻公园路的那组占地近900平方米的明清民居宅院虽然显得 两孙故居明式船厅低矮、衰迈,但它却厚重不容小觑。因为它曾拥有过两位历史文化名人：明末著名东林党人孙慎行及他的族七世孙、清代中期被誉为“天下奇才”的孙星衍。

孙慎行、孙星衍故居坐南朝北，原占地面积较大。由孙慎行在做官期间所建，系私人住宅遗址。慎行服官期间曾数次请假里居于此。故居北临双桂坊，东、西、南三面均为住宅区。到清代乾隆年间其族七世孙、著名学者孙星衍又继承此宅，继续居住。5间花厅等建筑于清代后期毁后重建，房地产由孙氏子孙世代继承并居住。后故居部分房屋被后裔卖掉，余下的最后由孙养渊继承时，故居呈倒置瓦刀形，入门为长通道备弄(似刀柄)，备弄尽头为长方形建筑布局，东首为明式船厅,其西有天井,天井北建有清式花厅5间，花厅左右空地堆黄石假山及花圃等。20世纪80年代兴建广南大厦时，两孙故居长条形备弄被拆除，保留故居房屋、天井等。由常州市政协大楼与广南大厦间通道通向广南大厦后故居。明式船厅遗存雕花月梁及明代木隔窗，乃明代所建原屋。据孙氏后裔孙养渊透露，并出示其家珍藏的孙慎行手书《栀子花记》真迹。清式花厅5间面阔19.7米、进深5檩8.9米，前廊后轩，硬山式砖木结构。1987年12月，市人民政府公布其为常州市文物保护单位。2006年，孙慎行、孙星衍故居被原地修复。