宗杲被毁谍剥衣，除去僧籍，发配到衡州（今湖南衡阳）长达十年之久。后来再次流徙到梅州四年。梅州是边沿荒地，多瘴雾毒病，生活异常的艰难，而且要自己料理生活，自备生活所需，处境十分的困苦。宗杲禅师虽身处逆境，遭受不白之冤，但丝毫也没有改变他的信仰和爱国忧民之心，虽死不悔。

绍兴二十五年（1155年）冬天，“蒙恩北还”。二十六年春，复其袈裟，重入僧籍，十一月诏住阿育王寺。二十八年诏令重返径山寺，天下弟子听到消息，纷纷归来护持道场，重振径山旧事，很快恢复昔日盛况。宋孝宗即位后，赐号“大慧”。后谢任归隐明月堂，于隆兴元年（1163年）八月十日病逝，世寿七十五，谥号“普觉”，塔名宝光。

禅宗六祖惠能的核心思想是“心即是佛”，或“即身成佛”，成佛的关键在于“息心妄虚”，所以“心平何劳持戒，行直何用修禅”。在日常生活中，一举手，一投足都是契机开悟的方法，行走坐卧都是明心见性的历程，棒喝品茶都是接应手段。故此，后来的禅宗大师们的开悟历程都在深入实际而又平凡的日常生活中，体现深奥的哲理，其表现形式简单，语句深入浅出，明了易懂，给人耳目一新的感觉。但是到了北宋南宋之交，这些祖师们的开悟方式，在化作语言文字的大量流传过程中，逐渐失去原有的法味和采风，变成后人死搬硬套和照本宣科的教条以及玩弄文字游戏的素材。

大慧宗杲观察两宋之禅风，批评说：“近年以来，禅有多途。或有一问一答，末后多一句为禅者；或以古人入道因缘，聚头商榷云：这里是虚，那里是实；这语玄，那语妙；或代或别，如禅者。或以眼见耳闻和会，在三界唯心，万法唯识上为禅者。或以无言无说，生在黑山下鬼窟里，闭眉合眼，谓之威音那畔父母未生时消息，亦谓之默然常照为禅者。”“今时学道人，不问僧俗，皆有两种大病。一种多学言句，于言句中作奇特想；一种不能见月之指，于言句悟入。”

为此，他独倡新的参禅方法，让人参赵州狗子无佛性的“无”字话头。并说：“只文一‘无’字，便是断生死路头底刀子也。妄念起时，但举个无字，举来举去，蓦地绝消息，便是归家稳座处也。”他参话头的禅法避免学人落入俗套，陷入文字和语录的海洋中。因话头禅“得力处乃是省力处，省力处乃得力处”，并发展到后来的参“万法归一，一归何处？”、“念佛是谁？”等话头禅。大慧宗杲禅师是中国禅宗史上第一个大力倡导话头禅的人，他的禅法特色对中国宋朝以后禅宗的发展有巨大的影响。

狗子无佛性之话头，杨岐派五祖法演禅师特别提出，而宗杲却大力给予提倡和发展，因为此话头可使人直参清净本源心的重大意义，而且大慧宗杲在当时呆板混杂的禅门里，开拓了一条崭新的参悟途径，为此后禅宗的发展以新的启迪。为了进一步阐明参话头的重要作用。他对门人说：“若弃了话头，却去别人文字上起疑，经教上起疑，古人公案上起疑，日用尘劳中起疑，皆是邪魔眷属。”

大慧宗杲禅师虽然门户之见甚重，但其大力倡导的话头禅借助文字禅，与文字禅共同成为禅宗发展史上的新的转折点。话头禅以新奇的方法，充沛旺盛的生命力和无限的自信心，给禅门重新谱写出一首具有划时代意义的进行曲，鼓舞和指引学道者们，遁循话头的妙处，努力向开悟见性的历程迈进。从而开创了禅宗思想的新意境，注入新的营养和活力。同时，也标志着禅宗的发展进入新的时代。

《正法眼藏》，共3卷，是大慧宗杲在颠沛流离的生活之中为斧正禅风所作。全书如他所言：“不分门类，不问云门，临济、曹洞、沩仰、法眼宗，但有正知正见可以令人悟入者，皆收之。”