还未完全修成人形的石矶施展部分已修成的法力，将白雪皑皑的冬天变成夏天，雪瞬间全部化掉，变成大水后一泻千里，一座城瞬间被淹没，难民随处可见。雷震子被淹没在水中，设法求助，跑出来玩耍的哪吒恰巧发现他，并和一起出现的小龙女共同救了雷震子，于是哪吒与小龙女认识了，三人一起合伙想办法解救这些难民。这之后太乙真人施法将水定住，难民们得救。哪吒与小龙女成为好伙伴。即将分开之时，小龙女送了哪吒一个小海螺当作见面礼，告诉他以后只要一吹响海螺，自己就会出现。

后来哪吒因宝物混天绫和乾坤圈被父亲李靖扔进东海而本领大减，而很快又被申公豹紧逼，无奈之下他跳进东海。小龙女救了他，给他服下一颗夜明珠，并答应帮他一起找宝贝。在这过程中，小龙女有时陪着哪吒躲避虾兵蟹将的追查，有时亲自出马支走夜叉李，甚至在哪吒被逮到后全力相救，路上有说有笑，为了不被发现，小龙女让哪吒躲在大贝壳里，进入海带林后，哪吒被红海带缠住，并拔掉一条小海带，遭到其他海带追袭，小龙女救出哪吒后拼命逃离。哪吒的胳膊受伤，小龙女帮忙擦拭，并哄着生气的哪吒。探险时小龙女和哪吒全力从鲨鱼口中逃脱，并乘坐很多海鱼组成的金锁链前行，但是二人没想到，被石矶施以魔法的九尾狐狸此刻变成了一只会游泳的水狐狸，并一直跟着他们，之后二人还曾经进入海底花园，看到了美丽的龙珠，相传两个同时看到龙珠的人要么会成为最好的朋友，要么会成为最大的敌人，而这二人自然就是最好的朋友。趁他们都走了后，九尾狐曾被龙珠的保护膜杀死，断掉的尾巴飘在此处，但最后仍将龙珠盗走。历经千辛万苦，哪吒终于在敖丙的宝藏库中找到了自己的两件法宝，而此时向来霸道的三太子敖丙出现了，非说只要在东海里的东西都是自己的，随后与哪吒动起手来，哪吒与小龙女设计甩掉了敖丙，然后哪吒则成功回家。

哪吒逃离东海后，敖丙才发现东海的镇海之宝龙珠被盗，不久之后东海龙王已经回来，冲动的敖丙和糊涂又喜欢多事的龟丞相一口咬定龙珠是哪吒偷走。而失去了龙珠，东海就变成了一片死海，顿时乱了套。这之后，小龙女被龙王关入海底大牢中，敖丙、东海龙王等众则与哪吒之间的斗争也没停止，哪吒愤怒之下曾将敖丙的龙鳞剥下，致使双方之间的矛盾越来越深。甚至小龙女也苦于没有证据难以完全相信哪吒，含泪而去，这也使得哪吒伤心不已，外加愤怒之下捣毁龙宫回家。小龙女在海底沉思良久，发现妲己遗落的一条狐狸尾巴，从人鱼保姆口中听说了九尾狐的特性后，断定偷龙珠的贼是九尾狐。但小龙女又被关进海底大牢中，从两条鱼口中得知四海龙王要找哪吒报仇时焦急不已，于是耍小聪明骗虾兵开门后边躲边逃，直到后来四海的龙王合伙水淹陈塘关，直逼得哪吒自刎，而此时偶然间发现了蛛丝马迹的小龙女几经波折后挺身而出，大喊哪吒是被冤枉的，并将水退了下去。

回到东海后，小龙女将自己所发现的真相告诉了龙宫群众，表示偷龙珠的并非哪吒，而是九尾狐，敖丙却认定了哪吒就是小偷，二者争执不休，东海龙王则若有所思，表示一定要查清此事。一提到哪吒自刎之事，小龙女赌气跑了出去。后来通过女娲娘娘和太乙真人的努力，哪吒重生了，这令小龙女惊喜不已。哪吒与小龙女一起正式调查龙珠的事，小龙女提到了自己的发现，怀疑此事是九尾狐狸所干，于是二人顺藤摸瓜，最后发现幕后黑手为大魔头石矶，正是石矶派九尾狐狸帮自己偷龙珠，随后太乙真人也来帮忙。历经一波三折后，小龙女和哪吒一起找到龙珠，但逃脱时小龙女被石矶扔出的石头击伤，小龙女只能掩护哪吒将龙珠夺回并交还龙宫。

小龙女将一根可以当作证据的玉簪交给哪吒带回龙宫，而小龙女自己则被石矶俘获，哪吒急忙将龙珠奉还于龙宫，且关键时刻龙珠起到了重要作用，让龙宫再次充满希望，紧接着哪吒拿出小龙女给自己的玉簪，事实也证明了哪吒的清白，解除了双方误会之后，于是四海龙王一起与哪吒去解救落入石矶手里的小龙女。此时的小龙女正在被大蟒蛇束缚住，石矶试图让小龙女按照自己的意愿达到换取龙珠的计划，小龙女坚定不屈，之后哪吒和四海龙王集体赶到骷髅山与石矶对峙，哪吒则趁石矶与龙王缠斗时进入洞穴找小龙女，而小龙女听见哪吒的声音，尝试回应，结果被大蟒捂住嘴，之后大蟒躲起来妄图偷袭哪吒，结果被哪吒和小龙女当成坐骑使用。石矶变成龙卷风状态仍不敌哪吒被迫落败，并冲向小龙女，东海龙王为救女儿而被石矶所伤，哪吒和太乙真人亦来相救小龙女，东海龙王告诉小龙女龙珠能使贪婪者原形毕露，于是手持龙珠发出一道金光，石矶见寡不敌众，只好佯装成石像，被哪吒一记乾坤圈打碎身体，随后哪吒与成功获救的小龙女回到龙宫，东海龙王表示对自己而言，龙珠和女儿一样重要，而龙珠和女儿都得以平安返回，他不由得对哪吒称赞有加。

小龙女和哪吒再次见面之时，是哪吒与小猪熊一起中计被困地下迷宫之时。二人泡在水里，偶然间哪吒看到漂来的小海螺，于是一吹小海螺，小龙女出现了。小龙女生活在水里，熟悉水的特性，能够感觉得到水的流动，于是带着他们一起游了出去。然后小龙女带着误食石头的小猪熊一起去东海，用海底的一些仙草救了对方。得救后的小猪熊回去找到了哪吒，并且告诉他，小龙女半夜说梦话被自己听到了，就不好意思见哪吒。哪吒听了之后很是不解。

后来大魔头石矶想要霸占大地之脉，哪吒与姬发等人拼尽全力去阻止，经历了一场战役后，哪吒与小猪熊偶然间一起发现了大地之脉最终合成的精华“盘古石”，石矶准备从后偷袭哪吒时，不慎一剑刺中了盘古石，导致盘古石一分为二，哪吒和石矶各拿了一半。石矶想要抢走哪吒的另一半，不料巨大的威力将哪吒和小猪熊、姬发、石矶几人一起炸飞，大家各自被飞向了不同的地方。同时被触动的龙脉导致浩劫降临，千年不遇的海啸出现。为救助无辜的黎民百姓，小龙女和东海龙王一起设法制住水灾，同时小龙女因担心哪吒，于是向空中抛出一条飞带，祈求保他平安无事。

哪吒不慎掉进弱水，虽被救醒了，但功力全失。后经太乙真人的指点，和伙伴们一起去神奇山谷，历经各种考验，最终得到了法宝风火轮，恢复了功力。而身在龙宫的小龙女则正在思念着哪吒，向东海龙王询问是否打听到哪吒的下落，龙王声称自己已经让三海龙王帮忙打听，之后小龙女说自己要去找哪吒，但却找不到，对东海龙王表示哪吒只吹了海螺一下，还是找不到哪吒。之后哪吒带着小猪熊一起又一次来到了弱水边，可仍然过不去，小猪熊一下子想到了小龙女，于是哪吒吹小海螺，身在龙宫的小龙女听到后便出现，好友终于重逢。小龙女搭起一座彩虹桥，牵着哪吒的手一起过去。二者来到充满熊熊大火的炎山后，小龙女虽然发出巨浪尝试灭火，但于事无补，之后哪吒护在小龙女面前，并在空中用风火轮吸走炎山的火焰，一路追击着石矶。

石矶间接在共工面前挑拨离间，说是哪吒想要找共工的麻烦。共工大怒，派魑、魅、魍、魉一起对付哪吒，并将毒蝎魔杖交给石矶。已经进入昆仑山的小龙女和哪吒躺在草地上休息，小猪熊预感有不好的事发生，随后哪吒打算找到魑怪并与之交战，嘱咐小猪熊看护小龙女，小龙女担心哪吒的安危于是追过来，为了不让哪吒被偷袭，小龙女中了魑怪的黄气而晕倒，哪吒击败魑怪后，用冰玉兰花救了小龙女。魅怪的笑声将小龙女和小猪熊吸到空中，哪吒及时出手拉回二者，老猴告诉哪吒一方回音谷可以对付魅怪，后哪吒便独自去吸引魅怪，小龙女与小猪熊躲在回音谷上等待，哪吒引来魅怪后也躲起来，看着中计的魅怪自杀。对付魍怪时，哪吒和小龙女用内讧计谋演了一出队友互打的戏码，小龙女趁魍怪得意时一剑削了魍怪的羽毛，哪吒用风火轮击落魍怪。小龙女睡醒后见哪吒独自去打妖怪不太放心，于是和小猪熊追来，正巧看见哪吒处于下风，于是一剑偷袭砍伤魉怪，二者逃到悬崖上，小龙女见混天绫被魉怪拉住，于是帮哪吒争抢，小猪熊对哪吒耳语说撒手，魉怪失足险些掉落，抓住悬崖峭壁，但还是被风火轮攻击外加小猪熊助攻而摔死。

哪吒和小龙女历经艰险并设计将共工手下的四大妖怪打败后，看见石矶吞掉魑魅魍魉，又与拿着毒蝎魔杖的石矶大战，小龙女为保护哪吒，不幸被魔杖变成的毒蝎尾巴刺中，当时他们没当回事。正当石矶要再次出手之时，共工出现阻止，并将哪吒带走。而很快，共工发现自己误会哪吒，于是二人一起回去。当共工见到石矶之时，故意试探性地问她一些问题，发现石矶仍在欺骗自己，不由得勃然大怒，狠狠打了石矶一下，石矶刚刚勉强恢复的法力顿时又一次大失。之后石矶落荒而逃，哪吒也随之离开了昆仑山。

哪吒和小龙女在天上飞行时，哪吒开玩笑说想和小龙女隐退山林过日子，小猪熊吓得摔了下去，但被哪吒接住，小龙女知道哪吒只是开玩笑，笑了一下后感到毒蝎魔杖刺伤的地方有点疼，而石矶则逃回骷髅山，哪吒想要砸掉石矶庙，不想小龙女突然性情大变，要和石矶站在一起。石矶得意极了，告诉哪吒被毒蝎魔杖刺中的生物，将会逐渐变成妖怪，并会听命于她。小龙女一阵一阵地发作，时好时坏，动不动出现幻觉，看见自己即将变成妖怪并被石矶抓住，产生恐惧以及心理挣扎，依偎在哪吒怀里表示自己想去东海，于是哪吒带着小龙女还有小猪熊一起来到东海边的沙滩上，小龙女再次失去自控能力要向哪吒发起进攻，这时东海龙王出现，先是用小龙女平时与哪吒联系的小海螺将她的心灵洗净，让她有了初步的清醒。然而随后月蚀之夜将要来临，那样小龙女还是难逃变成石矶奴仆的命运。东海龙王拿出龙珠，哪吒和小龙女共同将龙珠托举，使之向天上升起，另一个月亮在空中出现了。

小龙女假意找到石矶向对方复命，石矶却以为小龙女已经成为自己的傀儡，小龙女却突然毫不犹豫地选择一剑砍向石矶，削掉了对方的袍子，哪吒亦再次出现。还未恢复的石矶发现走投无路，便拿出自己手上的半块盘古石，威胁哪吒和小龙女如果再敢靠近，就将它捣毁。哪吒拿出自己的半块，对盘古石说希望它们复原。盘古石合二为一，终于复原了。石矶企图将完整的盘古石据为己有，却失败，之后她想逃走，却被哪吒的乾坤圈击中掉下悬崖，元气大伤，并再次失去人形。见石矶被打跑，小龙女与哪吒一同去见女娲娘娘，女娲赞扬了哪吒的功劳，并将盘古石归还大地，从此任何人再也不能得到它，并且不能再破坏大自然的和谐。

盘古石回归大地之后，哪吒提出必须消灭纣王这个恶君，经过女娲娘娘的指点，他决定去西岐找姬发公子，协助对方正式起兵推翻纣王暴政。见夺回盘古石的任务完事后，离家太久的哪吒牵挂自己的父母，想要回去一趟，于是询问女娲娘娘自己父母的下落。小龙女陪哪吒寻找女娲娘娘所说的方丈山，找到了李靖夫妇的住所，小龙女此刻表示自己也想念其家人了，二人虽然难舍难分，但仍要互相告别，并期盼下次再会，于是便各回各家。

哪吒协助周武王姬发一起起兵攻克朝歌，一路上历经重重困难、过关斩将，又渡过黄河。碧霄受申公豹的蒙骗，误以为武王是害死自己哥哥赵公明的仇人，不断为难周朝军队。此时碧霄的三件宝贝中两件已被破解，第三件法宝金霞冠却将他们暂时困住。经过姜太公的指点，哪吒与小猪熊一起前往东海，想请小龙女来帮忙。不料小龙女早就已经知道此事，刻意在龙宫等候哪吒来临，却故意不说破，三人之间开了个玩笑，小龙女也假装生气要走，但最终小龙女还是拿着宝贝雾露乾坤网，和哪吒一起去往黄河处，并破解了碧霄的火龙兵。申公豹借机进一步挑唆，提出让碧霄请姬发亲自带金蛟剪来送还。而周武王姬发毫不畏惧，只身前往，表现得不卑不亢，很坦然地将金蛟剪归还给碧霄，并表示双方本不应该成为敌人。云霄出现，亲自在姬发和碧霄面前进行说和，称姬发之言并非谎话。最终碧霄终于也确信了周武王姬发是个光明磊落坦荡的君子，不会做这种事，选择相信他的清白。与此同时小龙女和哪吒等人也正常目睹着这件事，最后申公豹逃跑，小龙女用闪电追击他。

哪吒历经千辛万苦，终于成功消灭了石矶，让黑暗之谷充满光明，一家团聚，大家充满喜悦、快乐，一起庆祝这场真正来之不易的胜利。而就在此时小龙女正默默坐在房顶上，看着大家庆贺着，也默默祝贺着哪吒，替对方感到高兴。