光绪十八（1892）年进士。官福建布政使。经史词章而外，阴阳、医相，绘画、金石，均能窥其深奥。

1900年初，袁世凯派山东督粮道尚其亨和济东泰武临道吉灿升，督同任永清、马金叙、吴长纯等五营清军，到鲁西北各州县，进行野蛮扫荡，逮捕和屠杀团民，拆毁拳厂，命令各村庄长具结，永不习拳。1902年11月，山东巡抚周馥裁撤山东保甲总局、绿营，改兵为警，设立省城济南巡警总局；委派按察司使(亦称臬司)尚其亨总理警务，山东按察司使(臬司)、省城济南巡警总局督办尚其亨去济宁、嘉祥、巨野、郓城视察平息。朝廷又改派新任驻比利时大臣、较早呼吁立宪的李盛铎和山东布政使尚其亨为考察大臣。

1905年10月26日(九月二十八日)，清政府改派尚其亨(山东布政使)、李盛铎(顺天府丞)会同载泽(镇国公)、戴鸿慈(户部侍郎)、端方(湖南巡抚)出国考察政治。12月11日，载泽、李盛铎、尚其亨等人也从北京出发，来到上海。次年1月14日，这批考察团成员搭乘法国轮船公司的“克利刀连”先到日本，再转至欧洲赴英、法、比利时等国家；同行的除了一干随员之外，还有各省选派随团出洋考察者六人以及留学生若干人。晚年生活由绚烂归于平淡，1920年9月21日凌晨在北京悄然离世，享年63岁。