医院设有临床一级科室29个和二级科室18个，专病门诊40个，医技科室8个，其中国家临床重点专科6个（老年病科、周围血管外科、肝病科、妇科、针灸科、临床药学），国家中医药管理局“十五”规划重点专科2个（老年病专科、周围血管病专科），国家中医药管理局“十一五”规划重点专科5个（骨伤科、针灸科、肛肠科、高血压专病、急诊科），“十二五”重点专科6个（肝病科、妇科、肺病科、耳鼻喉科、护理学、临床药学），国家教育部重点（培育）学科1个（中医内科学），国家中医药管理局重点学科11个（中医心病学、中医脑病学、中医肿瘤病学、中医妇科学、中医儿科学、中医针灸学、全科医学、中医肝胆病学、中医护理学、中西医结合临床、中医预防医学），国家中医药管理局三级实验室中药制剂实验室1个，国家中医药管理局首批重点研究室1个（高血压病血脉理论与应用研究室），还拥有山东省中医药重点专科15个（骨伤科、中药制剂和剂型改革基地、周围血管病、肛肠病、肾病科、儿科、皮肤科、眼科、外科、血液病科、脑病科、内分泌科、肿瘤科、推拿科、风湿病科），山东省教育厅重点学科及实验室8个（中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医骨伤学、针灸学、中药制剂实验室、中医心血管病实验室），山东省卫生厅重点学科及实验室5个（中医内科学、中医妇科学、中医血液肿瘤学、中医心血管病实验室、中西医结合肿瘤技术防治实验室）。