昌益在《自然真营道》中，充分阐述了他的社会政治思想，即“自然世”和“法世”对立的理论。他在对“自然世”的描述中，倾注了自己的感情，提出了对“理想社会”的设想。他认为，在人类的自然世界里，所有的人原本都是自耕而食，自织而衣，直接从事农业生产的（他称为“直耕”）。他最尊崇“直耕”，认为“直耕”即是“真道”。他对一直“直耕”的农民，表示了无比的热爱。他对农民的勤劳、谦虚和诚实、质朴作了热情的歌颂,称农民为“自然之子”、“天子”、“真人”、“无私之人”等。他描绘的“自然世”，是一个人类绝对自由、绝对平等的理想社会：在“自然世”里，整个社会和各家各户都是自给自足的，“无过余”，亦“无少不足”；无贫富差别，“彼无富，此无贫”，亦无男女和上下尊卑不平等，“此无上，彼无下”；因此，“无奢欲”，亦“无恨争”，“无上立法”，亦“无刑罚下”，是个无迷信、无监狱、无军队、无罪恶的世界。在“自然世”里，既“无金银钱通用”，也无需“五常五伦”等道德。这是一个完满的永远和平安定的理想境界。

昌益在对“法世”的描述中，对日本的封建统治阶级、封建社会制度和意识形态，进行了猛烈的抨击，充分表现出他作为日本反封建思想的伟大先驱者的战斗精神。在他看来，人类社会在一开始，无所谓君臣贵贱之差别，“法世”的出现，是后来“圣人”“君主”造成的。“君者自圣人出，立私法盗天下而后成之名也”。而现实社会中的一切罪恶，都是由“圣人”“君主”的作法而产生的。“立圣王者，奢之始，万恶之本。”他对伏羲、神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武、周公和孔子等“圣人”，都进行了具体的批判。“自伏羲至孔子称圣人者十一人，皆失自然之真道，欲盗天下国家而成兵乱之世也。”昌益还用各种野兽集会的寓言形式，巧妙地展示了日本封建社会的阶级关系,揭露了天皇、将军、大名（诸侯）、武士封建统治阶级压迫人民群众的罪恶，描述了这个人吃人的社会景象：“王食公卿之功，公卿食将军之功，将军食诸侯之功，诸侯食役人（官吏）之功，役人食足轻（下级武士）之功，足轻食诸民之功，以大食小，皆如兽世所为。”他对日本历史上的“三杰”，即圣德太子、丰臣秀吉、德川家康三大人物也加以痛斥。他指斥圣德太子从中国输入佛教，传播有害的迷信；丰臣秀吉侵略朝鲜，给无辜人民造成无穷的痛苦和灾难；德川家康不信不义，是“兽”，是“混蛋”，是最卑鄙的家伙。他批判释迦牟尼舍弃父母，出家为僧，自己不“直耕”，贪食众人“直耕”的米谷。总之，他认为“圣人”“君主”一类的人都是“不耕贪食”的“大罪人”。

昌益还尖锐地批判了封建社会制度及封建意识形态。他认为，在“法世”社会里，“人为”地造出“士农工商”等身分而有了上下贵贱的差别，出现了男女不平等。随着剥削和统治的开始，就有了腐败、邪恶和堕落，给人民大众造成了不幸、痛苦和灾难。统治者为了维护自己的地位和私利，镇压人民的反抗，又建立了军队、警察和监狱，而人类的不道德和不幸、一切苦难和丑恶都是“法世”的必然产物。昌益还对儒、兵、道、法等诸家著作及代表人物，对佛教、巫术和神道教及其经传教义都进行了揭露和批判。他指出，封建社会的一切道德规范都是为了迷惑和欺骗民众。他甚至认为，当时社会的一切绘画、音乐、文学、艺术等等都只是供统治阶级享乐用的，应该完全抛弃。

昌益在对“法世”做了揭露和批判之后指出，“法世”是个虚伪的、不道德的罪恶社会,是违反自然，不合乎“真道”的世界。所以一定要消灭“法世”，再回到“自然世”这一理想社会去。

如何实现从“法世”向“自然世”的转变呢?昌益提出了进行这一社会变革的过渡方策。他称为“以失止失之法”。他设想通过名义上的君主——“正人”和平地实现。就是出现一位“正人”为整个社会的指挥者，一切土地都归“正人”所有，“正人”再把土地分给“士农工商”各类人，使人人都有土地，人人都“直耕”，大家都自营生活，“正人”也不例外。这样做了以后，一切贡租不必要了，维持治安的法律、军警、监狱也都不必要了，从此一切争乱、罪恶和灾难也都自然而然地没有了。昌益认为，他的这个方策，不但可以在日本推行，而且能广泛地行之于世界各国。

《自然真营道》还系统地阐述了昌益的哲学唯物论。他认为物质的东西是根本的，世界的规律性在于物质性，物质和运动是分不开的。他宣称世界最高的实体是“气”、“道”（有时他联称为“一气之真道”）、“精”或“活真自感”（自己运动着的活生生的真实存在）。他说：“自然转（天）定（地）人物中，唯一气充塞而无间矣。”用物质实体的“气”的一元论反对了二元论。他还进一步认为，“气”的运动有其自身的原因，自然界在空间上是无限的，时间上是连续的，物质只会从一种状态向另一种状态转化而不会消灭，其质量也“不增不减”。他写道：“自然者五行（金、木、水、火、土）之表现也，五行者自然自感（自己运动）进退退进之一气也，故五行各别实非别，只一气之进退也。……自然无始无终也。”

昌益的哲学唯物论思想，还表现在他对“谷精”（米）的说法上。他认为“天地之精，谷也”，人的肉体、生命、行动，一切都是“谷物所为”，世界按其本性来说是物质。他尊重吃米谷维持生命这一最基本的事实，认为不管是谁,人不食米谷就会死去而回到原来的自然世界中。他说万物及人类“生于谷而复归于谷”，“不食米，孔丘也要一命完蛋。”

昌益在对医学的研究和实践中进一步发展了他的唯物论思想。他强调医学应以“亲临实验为重”，他认为心理现象是由生理的机能所决定的。他写道：“身形的八序（八种表现）应察腑脏之情，面部八序（一说喜、怒、哀、乐、爱、恶、欲、恐）当辨腑脏之八着。”昌益在十八世纪中期已对人的心理活动寻找唯物论的解释，难能可贵。

在《自然真营道》的论述中，含有某些辩证法的因素。昌益用自己独创的两个密切联系的基本概念来观察自然和社会的一切现象，表述他的哲学和社会政治理论。这两个概念，一是“互性”，即相对性或交互作用；二是“活真自行”，即活生生的真实存在的或物质的自我运动。他把这二者结合起来，称为“互性活真”，用以表示万物的相互制约性和物质与运动的不可分性。他认为自然和社会的一切现象都是相对的，互为条件的，但相对之中有着绝对。如善与恶、苦与乐、天与地、男与女，这些相对的概念从表面看，都好像是“二别”（矛盾），但按“互性”来理解，实际上是“一真”（统一），犹如形与影一样是不可分离的。这“二别而一真”的客体不断运动变化，昌益称之为“互性活真”。他认为世间所有的一切都是“互性而活真”的，不能片面、静止地去观察世界，应该把世界作为不可分割的运动变化着的永恒的全体来认识和理解。他说：“活真故常进退，互性妙行无一息止。进而明德，其性暗德，退而暗德，其性明德，活真德也。”这段话，用通俗的话表述，就是：有活生生的真实事物的存在，故而有进退的运动，相对存在着的、神妙的运动是一刻也不停止的。当事物向前发展的时候,表现出明显的属性，可是这种属性中已经包含有暗潜的属性；当事物停顿的时候，表现出了暗潜的属性，可是这种属性已经包含着明显的属性。明显的属性和暗潜的属性是相对地存在着的，这表示了活生生的事物的性质。这段话正确地揭示了事物发展过程中对立面的存在及对立面的分解的倾向。

由于受到时代和阶级的局限，昌益的思想有许多缺点和弱点。首先，昌益把他的理想社会“自然世”规定为过去原始时代，理想的实现也只是向过去复旧，这就否定了发展和进步。他否定一切文化艺术，否定一切知识和学问，反对文明和进步，强调衣食第一，反对工商业，把人类社会局限在耕田、生孩子最低限度的生活。他的这种思想也反映出当时日本农民视野的狭窄。其次，他对“法世”的批判固然尖锐，却认为“法世”的出现是“圣人”“君主”等个人作为造成的，因而又幻想通过名义上的君主——“正人”个人的作为来消灭“法世”，这就从另一面无意识地夸大了“圣人”“君主”“正人”的历史作用，仍未摆脱唯心主义史观。再次，他声称：“我道不言战”，“不言军”，“吾道无争，我不言兵”等。他不区别正义非正义、革命反革命、进步反动，笼统地反对一切暴力和战争，因而陷入了和平主义。他没有组织人民进行革命和斗争的思想，为实现自己提出的理想社会，也只是希望由一位开明的君主——“正人”和平地实现，这就不能不成为空想。最后，昌益的哲学唯物论思想和某些辩证法的观点，并未摆脱原始的，直观的，猜测的性质。例如他认为万物及人类都“生于米而复归于米”,当然是不科学的。他说：“男之性女，女之性男”，“雄之性雌，雌之性雄”，由于他对对立面如何转化，即对立面的斗争是绝对的，统一是相对的、有条件的这一点理解得很不清楚，所以陷入了相对论。他在批判宗教迷信时，也常常表现出他企图建立“自然神道”。由于他认为自然界具有某种“神妙的”、“灵验的”东西，也使他的著述往往带有浓厚的神秘主义色彩。

尽管昌益思想中存在不少弱点，但确有很多精华。更重要的是他既不属于神、佛、儒等流派，也不大受西方学术思想的影响，是一位“破格的大思想家”。所以日本人自豪地称他是“我们日本唯一能向全世界夸耀的独创思想家。”