小曲酒生产可分为固态发酵和半固态发酵两种。四川、湖北、云南、贵州等省大部分采用固态发酵，在箱内糖化后配醅发酵，蒸馏方式如大曲酒，也采用甑桶。用高粱包谷稻谷原料，它的出酒率较高，但对含有单宁的野生植物适应性较差。广东、广西、福建等省采用半固态发酵，即固态培菌糖化后再进行液态发酵和蒸馏。所用原料以大米为主，制成的酒具独特的米香。桂林三花酒是这一类型的代表。此外，尚有大小曲混用的生产方式，如董酒、酒鬼酒，但不普遍。