当时巨文岛上有4个村庄，193户人家，并有5名士人。据岛民反映，“留泊者八艘内，军舰六，商船二，均是英国船，内并有上国（即中国）人译汉字者，亦有日本人通朝鲜语者居民与通情，而彼全无答语言，但知举动异于前日，现有久住之迹，木铢、夷索陆续载来，时或下陆，缘木结索，似有水门设栅之计”。5月11日，英国在巨文岛上正式升起英国国旗。1885年4月24日，英国驻朝代理总领事贾礼士（W. R. Carles）照会朝鲜督办交涉通商事务（外衙门督办）金允植：为防不测，“我国业准本国水师官，将大朝鲜国以南之小岛——英名米哈芚岛——暂行居守”。从此，远东各国及列强开始围绕巨文岛问题展开了角逐。

针对英国强占巨文岛这一事件，朝鲜、中国、俄国、日本等国都在不同程度上做出反应。中国清政府最开始本着“以夷制夷”的外交思维，出于防俄而不反对英国占据巨文岛，这从李鸿章事先得知英国将要占领巨文岛后所表现出的态度便可看出。中国驻英公使曾纪泽在知道英国已经下手后，甚至还和英国密谋订立协定，出卖朝鲜权利。他的参赞马格里（Halliday Macartney）在面见英国外相葛兰斐尔（Granville Leveson-Gower, Second Earl Granville）时传达曾纪泽的意思说：“如果英国政府有意与中国签订任何关于占领巨文岛一事的协定，中国政府都不会有怨言”。1885月4月27日，曾纪泽正式照会英国外相，称：“巨文岛乃朝鲜之属地，而朝鲜为大清国之属邦，若外人占领巨文岛，则中国政府不能默视。然据照会意旨，贵国占领该岛系一时占领，若贵国议定不损害敝邦权利及利益，则敝国亦无抗拒之意。”同时在5月1日将他的计划电告本国，建议允许英国政府占领巨文岛，并自占领之日起于满12个月后，每年将该岛岁入金额交纳朝鲜政府，而朝鲜则须将这笔金额中划出一部分纳贡中国。但是清廷否决了曾纪泽的计划，指出：“属国之地，岂可由我许其占据？且于中取利，尤非政体。倘为他国借口，流弊甚多。”即便在先前默许英国占据巨文岛的李鸿章也表示反对，称：“若允英据此岛，俄必将索占永兴湾，日本亦必有词，后患更大”，要求总署阻止曾纪泽与英国协定。于是总理衙门在1885年5月3、4日两度致电曾纪泽，阻止他的计划。于是曾纪泽按照清政府的意思，重新照会英国外相，以俄、日均会援例为由，反对英国占领巨文岛。同时清朝决定由李鸿章致信朝鲜国王李熙（朝鲜高宗），表明清政府反对英国占领巨文岛的立场，并派统领水师提督丁汝昌率超勇、扬威二舰开赴朝鲜，直接介入巨文岛争端。

巨文岛事件的当事国朝鲜最早是透过日本兵船和朝鲜政府的德国雇员穆麟德（Paul Georg von Möllendorff）才略微了解巨文岛被占的消息的（4月24日英国的照会在5月19日才被朝鲜收到），似乎对于巨文岛被占并没有什么反应或措施。5月7日，朝鲜政府才初步认识到“此系重大紧要之事，不可疏忽偾误”，因此由统理交涉通商事务衙门（外衙门）向东莱府发送关文（上级对下级的公文），指令“预择明白干事人一员”乘坐穆麟德委托的德国船只“前往巨文岛近处察看情形，随即飞报本衙门”。1885年5月5日，丁汝昌率两军舰从旅顺秘密起航，5月10日抵达朝鲜首都汉城（今韩国首尔）谒见高宗，并将李鸿章的信交给高宗。于是朝鲜更加意识到事态的严重性，于是在5月11日派遣有司堂上严世永和外衙门协办穆麟德为首的外交使团，偕丁汝昌及中国驻朝商务帮办谭赓尧前往巨文岛探查情形，并与英国进行交涉，要求英国尽快归还巨文岛。

正与英国在阿富汗对峙的沙皇俄国对英占巨文岛的反应最为激烈，特别是对朝鲜的宗主国——清朝最开始放任英国的态度感到不满，因此俄国驻华公使博白傅（Сергей Иванович Попов）在听说曾纪泽来电的消息后立即致函清朝总理衙门，提出抗议，声称：“若中国政府承认英国占领巨文岛，则俄国认为有占领其他岛屿或朝鲜王国一部之必要”。5月4日，俄国驻华使馆派员拜会李鸿章，再次向清政府施压。俄国国内舆论也一片哗然，《罗斯报》在分析了巨文岛的战略和商贸意义后指出，英国占领巨文岛的目的在封锁符拉迪沃斯托克（海参崴），其在不久的将来会造成严重后果；更具影响的《俄罗斯新闻》则主张俄国“必须要采取果断措施，谁也不能把我们像封锁在黑海一样封锁在日本海”。因此后来清政府改变态度、反对英国占领巨文岛，与来自俄国方面的压力不无关系。

日本在得知巨文岛被占的消息后照会英国政府称：“对英国占据与日本领土接近之地点，决不能毫无关心”，而对事态发展，日本则将“以关心的态度”拭目以待。与此同时，日本外务卿井上馨照会日本驻英公使：“英国如占巨文岛不退时，俄国亦必占领朝鲜之元山或釜山，再依最惠国条款，他国亦必提出同样的要求。因此，朝鲜将被分割为各国竞争场所，日本近海亦将变成争乱纠纷之焦点，同时东亚的和平也必无法维持。”所以若清廷对英国提出异议，就力促其与英交涉此事。可见日本也不赞成英国占领巨文岛，并支持清朝的举动。这也是甲申政变后日本在朝鲜采取的“退婴政策”的反映。

然而，尽管几乎所有相关国家几乎一致反对英国占领巨文岛，但英国仍敢冒天下之大不韪而不肯撤离，还修建炮台、兵营和码头，甚至在5月11日在岛上升起英国国旗，打算长期占领。就这样，中国和朝鲜围绕巨文岛问题展开了对英国的交涉。

1885年5月16日，丁汝昌及朝鲜的严世永、穆麟德抵达巨文岛，探查情形。严世永和穆麟德登上停泊在巨文岛的英国军舰“飞鱼”（Flying Fish）号，会见舰长麦杰伊（John Pearse Maclear），质问英国为何占据巨文岛。麦杰伊回答说：“因本国政府探闻俄国欲占此岛，现英于俄有失和之机，故先来暂守此岛，以资保护。”朝鲜代表继续提出抗议，而麦杰伊则说自己是奉上级命令，叫他们有事去日本长崎找英国皇家海军远东舰队司令官陶威尔去说。于是严世永和穆麟德又乘清舰前赴长崎，找到陶威尔，向他抗议，但得到的只是一纸空文：“业将昨日晤谈之语，已电知本国政府，一俟回信到时，立即函复贵官，转奏贵国大君主”，此次交涉可以说无果而终。

事实上，李鸿章本来就对这次丁汝昌高调的巨文岛、长崎之行能否为朝鲜收回巨文岛不抱希望，而他内心仍不反对英国占领巨文岛，而认为防俄更为重要。李鸿章在5月29日致总理衙门的信函中表示：“得英船横鲠于其间，亦未始非朝鲜之屏蔽”，而这层意思又不能说破，因为如果中国默许英占巨文岛，就会给俄、日以侵占朝鲜领土的口实。所以李鸿章决定在巨文岛问题上采取持久方针，表现出反对英国占领巨文岛的姿态，但这种反对又是有分寸的、消极的，以此牵制俄国，这也是他“以夷制夷”的外交思维的体现。

另一方面，朝鲜自1885年5月19日收到英国关于占据巨文岛的照会以后，对英采取强硬态度，从5月20日起由外衙门督办金允植不断对英国提出抗议，要求尽快归还巨文岛，还将其抗议照会各国驻朝使馆，德国、美国、日本均声援朝鲜对英国的交涉。英国则对朝鲜的抗议反应强烈，1885年7月2日，英国驻朝总领事阿须顿（W. G. Aston）在与金允植会谈时表示：“贵衙门以巨文岛事曾经照会各国公馆，此举吾甚怅然。我国与贵国既敦和睦，何不与我国相议妥处，至烦照会于各国乎？”同时英国外相沙士勃雷（Robert A. T. Gascoyne-Cecil, Third Marques of Salisbury）训令驻华代理公使欧格讷，以“（朝鲜的）上述抗议没有得到中国的赞同，就是对宗主权的无视”为由，要求他“在北京，并透过代理总领事在汉城，要不惜一切努力阻止这种抗议的提出”，并对中国施加压力，指出“如果不使用该国（中国）的权威去制止让英国面临困境的行动，这就是中国政府的非友好行为。”朝鲜方面在对英国提出严正抗议的同时，还采取经济制裁的手段，表示如果不解决巨文岛问题，就拒绝归还朝鲜政府对英国怡和洋行的15500两白银的欠款。英国则千方百计赖在巨文岛不走，先提出用5000英镑购买巨文岛，朝鲜政府仍不接受；又以“存煤炭”为借口，拒绝撤离巨文岛。就这样，巨文岛之争陷入相持不下的胶着状态。

1885年底，在中朝英间关于巨文岛的谈判与交涉难以取得成果时，英国改变了方针。其原因首先是英俄关于阿富汗的矛盾在1885年5月末就已趋向缓和，1885年9月，俄国和英国签订《伦敦议定书》，达成了划分阿富汗国界的原则，阿富汗危机解除，英国因而很大程度上失去了继续占领巨文岛以防范俄国的动力和理由。其次，在占领巨文岛期间，英国海军部及驻远东外交官发现巨文岛军事价值有限，它孤悬海外，要将其建成要塞投资太大，即使建成了要塞，战时保护起来也很费劲，会分散英国在远东的海军力量，英国贸易部也认为“为商业着想，并不值得保有该岛。”更重要的一点是来自俄国等国的压力，自英国占领巨文岛后，俄国迁怒于清政府，对中国抗议频频，一再威胁要占领永兴湾甚至对马岛，连日本政府都感到恐慌，在对马岛“兴筑炮台，停泊师船，征兵设防”。这些不能不给英国带来巨大的压力。由于以上因素，英国从1885年12月开始松动，但仍不撤离，而是挟巨文岛与清政府讨价还价，要求清朝占领该岛，或者让其他国家特别是俄国不占领朝鲜的领土，如此方可撤离。

但是清朝总理衙门对此表示难以同意，理由是自己不能占领属国领土，也不明白应该如何保证其他国家不进行占领，并且这种保证暂时也不重要。1886年春，中国驻英公使曾纪泽再度催促英国归还巨文岛，英国于5月17日答复称：“英廷不欲久占此岛，但恐别国占去，则损中英两国之利。中朝如能担保无人来占此岛，则英廷可以放心。倘中朝不愿如此担保，英廷欲劝中朝请俄罗斯、日本及别国会商，公订一约，担保不取高丽之地，英国甚愿入会签约，并愿立即退出此岛。”英国正式亮出“防俄”的外交底牌，却又没有理由直接要俄国的承诺，因此将这一难题抛给清朝。而清朝则据此转与俄国交涉，以期解决巨文岛问题。

1886年9月12日，俄国驻华临时代办拉德仁（Н. Ладыженский）为图们江划界事来天津，李鸿章与之就朝鲜问题展开会谈。李鸿章先将英国在1886年5月17日关于巨文岛的照会交给拉德仁，拉德仁请示俄国政府，俄国回电同意拉德仁在中国承诺不改变朝鲜现状和保持朝鲜独立的前提下，可以代表俄国向中国担保不占巨文岛。因此拉德仁最后表示：“奉到本国国家电谕，饬向中堂担保，俄国国家并无欲取巨文岛或朝鲜他处地方之意。”巨文岛问题解决的钥匙终于找到了。到10月24日，李鸿章和拉德仁几经磋商，虽然因为在宗藩关系等问题分歧太大而未能达成书面协定，但仍取得了俄国关于不占领朝鲜土地的口头承诺，因此被后来的苏联学者Б. Д. 朴称为“君子协定”。于是在1886年10月31日，清朝总理衙门照会英国驻华公使华尔身（John Walsham），以拉德仁的谈话为依据，要求英国撤离巨文岛。12月24日，华尔身照会总理衙门，表示英国已决定将巨文岛归还朝鲜，并将此决定通报朝鲜外衙门督办金允植。1887年2月27日，巨文岛的英国国旗降下来，英国军舰撤离，英国遂结束了对巨文岛长达22个月的占领，该岛亦回归朝鲜。随后朝鲜国王派判中枢府使李承五出使中国，利用祝贺光绪皇帝亲政的机会感谢清朝使巨文岛复归朝鲜的恩惠。巨文岛问题终告解决。

“巨文岛事件”是英、俄在亚洲矛盾的一次总爆发。英国占领巨文岛既是针对阿富汗危机的声东击西之策，同时也是防范俄国南下渗透朝鲜乃至东亚地区的一石二鸟之计。英国尽管没能永久占有朝鲜领土，但却挟巨文岛之重，巧妙地借用了国际关系的各种矛盾，迫使俄国政府作出了永不占取朝鲜土地的承诺，基本达到了占领巨文岛的“防俄”的初衷。

中国清廷则以维护中国对朝鲜的宗主权为出发点，运用“以夷制夷”的外交策略，使英俄两国围绕巨文岛的争端得以缓和（也暗示了俄国，如果再出现“朝俄密约事件”之类挑战中朝宗藩关系的事情，中国就不保证不改变朝鲜“现在情形”），维持了朝鲜半岛的原有秩序。巨文岛事件的解决是晚清政府利用外交斡旋手段处理大国矛盾的比较成功的特例，但也使得清廷产生了对未来朝鲜问题再度尖锐化的麻痹，盲目自信的态度也为日后甲午中日战争的外交失败埋下了伏笔。

朝鲜作为被英国侵略的一方，在感情上自然偏向俄国，同时朝鲜不理解清朝在处理巨文岛问题中的持久方针，看到区区一个巨文岛清廷都难以收回，对其保护能力大失所望，因此巨文岛事件极大滋长了朝鲜高层的亲俄情绪。而英国强占巨文岛则给俄国远东防务造成巨大压力，使俄国开始注意到朝鲜对于俄国远东安全的重要性，认识到在朝鲜树立影响力、与英国竞争的刻不容缓。所以几乎在巨文岛事件持续的同时，发生了两次朝俄密约事件，英国又再次涉入，使当时的朝鲜半岛局势更加复杂。

总之，对巨文岛事件的评价正如王芸生所言：“清廷在这段交涉中可称顺利：一、借俄国抗议为口实，迫使英军撤退；二、使帝俄誓言不侵占朝鲜领土；三、使英、俄两国事实上承认朝鲜是中国的属邦，四、由于这须交涉，使清廷君臣又加强了对朝鲜事务的干涉。”