在1991/92年赛季，安科纳获得了意大利足球乙级联赛的第三位，得以第一次升入意大利足球甲级联赛，但最终仅以联赛排名第17位收场，遭到降级。

2002/03年赛季，安科纳获得了意大利足球乙级联赛的第四位，因而再次升入意大利足球甲级联赛。结果创下开季後连续28场不胜的纪录，战绩累计2胜7平25败、进21球失70球，得分仅13分。以垫底成绩降级。随後又因为球队破产而降入意大利足球丁级联赛。

2008/09年赛季，安科纳参加意大利足球乙级联赛的赛事，球队最终通过附加赛保级成功。之后的一个赛季，球队最终排名第17位，本已再度保级，但是由于破产无法参加任何级别的赛事。不过，俱乐部最终提交申请参加意大利足球三类联赛（意大利足球联赛系统的最低级别的联赛）。2010年9月13日，市政厅保证为他们提供比赛场地，这意味着他们的申请成功通过了。然而，他们仍然缺乏球员和经理，其後被迫放弃本赛季的前四场比赛。根据足协规定，安科纳被足协从联赛除名。2010/11年赛季，球队参加意大利足球卓越联赛马尔凯区的比赛，并升入了意大利足球丁级联赛。