该公司成立于1958年7月，使用道格拉斯DC-3客机。开始时其服务于锡马拉，博克拉，比拉德纳格尔和到达印度巴特那，加尔各答和德里等城市。不久之后，涡轮螺旋桨福克F27加入机队。

在1970年双獭和皮拉图斯波特飞机加入该航空公司机队，允许飞行到更多的边远地区和山区。加德满都延长后的跑道于1972年，获得的RNA霍克西德利高速客机和波音727。而之后两架波音757逐步取代该航空公司的波音727s。

2004年据报道，尼泊尔政府已决定卖掉49 %的股权，尼泊尔航空公司向私营部门移交管理权，同时保留51 %的份额。但是已经停止了到达班加罗尔，孟买，加尔各答，达卡，法兰克福，卡拉奇和伦敦盖特威克的航班。

2005年2月，前任主席由于大规模腐败几乎导致尼泊尔航空公司破产而被判入狱。