为了恐吓反贼，阿尔瓦公爵费尔南多·阿尔瓦雷斯·德·托莱多将自己践踏叛军的英姿铸成雕像，放在城中。市民们虽然反感，但又慑于帝国武力，敢怒不敢言。直到1573年，新总督为博得市民好感，拆除了雕像。但是市民的小日子过得并不安稳。1576年，西班牙军队在荷兰哗变。士兵冲入城中大肆屠杀，史称西班牙人之怒。在安特卫普大屠杀中，三天之内有足足8000人惨死西军屠刀之下，城市也被毁坏，大量建筑遭焚毁。事后，西班牙任命的新总督，唐·胡安取消了城中驻军。狂欢的市民拆毁了棱堡，并将公爵的铜像锤烂。

1578年九月，胡安染上了重病。性命垂危之际，他将帕尔马公爵亚历山大·法尔内塞推上了低地总督之位。法尔内塞对于低地局势有自己的看法。当时的低地局势，南北有着宗教差异。南方省份信仰天主教，与西班牙帝国一致，所以南方省事实上并没有参与叛乱。北方则截然不同。北方诸省集结在乌得勒支同盟旗下，信仰新教，反对西班牙统治政策。法尔内塞计划拉拢可团结的南方天主教势力，一起对抗北部反对西班牙的叛军。在接下来的数年里，法尔内塞成功团结了南方天主教省，拔除了北方叛军的许多据点。

1584年，帕尔马公爵开启了安特卫普围城战。帕尔马公爵关于攻下安特卫普的计划，主要在于一个桥梁工程。为了避免敌人前来援助安特卫普，就一定要切断安特卫普向北的交通线。

帕尔马公爵计划在斯海尔德河上建造一座巨型桥梁，该河几乎有半英里宽。之前也有人试图在这条河上架桥，但很快就被水流与浮冰所击毁了。

沉默者威廉·奥兰治，曾经有过关于避免安特卫普被西班牙人围困的计划。其计划在于挖开附近坚固的布劳加瓦伦堤坝，让大水将安特卫普冲成港口城市，让围城者无法实现封锁。当然，无数例子也表明，港口城市也并非不可攻下，但是这起码会让围攻的成本增加许多，或许能让西班牙人放弃这一计划。如果该计划得到执行，那么安特卫普也许能迅速解围。可惜的是，威廉遇刺身亡了。

在此前威廉和反对派进行了长时间的辩论。反对派认为掘堤会摧毁附近的农业设施，也会引起农民的反对，就像后来的花园惨案那样。如果法尔内塞决定切断安特卫普交通线，迫使城中人因断粮而投降的话，那么这一计划正中了西班牙人的意。双方的意见各有道理。如果再给一点时间，说不定他们能讨论出更好的方案，但是在这个关键的时候，威廉遇刺了。

法尔内塞决定在距离安特卫普约九英里的小村卡洛建立桥梁。与此同时，城内由于各种经济问题，外界商人不愿运粮来安特卫普，导致城中缺少粮食。不过，威廉的支持者决定将他的计划实施下去。不过由于领袖死后的权利真空，组织起来的人手相当有限。讽刺的是，反对派言中了。挖开佛兰德斯水闸后，席卷而来的滔天洪水淹没了乡村与农田，西军的锚地开始迅速扩张。由于只放出部分水量，有限的洪水不仅没法将安特卫普变成小岛，反而为西军的扩张铺平了道路。

当安特卫普当局再次组织人手继续挖堤时，却发现西班牙人已经在坝边筑起了工事，部署大量军队，掘堤行动就此失败了。另一边，法尔内塞的筑桥计划也在紧锣密鼓地进行着。西班牙工程队先是建造了两座桥头堡，一座叫做腓力二世，一座叫做圣玛利亚。两支工程队分别从两座桥头堡开始修筑桥梁，最终在河中央汇合。桥梁宽12英尺，著有坚固的堡垒用于防守。安特卫普当局时不时地派出小股部队进行骚扰，但是最终皆功亏一篑。

法尔内塞的工程计划相当艰难，但它拥有铁一般的决心。此时天气寒冷，浪花拖着浮冰冲击桥墩。最终在1585年的2月25日，桥梁终于修筑完成了。这是近代以来最宏大的桥梁工程之一，其长度是古罗马凯撒大帝所造莱茵河大桥的两倍。除了中央有一段由于无法打桩是使用的浮桥之外，其余的部分都异常坚固，可以供成建制的军队驻扎。西班牙士兵每天遵照法尔内塞的命令，在桥梁上走来走去，给了安特卫普市民相当大的心理压力。不过法尔内塞认为这还不够。他去监狱里释放了一个本来应该上绞架的荷兰间谍，带领他到大桥上游览了一圈之后，释放了他。公爵要他去向安特卫普市民报告，他亲眼见证的宏伟景象。并说:我不可能放弃围攻，我要么在这座桥上埋葬，要么通过这座桥进入安特卫普。

随着法尔内塞大桥的建成，安特卫普市民越发越消沉了。不过事情倒是很快就有了转机。在城中的意大利工程师贾尼贝里非常同情荷兰叛军，他向安特卫普当局提出了一个疯狂的爆炸计划。他打算用大船运载大量的火药，在顺风之时，吹向大桥，最终摧毁法尔内塞的大桥，迫使其放弃围攻。毕竟法尔内塞那边也有许多内部问题，比如他已经好久没有给士兵发军饷了。再这样下去，士兵很有可能就要兵变了。

不久之后，安特卫普当局通过了他的提案，不过由于资源的紧缺，当局仅仅只提供了两条船。这让贾尼贝里甚为失望。但是怀着对自己计划的信心与热忱，这两艘船被他命名为幸运号与希望号。船只的改造计划很快就开始进行了。工程队将两艘大船里面满满的塞上了火药，以及铁链，石碑，钉子等在大爆炸时可以飞出去伤害敌人的坚硬物体。

最终的进攻时间定为1585年4月5日，破晓时分。进攻序列由32个小型火船先出发，最后再放出幸运号与希望号。破晓时分，火船出发了。先导的32艘小艇几乎被同时派出，火焰照亮了天空。火船很快就暴露在了西班牙士兵的视线中。大部分火船根本没有碰到桥梁，就被铁尖刺卡住，而后迅速烧毁。或者因为风太大而在河岸上搁浅，或者半途直接因为火势过猛而提前爆炸。

正当西班牙人松了一口气的时候，两艘大船陆续出现于他们的视线之中。幸运号冲到了河岸边上，由于离桥的距离较远，所以没有造成多大的破坏。而希望号的结局截然不同。希望号撞上了桥墩，但没有造成任何损坏。西班牙人见状哄堂大笑。很快有士兵跃入希望号，搜刮，检查内部物资。就在这时，火绳燃尽了。

火光冲向天空。当远处的士兵回过神来，希望号已经荡然无存了。桥梁也有一大半段消失掉了。甚至连河的水位都发生了巨变。据说有一千名西班牙人当场被炸死。宏伟的大桥不见了，取而代之的是残肢断臂和碎石碎木。幸运的是，法尔内塞当时不在现场，因而逃过一劫。他迅速从悲伤中恢复了神智。开始重建大桥。

与此同时，西班牙人与荷兰人围绕科文斯丁堤坝展开了殊死战斗。堤坝上双方士兵用火枪和长矛搏斗，双方的工兵一方在拼命掘开大坝，另一方则在拼命把荷兰人掘出的空缺填补。那一年，年仅十八的拿骚的莫里斯就在争夺堤坝的荷军之中，这战也成为了他军事生涯的起点。 最后，西班牙人证明了他们的步兵仍然是冠绝欧洲的武装力量。荷兰军队被赶出了堤坝。在这之后，荷兰人的意志步步消沉了。由于没有足够武装力量，被迫眼睁睁看着刚刚被炸毁的大桥被修复如初。

不久后，法尔内塞与安特卫普方面开始了谈判。在谈判桌上，安特卫普提出了无血开城的条件:保留市民信仰自由，不在城中驻军，不再修建城市堡垒。但被法尔内塞一一拒绝了。国王绝对不会允许法尔内塞对这些反贼如此宽宏大量。法尔内塞恫吓荷兰人，自己的军队仍然在城下严阵以待。同时他还表明:安特卫普是一座良港，经济发达。为何要与北方泥腿子沆瀣一气，加入忠于国王的南方，难道不是更好的选择。

虽然安特卫普市民处于弹尽粮绝的情况，但是法尔内塞这边的情况照样说不上好。严冬马上就要到来，他所住的大桥很有可能抵挡不住这次严冬的酷寒。最终在八月十七日，安特卫普开城。开城的士兵没有劫掠，但他们终于如愿以偿拿到了拖欠许久的军饷。荷兰叛军的坚固据点安特卫普，终于被帕尔马公爵拔除了。

这场攻城战并没有给云梯和攻城炮太多的戏份，取而代之的是双方针对堤坝和大桥的血腥争夺。当然，安特卫普保卫战也带来了许多法尔内塞自己都意识不到的重要影响。在三年后的格拉沃利讷海战中，英军的火船大破西班牙无敌舰队，一定程度上可以说是受了安特卫普保卫战的启发。

更重要的是，安特卫普与法尔内塞签订的合约中，规定安特卫普以及南面的土地脱离了低地联盟。这样就确立了一条清晰的边界线，1648年终结了血腥三十年战争的威斯特伐利亚和约承认了这条边界线的合法性。帕尔马公爵亚历山大·法尔内塞，就这样成了比利时的缔造者。