武举高第后，尹凤先被授为中都留事，镇守福建，以防备倭寇进犯。在任期间，他持正廉洁，不久就晋升为都指挥佥事。

嘉靖三十一年（1552），尹凤率领船队讨平了海寇许朝恩，斩首160 人，夺回被掳去的240 多名男女老少。捷报传来，朝廷特赐尹凤府库黄金。

嘉靖三十二年（1553），尹凤调任浙江都司佥事，同年秋，晋升为福建参将，分守福兴、泉漳等处。

嘉靖三十七年（1558），倭寇攻占了福清、南安两县，将抢掠的财物统统装上了船，正准备一起运出海口。尹凤闻讯，立即率军追击，打沉了倭寇的7 艘货船。又追至外洋，与倭寇大战于浒屿、东洛、七礁，生擒23 人，斩首170 多人，溺水而死的人无法计算。

嘉靖三十八年（1559），尹凤带领部队又与倭寇战于梅花洋，倭寇败退。尹凤乘胜追击至横山，生擒9 人，斩首120 多人，夺回倭寇所掠大部分财物。尹凤在福建率军与倭寇血战数十次，每战他都身先士卒，冒着纷飞的箭矢冲锋向前，战况紧急时，他竟有一个多月身不解甲。曾经有一次，军中粮食用尽，他便带领部队登上小岛，靠采集稗草度日，直到三天后粮饷运到。