1941年6月苏联卫国战争爆发后，同月，日丹诺夫任苏联最高统帅部常务顾问。7月，任西北方向军事委员会委员。9月，以联共（布）中央书记的身份，调任列宁格勒方面军军事委员会委员、工农红军总政治部军政宣传委员会委员。是列宁格勒保卫战的组织者和领导者之一。1943年2月，被授予中将军衔。1944年6月，晋升为上将军衔。同年，任联共（布）中央委员会书记。负责主抓意识形态问题。1944年9月4日，他在莫斯科主持了苏联与芬兰的停战协定，并以盟军战胜国代表身份代管芬兰政府，直到1947年巴黎和约签订后苏联退出芬兰。

1946年起，斯大林派日丹诺夫负责苏联文化政策推动与制订。他上任后的首项举措是于1946年12月指使迫害苏联的异见文学家，如安娜·阿赫玛托娃及米哈伊尔·米哈伊洛维奇·左琴科。

1947年他组织苏联共产党情报局，刻意团结联络欧洲各国共产党。1948年2月起，他开始批判整肃音乐家，特别批判所谓音乐界作曲的“形式主义”（只为音乐而创作音乐）不服膺社会主义“为人民服务”理念的作风。肖斯塔科维奇、普罗科菲耶夫、哈恰图良都因此受到批判。

1948年8月31日，日丹诺夫因长期超负荷工作，积劳成疾，在莫斯科逝世。被安葬在红场克里姆林宫墙下。

音乐家高萨契夫在自回忆录里打趣说：“日丹诺夫再也不能管他喝多少酒，及监视他一整天生活作息；也许斯大林应该阻止日丹诺夫喝多少酒、还是改喝果汁，日丹诺夫也许可以因此有益健康多活几年”；蒙特费奥雷认为斯大林要对日丹诺夫的死负最大责任，原因是日丹诺夫无法接掌苏联共产党的事业，斯大林曾经属意日丹诺夫为他政治继承人，但是日丹诺夫健康日坏，无法再承担政务重任；再者贝利亚与马林科夫也为争夺斯大林权力宝座而排挤日丹诺夫。

日丹诺夫在中国知名主要因为他所做的《关于〈星〉和〈列宁格勒〉两杂志的报告》。这是一篇极其粗暴的批评文章，并开中国粗暴批评的先河。中国人越不喜欢粗暴的批评，便越批判日丹诺夫的粗暴批评，他的名声也越大。但在苏联却恰恰相反，《报告》之所以出名是因为它是大名鼎鼎的日丹诺夫所作的。作这个报告的时间是1946年8月，他已跃居为苏联第二号人物。日丹诺夫为什么要做这样一个强词夺理、歪曲事实和逻辑混乱的报告，令与会的列宁格勒作家困惑不解。一位与会者回忆道：“报告人先沉默了一会儿才开始讲话。几分钟后，会场出现一片死寂。他越讲越呆滞，三个小时后变成一块大石头。”

话得从日丹诺夫调到列宁格勒说起。1934年基洛夫遇刺后，日丹诺夫便成为列宁格勒首脑。列宁格勒被德国人围困期间，日丹诺夫和州委第二书记阿列克谢·亚历山大罗维奇·库兹涅佐夫领导全市人民忍受了无法忍受的困难，守住苏联北方名城。靠的是什么呢？是俄罗斯民族精神。俄罗斯民族是宁死不屈的伟大民族，宁肯饿死也不会为一点残羹交出城池。这种精神在那时的报刊上表现得尤为明显。胜利后，民族主义精神非但未消弱，反而增强了。列宁格勒人已不满足这座由彼得大帝亲手创建的城市在苏联处于莫斯科的小兄弟的地位，渴望恢复往日的辉煌。这时市苏维埃干了一件后来招致杀身之祸的事：恢复普希金、果戈理时代的街名、广场名，把十月革命后命名的街道、广场又都改回旧名。10月25日大街改回涅瓦大街；红色指挥员大街——伊兹梅洛夫大街；革命牺牲纪念广场——马尔索沃教场；沃罗夫斯基广场——伊萨基辅广场；无产阶级胜利大街——大街；穆索尔斯基大街——中街；热列兹尼亚科夫大街——小街。二十处街道和广场恢复了原名。命令是市苏维埃主席波普科夫签署的，显然得到日丹诺夫默许，但斯大林并不知道。

斯大林对列宁格勒始终不放心，一直担心苏联出现两个中心，另一个中心将代替他所代表的中心。而日丹诺夫恰恰想把列宁格勒变成另一个中心，筹备建立俄罗斯联邦共产党，并把已有的俄罗斯联邦部长会议从莫斯科移往列宁格勒。这又是个敏感问题。斯大林一直不允许俄罗斯联邦像其他加盟共和国那样建立党及其中央委员会。日丹诺夫不仅打算建立俄罗斯联邦共产党、把俄罗斯部长会议迁往列宁格勒，并已酝酿好未来中央委员会的人选：沃兹涅先斯基担任部长会议主席，库兹涅佐夫被任命为俄共中央第一书记，日丹诺夫本人担任总书记。

日丹诺夫跟斯大林多年，深知斯大林冷酷多疑，在他首肯前不敢轻举妄动。所以此事虽已确定却未实行。日丹诺夫暂时所能做的只是把自己人安插到关键岗位。把库兹涅佐夫拉进中央书记处，并让他监督国家保安机构。库兹涅佐夫监督内务部的工作，不仅要了解内务部的现状，还想阅读内务部的历史档案。这不仅严重侵犯贝利亚的利益，而且对他构成莫大威胁。一旦库兹涅佐夫站稳脚跟，贝利亚就没命了。

日丹诺夫又推荐沃兹涅先斯基担任部长会议第一副主席，沃兹涅先斯基是真正的经济专家，学识和能力都远远超过马林科夫，所以马林科夫不能不为自己的地位担忧。为此马林科夫同日丹诺夫结下不解之仇，联合贝利亚一起同日丹诺夫明争暗斗。日丹诺夫抓住马林科夫所主管的航空工业出现飞机质量问题，把马林科夫赶出书记处，放逐到塔什干。日丹诺夫又同库兹涅佐夫同心协力从贝利亚手中夺走安全部部长的位置。这是战后日丹诺夫最辉煌的时刻，但并非真正的胜利。不管贝利亚还是马林科夫谁也不承认自己失败。他们伺机反击，机会终于出现。

要想在斯大林面前告倒日丹诺夫并不容易，必须拿出他对斯大林怀有二心的确凿材料。他们选中左琴科和阿赫玛托娃作为攻击日丹诺夫的炮弹。左琴科是列宁格勒的王牌作家，很受列宁格勒苏维埃的重视。1939年被授予劳动红旗勋章，此前在列宁格勒州委书记处会议上被任命为《文学现代人》杂志编委。他的小说《日出之前》在斯大林授意下遭到严厉批判后，1946年7月他又被任命为《星》杂志编委。如果斯大林知道会生气的，但斯大林毕竟老了，有些小事不提醒他会忘记。1946年在《星》上发表了左琴科的《猴子奇遇记》，发表这篇小说除提醒斯大林注意左琴科外很难做别的解释。《星》是大型文学刊物，不登为儿童写的故事，也不转载发表过的作品。而《猴子奇遇记》是为学龄前儿童刊物《脏孩子》（音译《穆尔齐尔卡》）写的逗笑故事。接着又收入星火丛书，即已发表过两次。《星》发表时并未征得作者同意，所以左琴科看到后很惊讶，问主编萨扬诺夫是怎么回事，萨扬诺夫笑着回答：“让你多领一次稿费有什么不好？”两千字的故事能有多少稿费？这不是理由。逗笑的儿童故事放在大型严肃刊物中便显得分外扎眼，容易引起斯大林的注意。很可能是贝利亚的人设下的陷阱。因为贝利亚知道斯大林不喜欢左琴科，并且也知道斯大林对列宁格勒的刊物格外注意。

斯大林为什么不喜欢左琴科呢？苏联著名作家纳吉宾在回忆录中转述了左琴科对他说的一段话：“斯大林恨我，找了个机会跟我算旧账。《猴子奇遇记》先前发表过，可没人注意它。不是《猴子》，即便是《树林里长了棵小枞树》，我也在劫难逃。战前我发表《列宁与哨兵》后，斧子就悬挂在我头上。战争使斯大林无法分心，他一得空便收拾我了。 “我犯了一个职业作家不可饶恕的错误。我在《列宁与哨兵》中先写了一个‘留山羊胡子的人。”但从他举止上马上能看出捷尔任斯基来。可我并不想指具体的人，便随手把山羊胡子改成小胡子。可那时谁留小胡子？小胡子已成为斯大林的特征。……您回想一下，我写的留小胡子的人如何不知分寸，蛮横粗暴，列宁像训斥小孩那样训斥他。斯大林认为我写的是他，或别人提醒了他，因此不肯宽恕我。”

由此看来厌恶左琴科的是斯大林，而不是日丹诺夫。日丹诺夫一贯看斯大林眼色行事。他在批判自己认为好而斯大林认为不好的作品时往往格外粗暴，以势压人。康斯坦丁·米哈依洛维奇·西蒙诺夫在回忆录中提到他的小说《祖国炊烟》日丹诺夫很喜欢，让《文化与生活报》写一篇赞扬文章，但他到斯大林那儿去了一趟后一切都翻了个过儿，赞扬文章改为批判文章，文章写得强词夺理，逻辑不通。西蒙诺夫看了大惑不解，便请日丹诺夫告诉他错在哪里，没想到日丹诺夫又把批判文章的观点重复了一遍，样子显得很尴尬。

日丹诺夫对阿赫玛托娃同样怀有好感，把她视为俄罗斯文化的代表。没有日丹诺夫，阿赫玛托娃的诗集《六书选》未必能在1940年出版。1941年左琴科和阿赫玛托娃从列宁格勒疏散到塔什干是市委直接下达的指示。诗人曼德尔施塔姆的妻子回忆道：“日丹诺夫本人通过政府专线给塔什干打电话，指示关照阿赫玛托娃。”但在《关于〈星〉和〈列宁格勒〉两杂志的报告》中，日丹诺夫却说阿赫玛托娃“不知是修女还是荡妇，准确点说，既是修女又是荡妇，在她身上淫荡和祈祷混合在一起”。日丹诺夫对左琴科和阿赫玛托娃的态度发生一百八十度的转变，从赏识到谩骂，可能是一种策略。他看到斯大林对列宁格勒现状明显不满，加上贝利亚和马林科夫对他左右夹攻，便舍车保帅，牺牲他们两人以保住更重要的人物。从对他们两人的处理中也能看出日丹诺夫的真实态度。20世纪30年代受到过如此严厉批评的人不是枪决便是关入劳改营，但他们仅被开除出作协。开除出作协便无法领取作家面包票证，有挨饿的危险。市苏维埃代替作协发给他们票证。没有日丹诺夫的默许，市苏维埃决不敢这样做。

1946年8月14日通过关于《星》和《列宁格勒》两杂志决议前，还有一次鲜为人知的活动——8月9日上午8时，斯大林在大理石厅会见文艺工作者。斯大林一开口便提到《猴子奇遇记》：“小说丝毫不能令人信服。《星》是本好杂志，现在为何给拙劣作品提供园地？”接着谈到左琴科：“他没见过战争，没看到战争的残酷。这个题材他没写过一个字。左琴科写的鲍里索夫市的故事，猴子的奇遇，能提高杂志的声誉？不能！……我为什么不喜欢左琴科？左琴科专门写没有思想性的东西，不允许他位于领导岗位上，……社会不能按照左琴科的意愿改变，而他应改变自己适应社会，如不肯改变就让他滚蛋！”

斯大林的话似乎仅定下批判左琴科的调子，但日丹诺夫却从中听出弦外之音。《星》是列宁格勒州委领导的刊物，竟发表左琴科的拙劣作品。任命他为《星》杂志编委的决定，是在州委书记处会议上做出的。州委领导人的警觉性到哪儿去了？参加会见的作家发现那天日丹诺夫神气沮丧，表现不自然。他在强大压力下，为保住自己地位，保护列宁格勒州、市两级领导人，不得不拿两位作家开刀。他做了打棍子式的粗暴的报告，从而落得千秋骂名。但实际上只是同对手的一次交锋，不过这个回合他败了。

日丹诺夫同贝利亚和马林科夫的斗争越演越烈，到了白热化的程度。只要日丹诺夫的人沃兹涅先斯基担任部长会议第一副主席，马林科夫便永无出头之日；库兹涅佐夫担任书记处书记并监督安全保卫部门，贝利亚就有杀头的危险。于是势不两立的两个人结起伙来对付日丹诺夫。斯大林对他手下的人明争暗斗有自己的看法。他不希望某个人权力过大，当时让他担心的是马林科夫和贝利亚，而日丹诺夫恰恰起到遏制这两个人的作用，所以支持日丹诺夫把马林科夫调出中央书记处。但1948年初贝利亚不知怎的说服斯大林把马林科夫调回莫斯科任书记处第二书记，日丹诺夫的助手。这对日丹诺夫不亚于当头一棒。

如果不是日丹诺夫儿子尤里·日丹诺夫闯了大祸，斗争结果尚难逆料。血气方刚的尤里猛烈抨击苏联列宁农业科学院院长特罗菲姆·李森科，称他为伪学者，触怒了斯大林。李森科是斯大林宠幸的学者，被他树为苏联科学家的旗帜，尤里竟敢骂他伪学者，斯大林怎能容忍。他让尤里公开承认自己诽谤李森科院土，并向李森科赔礼道歉。这对日丹诺夫又是一次打击，他精神支撑不住了，离开莫斯科到瓦尔代疗养院休养。中央宣传鼓动部副部长谢皮洛夫按照事先制定的计划给日丹诺夫打了一次电话，目的是气得他心脏病发作。谢皮洛夫达到目的，日丹诺夫被送进克里姆林宫医院。这里有不少贝利亚的人，贝利亚可以大显身手。科斯特尔勤科在《红色法老》一书中根据克格勃的档案材料得出结论：“日丹诺夫的治疗甚至不能说草率，刚毕业的医生也不会这样对待病人。心电图室主任利季娅·季马舒克（后因所谓“医生事件”显赫一时）确认心肌梗死，但其他医生一定让她改写成肝硬化和高血压所引起的功能性紊乱，暗示酗酒过度而死。”1948年8月31日日丹诺夫死在克里姆林宫医院。日丹诺夫病逝同基洛夫遇刺一样是苏联历史上无法揭开的谜。

日丹诺夫之死为贝利亚和马林科夫消灭列宁格勒各级领导人扫清道路。库兹涅佐夫立即被逮捕，沃兹涅先斯基虽未被捕但已撤销一切职务。连斯大林对这种做法都产生怀疑。赫鲁晓夫在回忆录中写道：“我记得在这个时期，斯大林曾不止一次询问马林科夫和贝利亚，‘在我们决定如何处置沃兹涅先斯基之前，不让他工作是不是一种浪费？’他们总是回答：‘是的，让我们仔细考虑一下。’过些日子斯大林重提这个问题：‘我们是否应当让沃兹涅先斯基负责领导国家银行。他是位经济学家，一位真正的金融方面的奇才。’没人反对，然而毫无下文。”马林科夫和贝利亚有自己的打算：把日丹诺夫的干部一网打尽后统统消灭。借口很快便找到。1948年底列宁格勒举办了一次全俄商品批发交易会。交易会是根据1948年11月11日马林科夫主持下的苏联部长会议例会通过的决议举办的。但1949年2月15日的政治局会议上却把交易会定为反党活动，随即通过库兹涅佐夫、罗季奥诺夫（俄罗斯联邦部长会议主席）和波普科夫（列宁格勒市苏维埃主席）“反党活动的决议”，列宁格勒州、市中层以上干部统统撤职，其中不少人被捕。马林科夫和贝利亚大获全胜。2月21日马林科夫来到列宁格勒，掩饰不住内心的喜悦，发狂似的向列宁格勒的党员们喊道：“你们筑造了反党老巢！编造了列宁格勒特殊‘围困，命运的神话！贬低了伟大斯大林的作用！准备伟大斯大林来的时候进行恐怖活动！”1949年8月库兹涅佐夫、沃兹涅先斯基、罗季奥诺夫、波普科夫以及州、市党政负责人统统被枪决，两千名干部被赶到西伯利亚和中亚各加盟共和国，他们的位置被马林科夫的人占据。这是苏联战后最大的一次清洗，历史上称为“列宁格勒事件”，这是斯大林暮年苏联领导集团内的一场权力之争，主要是日丹诺夫和马林科夫之争，他们两人都有接替斯大林的可能。日丹诺夫触犯了贝利亚的利益，才迫使贝同马林科夫结盟。关于《星》和《列宁格勒》两杂志的决议使斗争第一次公开化。苏联领导层一向对外掩盖列宁格勒事件，把关于两杂志的决议同整个事件分开，有意把日丹诺夫制造成迫害知识分子的刽子手的形象。不应仅凭日丹诺夫所做的报告评价他的文艺观点和对知识分子的态度，但也不应忘记他是斯大林时代的人，那个时代人的特点他也应有尽有。在斯大林时代苏联领导人当中，日丹诺夫的文化修养还应算高的，对知识分子比起别的领导人来也还算客气。

直到50年代晚期，日丹诺夫的思想，被称作日丹诺夫主义，成了苏联特有的文化产物。 日丹诺夫试着建构起一个新的艺术哲学，他的主张大量减少了该域的文化，改以简单、科学性的图表或符号来象征某些道德价值。 法国文学家罗兰·巴特

他的出生地马里乌波尔曾在斯大林的影响下改为日丹诺夫市，并在市中心广场树立纪念碑。直到1989年再度改回马里乌波尔，而纪念碑则在1990年拆除。

由于日丹诺夫的儿子尤里娶了斯大林的女儿斯维特兰娜·阿利卢耶娃为妻，因此日丹诺夫还是斯大林的亲家。不过，斯大林不赞成尤里对“李森科科学理论”的批评，婚后第二年，女儿卡佳出生，1952年两人离婚。成为一名地球物理学家的卡佳，后来甚至拒绝跟母亲斯维特兰娜见面——她不能原谅母亲“当年的冷酷”。