逝世后，赠太子太保，谥清简，葬于会稽铸浦山。

孙鑨，字文中。父升，字志高，都御史燧季子也。嘉靖十四年进士及第。授编修，累官礼部侍郎。严嵩枋国，升其门生也，独无所附丽。会南京礼部尚书缺，众不欲行，升独请往。卒，赠太子少保，谥文恪。升尝念父死宸濠之难，终身不书宁字，亦不为人作寿文。居官不言人过，时称笃行君子。四子，鑨、铤、錝、鑛。铤，南京礼部右侍郎。錝，太仆卿。鑛自有传。

鑨举嘉靖三十五年进士，授武库主事。历武选郎中，尚书杨博深器之。世宗斋居二十年，谏者辄获罪。鑨请朝群臣，且力诋近幸方士，引赵高、林灵素为喻。中贵匿不以闻，鑨遂引疾归。隆庆元年，起南京文选郎中。万历初，累迁光禄卿。引疾归。里居十年，坐卧一小楼，宾客罕见其面。起故官，进大理卿。都御史吴时来议律例，多纰盭，鑨力争之。帝悉从驳议。历南京吏部尚书，寻改兵部，参赞机务。命甫下，会陆光祖去，廷推代者再，乃召为吏部尚书。

吏部自宋纁及光祖为政，权始归部。至鑨，守益坚。故事，冢宰与阁臣遇不避道，后率引避。光祖争之，乃复故。然阴戒驺人异道行，至鑨益径直。张位等不能平，因欲夺其权。建议大僚缺，九卿各举一人，类奏以听上裁，用杜专擅。鑨言：“廷推，大臣得共衡可否，此‘爵人于朝，与众共之’之义，类奏启幸途，非制。”给事中史孟麟亦言之。诏卒如位议。自是吏部权又渐散之九卿矣。

二十一年，大计京朝官，力杜请谒。文选员外郎吕胤昌，鑨甥也，首斥之。考功郎中赵南星亦自斥其姻。一时公论所不予者贬黜殆尽，大学士赵志皋弟预焉。由是执政皆不悦。王锡爵方以首辅还朝，欲有所庇。比至而察疏已上，庇者在黜中，亦不能无憾。会言官以拾遗论劾稽勋员外郎虞淳熙、职方郎中杨于廷、主事袁黄。鑨议谪黄，留淳熙、于廷。诏黄方赞画军务，亦留之。给事中刘道隆遂言淳熙、于廷不当议留，乃下严旨责部臣专权结党。鑨言：“淳熙，臣乡人，安贫好学。于廷力任西事，尚书石星极言其才。今宁夏方平，臣不敢以功为罪。且既名议覆，不嫌异同。若知其无罪，以谏官一言而去之，自欺欺君，臣谊不忍为也。”帝以鑨不引罪，夺其俸，贬南星三官，淳熙等俱勒罢。

鑨遂乞休，且白南星无罪。左都御史李世达以己同掌察，而南星独被谴，亦为南星、淳熙等讼。帝皆不听。于是佥都御史王汝训，右通政魏允贞，大理少卿曾乾亨，郎中于孔兼，员外郎陈泰来，主事顾允成、张纳升、贾严，助教薛敷教交章讼南星冤，而泰来词尤切，其略曰：

臣尝四更京察。其在丁丑，张居正以夺情故，用御史朱琏谋，借星变计吏，箝制众口。署部事方逢时、考功郎中刘世亨依违其间。如蔡文范、习孔教辈并挂察籍，不为众所服。辛巳，居正威福已成，王国光唯诺惟谨，考功郎中孙惟清与吏科秦耀谋尽锢建言诸臣吴中行等。今辅臣赵志皋、张位、抚臣赵世卿亦挂名南北京察，公论冤之。丁亥，御史王国力折给事中杨廷相、同官马允登之邪议。而尚书杨巍素性模棱，考功郎徐一槚立调停之画。泾、渭失辩，亦为时议所议。独今春之役，旁咨博采，核实称情，邪谄尽屏，贪墨必汰；乃至鑨割渭阳之情，南星忍秦、晋之好，公正无逾此者。元辅锡爵兼程赴召，人或疑其欲干计典。今其亲故皆不能庇，欲甘心南星久矣。故道隆章上，而专权结党之旨旋下。夫以吏部议留一二庶僚为结党，则两都大僚被拾遗者二十有二人，而阁臣议留者六，詹事刘虞夔以锡爵门生而留，独可谓之非党耶？且部权归阁，自高拱兼摄以来，已非一日。尚书自张瀚、严清而外，选郎自孙鑛、陈有年而外，莫不奔走承命。其流及于杨巍，至刘希孟、谢廷寀而扫地尽矣。尚书宋纁稍欲振之，卒为故辅申时行齮龁以死。尚书陆光祖、文选郎王教、考功郎邹观光矢志澄清，辅臣王家屏虚怀以听，铨叙渐清。乃时行身虽还里，机伏垣墙，授意内榼张诚、田义及言路私人，教、观光遂不久斥逐。今祖其故智，借拾遗以激圣怒，是内榼与阁臣表里，箝勒部臣，而陛下未之察也。

疏入，帝怒，谪孔兼、泰来等。世达又抗疏论救，帝怒，尽斥南星、淳熙、于廷、黄为民。鑨乃上疏言：“吏部虽以用人为职，然进退去留，必待上旨。是权固有在，非臣部得专也。今以留二庶僚为专权，则无往非专矣；以留二司属为结党，则无往非党矣。如避专权结党之嫌，畏缩选愞，使铨职之轻自臣始，臣之大罪也。臣任使不效，徒洁身而去，俾专权结党之说终不明于当时，后来者且以臣为戒，又大罪也。”固请赐骸骨，仍不允。鑨遂杜门称疾。疏累上，帝犹温旨慰留，赐羊豕、酒酱、米物，且敕侍郎蔡国珍暂署选事，以需鑨起。鑨坚卧三月，疏至十上，乃许乘传归。居三年卒。赠太子太保，谥清简。

鑨尝曰：“大臣不合，惟当引去。否则有职业在，谨自守足矣。”其志节如此。