区内水系发育，溪流众多，多呈树枝状分布，主要有二条溪流，均系闽江水系。一条源于主峰，经上地、余家坪、石排场，在黄潭镇将溪村汇入闽江上游金溪河，全长25km，流域面积115km2，总落差约1 000m。另一条源于十字坳、杨梅凹 ，流经岭干、溪尾，在万全乡常口村附近汇入金溪河，全长30km，流域面积近100km2，总落差约800m。各溪流上游地区大都处于深山峡谷之中，流速较快，水源充足。

保护区内主要以黄壤为主，在高海拔区域土壤呈现出土层较薄的特点。土壤母质主要由花岗岩、变质岩、砂砾岩、石英岩、云母片岩等组成。山地土壤分布具有垂直地带性，表现为，从丘陵到中山（从低到高）土壤类型分布依次是：红壤—黄红壤—黄壤—山地草甸土。

龙栖山国家级自然保护区的主要保护对象是：亚热带森林植被生态系统和自然景观；华南虎、金钱豹、云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉等国家重点保护野生动物，及其它具有巨大经济价值的野生动物及其栖息地；以及南方红豆杉等珍稀植物资源及保护区内的生物多样性。

高等植物有252科、868属、1763种（含亚种、变种和变型）。其中苔藓植物68科、143属、248种；蕨类植物37科、77属、157种；种子植物137科、538属、1206种。国家重点保护野生植物有9种，其中国家Ⅰ级保护植物有南方红豆杉1种；国家Ⅱ级保护植物有齿叶黑桫椤、金毛狗、金钱松、香榧、樟树、闽楠、浙江楠、野大豆等8种；此外，兰科植物有21种。原料性资源植物1821种（按用途累计），其中主要有材用植物120种，纤维植物104种，芳香植物43种，食用植物98种，密源植物176种，药用植物750种。此外，还有大量的非原料性资源植物，包括绿化和观赏植物、环境监测和抗污染植物、改良土壤植物和植物种质资源。

龙栖山保护区的植物区系成份属于北极植物区、中国——日本森林植物亚区、亚热带植物区系。区系组成复杂，植被类型较多，地带性植被为典型的常绿阔叶林，依据植物群落的种类组成、外貌结构和生态生理分布，按照《中国植被》的分类系统，将龙栖山森林植被类型分成6个植被类型，21个群系。

野生动物共计13纲、58目、289科、1452属、2129种，有1新属、73新种。其中兽纲46种、鸟纲82种、爬行纲22种、两栖纲11种、鱼纲31种、昆虫纲1821种、其它无脊椎动物116种。国家重点保护动物的有22种，其中国家Ⅰ级保护动物有华南虎、金钱豹、云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉、黑麂、蟒等7种，国家Ⅱ级保护动物有猕猴、短尾猴、穿山甲、黑熊、小灵猫、苏门羚、凤头鹃隼、赤腹鹰、林雕、白鹇、领鸺鹠、褐林鸮、拉步甲、虎纹蛙、大鲵等15种，国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物107种。此外，还有不少药用、食用、毛皮、害虫天敌以及观赏的动物种类。

①白颈长尾雉（Syrmaticus ellioti）为中国特有的世界受胁物种和国家I级重点保护动物，在IUCN和《中国濒危动物红皮书-鸟类》中均被列为易危种，并被列入CITES附录I。该雉分布于长江以南华东和华南地区的浙江、安徽、福建、江西、湖北、湖南、广东、广西、和贵州等省区，约在北纬25~31°之间，为典型的东洋界华中区东部丘陵平原亚区种类。

②黄腹角雉（学名：Tragopan caboti），别名角鸡、吐绶鸟，是中国特产的一种鸟，主要分布于浙江，在福建、广东、湖南亦有分布。食物主要是蕨类植物的果实。全长约50（雌）～65（雄）厘米。雄鸟上体栗褐色，满布具黑缘的淡黄色圆斑。头顶黑色，具黑色与栗红色羽冠。飞羽黑褐带棕黄斑。下体几纯棕黄，因腹部羽毛呈皮黄色，故名“黄腹角雉”。有翠蓝色及朱红色组成的艳丽肉裙及翠蓝色肉角，于发情时向雌鸟展示。雌鸟通体大都棕褐色，密布黑、棕黄及白色细纹，上体散有黑斑，下体多有白斑。

③白鹇（Lophura nythemera）又名银鸡。白鹇因其体态娴雅、外观美丽，自古就是著名的观赏鸟。它们属于大型鸡类。雄鸟全长100～119厘米，雌鸟58～67厘米。雄鸟上体和两翅白色，密布黑纹。羽冠和下体都是灰蓝色。尾长，中央尾羽近纯白色，外侧尾羽具黑色波纹，它在林中疾走时，从远处望去，很象披着白色长“斗蓬”，被风吹开露出灰蓝色的内衣。眼裸出部分赤红，脚亦红色，鲜艳显眼。雌鸟全身呈橄榄褐色，羽冠近黑色，和雄鸟相比十分逊色。栖息于多林的从山脚到海拔1500米的山地。分布于东南亚。中国见于长江以南地区。为国家二级保护动物。

④南方红豆杉，国家Ⅰ级重点保护野生植物（国务院1999年8月4日批准）。产于中国长江流域以南，常生于海拔1000-1200m以下山林中，星散分布. 贵阳市主要分布在花溪、乌当、开阳、息烽。安徽省主要分布在黄山市歙县石门乡及黄山区一带。浙江省百山祖国家级保护区内也有广泛分布，其中福建龙栖山国家级自然保护区一带最多。

⑤香榧（Torreya grandis），又称为“中国榧”，又名榧树、玉榧、野杉子，为红豆杉科，榧属常绿乔木，中国原产树种，是世界上稀有的经济树种。常绿乔木，高可达25m，树干端直，树冠卵形，干皮褐色光滑，老时浅纵裂，冬芽褐绿色常3个集生于枝端，雌雄异株，雄球花单生于叶腋，雌球花对生于叶腋，种子大形，核果状，长2-100px,为假种皮所包被，假种皮淡紫红色，被白粉，种皮革质，淡褐色，具不规则浅槽，花期4月中、下旬，果熟翌年9月。香榧种子称“香榧子”，为著名的干果。

⑥金钱松属植物为著名的古老残遗植物，最早的化石发现于西伯利亚东部与西部的晚白垩世地层中，古新世至上新世在斯匹次卑尔根群岛、欧洲、亚洲中部、美国西部、中国东北部及日本亦有发现。由于气候的变迁，尤其是更新世的大冰期的来临，使各地的金钱松灭绝。只在我国长江中下游少数地区幸存下来，繁衍至今。因分布零星，个体稀少，结实有明显的间歇性，而亟待保护。

独特的自然环境和丰富的人文景观相结合，使龙栖山成为一处令人神往的地方，它已经形成和正待开发的，值得称道的主要景点有10处：

龙栖山自然保护区管理局所在地余家坪西北方向22公里处，位于与万全乡接壤的区界上，海拔1561m，山僻路险，人迹罕至。据《将乐县志》载：“圣水岩，上有泉，不盈，不涸，病者饮之即痊，天旱祷雨即雨，故名圣水岩。”圣水岩三峰突兀，峰顶是一片石林，馋岩怪石，似鹰，似象，似虎，似龟，琳琅满目。天气晴好时，立岩顶可望见将乐、泰宁、明溪、清流、宁化五座县城及金湖，四野绿涛滚滚，云烟浩淼，云雾变幻莫测，恍如置身云霄宫中。顶峰北侧50米处有一座用石条筑成的古刹――青云堂。正殿中央端座着一尊约一米高的佛像，神采飞扬，俊逸大方，大小38尊石佛像排列两旁，或立或坐或跪，神态逼真，殿四壁雕有佛像、佛龛等佛事浮雕，这组雕像高一米多，最小的高30cm，雕刻艺术极为精湛，线条刚柔有致，有的佛像眼睛是用黑宝石镶嵌而成，石刻铭文的年代为唐贞观二年。

在余家坪东北方向8.8公里处，海拔1200m，上可俯瞰白莲全乡的各个村庄。山顶靠南的山坡上有建于唐代的寺庙，几经兴毁，已重建。庙前有一株茶树，所生茶叶品质极佳，消食化积，驱邪祛病，功效显著。仙人塘寺庙香火鼎盛。来自明溪、宁化、清流、永安、连城以及本县的善男信女不辞辛劳翻山越岭，带着大包大挑的供品上山朝拜。清顺治八年（1651）将乐冰雹成灾，白莲人吴赞郎率灾民起义，在仙人塘凭险下寨，聚众万人，对抗官兵三年之久，后中计被杀。民间传说在他遇害前，其座骑有所预感，至半山时立于一岩石上不肯前行，吴赞郎猛抽一鞭，战马蹬石腾空一跃--至今还在岩石上留下了深深的马蹄印。

距余家坪0.5公里处，有一座石拱桥横跨小溪，上建有凉亭式桥屋，厝桥两岸是一片保护较好的原始状态的林子，也是余家坪村前的“山龙口”林。方圆30多亩林地上生长着红豆杉、柳杉、三尖杉、光叶石楠、野漆、青刚栎、浙楠、大叶锥、马尾松、罗浮拷、甜槠、钩树等10多种乔灌木。如此少的面积上密集地衍生着众多品种的树木实属罕见。在桥上凭栏小憩，分外惬意。山风徐徐，溪水潺潺。茂林修竹中，飘出鸟鸣蝉噪，如诗如画。左边的山头名叫雷峰寨，是吴赞郎农民起义军的营寨之一。

距余家坪12公里，海拔1310m ，是到达里山和攀登主峰的必经之地。南北山脊五公里范围内由天然下种形成大片黄山松林。虽因雷击多次引起森林火灾，然而“春风吹又生”，黄山松林益加郁郁葱葱，最大的母树胸径已达70多厘米、树形舒展美观。十字坳东西两侧山坡上还长满了各种杜鹃。春末夏初，映山红、丁香杜鹃、毛果杜鹃鲜花盛开，寂静的山脊上姹紫嫣红、绚丽夺目。

在保护区山门外去白莲的半山腰公路上，距余家坪6公里，海拔600m，由于此处森林茂密，加上山下小王水库的蒸腾作用，空气中富含水蒸气。在气压较低的晴朗天气，早晨形成一片广阔的云海。白莲乡的大部分村落和低山全部覆盖在云海下，偶尔露出的山峰像是汪洋中的小岛，大树似灯塔。

位于余家坪下游7公里处，海拔560m 。林密谷深，余家溪弯曲跌宕，比降增大，形成一串瀑布群。其中最大一级落差10m ，瀑布下跌积成深潭，水声如雷，两岸巨石嶙峋，峭壁陡立，幽深、宁静，是夏天避暑的好去处。

在去龙潭飞瀑的路旁，距保护区管理处5.5公里。这是一块山间小平坝，面积2平方公里，有水田几十亩，房舍十来间。四周青山翠竹环抱，一条清溪缓缓穿过其中，几缕炊烟，几声鸡鸣，愈显宁静安谧，是典型的田园风光。现已在此处建成鹿园。

保护区内还有几十个手工造纸作坊。分布在里山、外山、上地、沙溪子等地。“西山纸”的制作过程要经过修山、备灰、修湖塘、砍笋、溜笋、断筒、剥皮、削片、挑竹麻、落湖、洗漂、剥料、榨料、踏料、耘槽、抄纸湿压、湿纸切边、烘焙、于纸切边、包装等28道工序。

库址位于往十字坳方向的龙井村上游，坝址高程759米 ，库容519万立方米、装机容量32OO千瓦 , 年发电量1188万千瓦时，龙井水库除发电、灌溉、养殖方面的效益外，还是龙栖山一处新的景观。它是三明市海拔最高的人工湖，水面400多亩。竹林、青山拥簇着一湖碧水，湖水漫进山凹中，形成许多曲折的绿色的港湾和半岛。

2012年，经政府部门批准，龙上行（福建）原生态旅游实业有限公司对龙栖山进行了开发建设，第一个项目就是龙栖山大峡谷漂流。该项目总投资3500万元。漂流河道全程为天然河道。

福建龙栖山国家级自然保护区管理局为该区的管理单位，机构规格为相当于副处级事业单位，隶属将乐县人民政府。自然保护区管理局是保护区的最高决策机构，内设办公室、科技科、资源保护科、计财和项目基建科、旅游产业科等5个职能科室，下设余家坪、里山、外山、白莲等4个资源管护站和龙栖山森林派出所，资源管护站又下设5个护林哨卡。 核定人员编制为60名（含领导职数11名）。（现实际在编制人员30人，雇用临时人员85人（含护林员）。

龙栖山属亚热带森林生态系统类型，其自然生态系统主要有如下特点：

生物区系古老

龙栖山生物区系起源古老，由于本区成陆历史悠久，地形复杂，环境条件优越，加上第四纪冰川未直接袭击本区，使得第四纪前植物能得以繁衍延续，但冰川进退引起的冷暖交替对第四纪前植物区系组成及其稳定有一定的影响，使得本区的现代植物区系成分较为复杂，而许多孑遗植物，如卷柏、柳杉、三尖杉、南方红豆杉等珍稀物种得以保留，这些古老植物是经过长期的地质和气候变迁而遗留下来的活化石植物，对植物地理研究有重要意义。

典型性

保护区地处中亚热带和南亚热带的交汇处，森林繁茂，在局部地段还保存了一定面积的原始性较强森林和次生林，中国特有属、种占有一定的比例，这在同一纬度中低海拔地区是罕见的，在一定程度上反映出我国东部中亚热带南缘地区森林的原貌，具有重要的生物地理学意义。

自然性

区内植被以原始林和次生林为主，森林覆盖率高达97%，特别是在低海拔地段还保存了大面积的常绿阔叶林，具有各种代表性的天然生态系统和自然景观；并且，保存了较好的原始南方红豆杉、柳杉等大胸径群落。这些原始林、次生林和原生性的珍稀植物群落具有极高的科研价值，对进一步研究我国的植物区系的起源、发展和植被的演替均具有重大意义。

生物多样性

区内生境复杂多样，适宜不同习性的生物生长和繁衍，生物物种达3 892种，包含着物种和遗传基因多样，其中含有大量的珍稀濒危物种和当地特有种。龙栖山生物多样性及丰富度在我国东部有一定的代表性，成为我国亚热带地区的一个重要的生物资源基因库。

脆弱性

该区石牛栏一带的草丛（华南虎的重要栖息地）、十字坳附近的黄山松纯林都生长在高海拔区域，这些区域土壤较薄，地势陡峡、峡谷深切，水流落差大，植被一旦遭到破坏，就极难恢复，这在一定程度上说明龙栖山保护区内的生态系统本身就极其脆弱。又由于保护区内的人为活动和生产经营频繁，特别是毛竹的经营，片面追求经济效益，对原始林和次生林的破坏没有从根本上得到控制，乱砍滥伐、乱捕滥猎、乱采滥挖现象有时还存在。生态环境已遭受一定的破坏，急需加以严格保护。

面积适宜性。保护区总面积15693hm2，保存较完整的区域有近9000hm2。其面积能维持该区森林生态系统的稳定性，为南方红豆杉、闽楠和黄腹角雉、白颈长尾雉等珍稀物种提供良好的生存环境。

感染力

龙栖山区域地层发育较全，自前震旦系至第三系均有出露，保存了大量生物化石；该区地貌奇特，经风化形成孤峰、陡壁，构成丹霞地貌，断崖林立，山间泉水奔流；保存了大胸径的南方红豆杉、闽楠、柳杉群落；其自然景观，具有极强的感染力，适合开展生物多样性保护、科研、宣传教育、旅游，前景广阔、意义深远。

根据保护区的实际情况，为了便于自然资源与生态环境的保护和管理，做到重点突出，目标明确，充分发挥各功能区的作用，将保护区分成两个区域，即保护区域和经营区域。保护区域包括核心区面积4 172.2hm2,占总面积的33.1%；缓冲区面积3 838.4hm2，占总面积的30.5%；实验区面积4 89。4hm2,占总面积的36.4%。以保护森林生态系统和国家重点保护的野生动植物为目的，始终保持自然状态。

缓冲区的作用是缓解外界压力、防止人为活动对核心区的影响，对核心区生态环境的保护具有必不可少的意义。该区内可进行有组织的科研、教学、考察等工作。

自管理局成立以来，积极会同县人大、周边乡镇，根据保护区及周边社区的特点与具体情况，制定并实施《福建龙栖山国家级自然保护区管理办法》，使保护区的保护与管理有法可依、有章可循。同时以村规民约、保护公约的形式，组成群护群防，基本形成共同保护、相互监督、齐抓共管的局面，积极为保护区野生动植物资源和生态环境的保护提供良好的外部环境，当地农民也为此作了不少贡献，区内的野生动物种群数量得到大幅增长。