1966年进入手冢治虫的虫制作株式会社工作，并担当动画制片人和导演。1969年小林先生参加制作了手冢治虫工作室的动画电影《千夜一夜物语》(A THOUSAND AND ONE NIGHTS)，1978年他参加创设了手冢治虫制作公司动画部。

1984年他担任手冢治虫的实验短片《跳》(JUMPING)的作画，并在萨格勒布国际动画电影节上荣获最高奖项。

除了为动画担任导演外，小林准治还在2009年执笔手冢治虫的《动物徒然草》，并于2016年出版其执笔的动漫教科书《动物的运动》。