穆麟德对这次任用非常满意，可谓踌躇满志。1882年11月18日，他与赵宁夏签订雇佣合同，12月初与赵宁夏、马建常等人一起离开天津前往朝鲜，12月12日抵达朝鲜首都汉城（今韩国首尔）。1882年12月26日上午，朝鲜国王李熙（朝鲜高宗）在昌德宫重熙堂接见穆麟德，穆麟德说：“以海外愚俗，敢到圣朝，必当恪勤于公务矣，伏望殿下亦为信赐事任。”高宗说：“当从尔言，尔其随事勤勉焉。”此后穆麟德和朝鲜王室之间就建立起信任关系。穆麟德在朝鲜担任海关总税务司兼外交顾问，协助清政府监管朝鲜。朝鲜政府授予他的正式官职是“协办交涉通商事务”（外衙门协办），因此他“袭冠带，朝参如百僚”，朝鲜官民管他叫“穆参判”。

穆麟德是朝鲜海关的创始人，他在朝鲜大力整顿海关、税务，被世人视为“朝鲜的赫德”。1884年3月出任朝鲜典圜局总办。其间铸造“当五钱”（在钱币上刻“当五”字样，使重量相等的铜钱以一当五来使用流通），导致朝鲜国内的通货膨胀。对外则积极参与朝鲜的外交活动，帮助朝鲜从天津购买军火，包揽朝鲜对外修约或缔约，被称为“最善折冲”，也可以说是当时朝鲜外交的实际负责人。当时的中国海关总税务司赫德形容穆麟德可以做到朝鲜王，美国驻朝公使福特和尹致昊也不约而同地担心穆麟德会成为朝鲜王或朝鲜副王，可知穆麟德在朝鲜政坛上举足轻重的地位。

穆麟德在朝鲜期间与闵妃集团关系密切，与开化党领袖金玉均则势成水火，金玉均曾当面指责穆麟德“无学无识”、“心术不正”，穆麟德也说：“今为朝鲜除害，宜急先除去金玉均也。”另一名开化党人尹致昊也对穆麟德非常反感，评价他“挟私不公”、“惟充己欲，不顾人邦”。后来开化党发动甲申政变时杀掉了赵宁夏，理由就是他带来了穆麟德，金玉均甚至后悔当时没连穆麟德一块杀掉，足见开化党对穆麟德的痛恨程度。穆麟德与日本、美国的关系也不佳，尤其是与美国公使福特的关系几乎到了势不两立的地步。但他却与俄国过从甚密，于是有了他的引俄之谋。

穆麟德虽然是李鸿章派来监管朝鲜、加强中国对朝鲜的控制的，但其结果却是李鸿章作茧自缚。穆麟德来朝鲜后不但从未请示过中国方面的指令，还向高宗和闵妃为首的朝鲜王室大力鼓吹“联俄拒中”。关于穆麟德背叛清朝、联合俄国的原因，一般认为他是受到了德国政府的指示或是顺应了德国的政策，蒋廷黻即谓穆麟德的行为是根据德国俾斯麦政府“引诱俄国熊到远东牧场去”的策略，以此来削弱俄国在欧洲的势力。当时的英国驻天津领事亦告诉李鸿章说：“俄欲窥朝，德阴袒之”。但是穆麟德又曾提出过朝鲜中立化、保证其免受外来侵犯的建议，说明他并不只是针对俄国，主要是为了朝鲜的独立，而“引俄”只是实现朝鲜独立所借用的手段而已。穆麟德本人曾指出清朝在协助朝鲜与欧美列强订约时要求朝鲜发出的照会中声明：“朝鲜素为中国属邦，而内治外交向来均由大朝鲜国君主自主”，故认为朝鲜仅是中国的朝贡国，中国无权干涉朝鲜内政外交，进而表示：“但如果特别指定中国的一个行政部门管辖朝鲜，似乎朝鲜就是中国的一个省而不是朝贡国（als ob Korea eine Provinz Chinas sei und nicht ein Tributstaat），因此我反对这种政策。既然为朝贡国，该国的内政就必须完全独立，不受制于中国的任何影响（ganz unabhängig von Chinesischem einflussein müsse）”。这就是他对自己行为动机的表述，换言之即穆麟德认为自己并未背叛清朝的托付，反倒是清朝的干涉政策违背了原来的承诺，对朝鲜进行了不正当的压迫，因而他有义务维护朝鲜的独立。

穆麟德最早的引俄活动是斡旋朝鲜与俄国建交，最后在1884年7月7日签订了《朝俄修好通商条约》。穆麟德在谈判期间不断向俄国代表韦贝尔示好，并向他表达了进一步结托俄国的意向，由于穆麟德在朝俄建交过程中居功至伟，所以在韦贝尔回国报告后，沙皇俄国决定给穆麟德颁发二级圣安娜勋章。但中国却对朝鲜私自缔约的行为非常不悦，穆麟德也因此被中国驻朝商务委员陈树棠参了一本，在条约签订的第二天就被叫去天津问话，李鸿章虽然听信他的解释而放过他一马，但还是对他面加戒饬。穆麟德于1884年7月23日自中国天津返回朝鲜，不但没有悔改，反而“归后大怀愤怏，必欲与中国相抗”。他在天津期间，就向俄国外交人员提议：以俄国为中心，“以比利时所享受的同样的保证”来对朝鲜实施“共同保护”，他所开出的参与共同保护的国家是俄国、英国和日本，故意把中国排斥在外。

1884年12月4日，开化党发动甲申政变，穆麟德在政变中救了闵妃的爱侄闵泳翊，更加得到闵妃的信任。而开化党的政变到12月6日即被袁世凯率领的驻朝清军平定，金玉均等人逃走，穆麟德担当了甲申政变的善后事宜，为此东奔西走，三渡日本，成为他在朝鲜活动最显眼的时候。他受到高宗和闵妃的指令，在出使日本期间秘密与俄国驻日使馆接洽，商谈俄国保护问题，甚至缔结“朝俄密约”（参见词条朝俄密约事件）。穆麟德在甲申政变前后的引俄计划先是请俄国出面划定朝鲜为比利时那样的中立国，由俄、英、日共同保护；其次是在甲申政变后，鉴于中日可能在朝鲜爆发冲突，故改为俄国的单独保护；然后随着中日对立缓和、两国驻朝军队即将撤离，又变为俄、中、日共同保护，并且由俄国人训练朝鲜军队。总之他的所有计划都是以“联俄拒中”为中心，只是随情况变化而有所修正而已。

穆麟德背叛清朝、推动朝鲜分离活动的行为在1885年7月随着俄国驻日使馆参赞士贝耶来朝鲜而彻底暴露。中国对此实施干涉，金允植等朝鲜事大党将朝俄密约说成是穆麟德的私行独断，跟朝鲜政府毫无关系，高宗和闵妃也不敢出面袒护穆麟德。最后朝俄密约流产，李鸿章也致函高宗，谴责“穆麟德搅权生事，各国皆深恶之”，要求朝鲜不能对他“假以事权”。高宗迫于李鸿章的压力，不得不于1885年7月27日下令免除穆麟德外衙门协办的职位，9月4日免去了他海关总税务司的兼差。但穆麟德迟迟不离开朝鲜，也继续在高宗和闵妃周围活动。1885年10月5日，袁世凯护送大院君回朝鲜，见穆麟德仍在朝鲜从事反华活动，乃作《摘奸论》一文呈给朝鲜政府及高宗，针对的便是穆麟德。高宗不敢得罪袁世凯，又在10月17日罢免了穆麟德最后一项兼差——典圜局总办。

穆麟德在朝鲜彻底成了闲人，非常不甘心，曾委托中国驻朝商务帮办谭赓尧上门请求袁世凯在李鸿章面前给他谋个差使。高宗和闵妃也有意继续留住穆麟德，让他做私人顾问，每月领取三百元薪金。但穆麟德留在朝鲜自然为清政府所不容，李鸿章新派美国人德尼和墨贤理接替穆麟德在朝鲜外衙门和海关的职务，袁世凯则一面向朝鲜施压，令其断绝与穆麟德的关系，一面对穆麟德许诺回中国将有“优差”，在袁世凯的一再催促下，拖了4个月的穆麟德终于在1885年11月25日乘坐清“超勇”舰离开朝鲜，回到中国，继续留在李鸿章幕府中。

1889年后，穆麟德重新回到中国海关任职，先是在上海江海关临时代理造册处税务司，1897年10月调任宁波浙海关税务司。在此期间，他倾心学术，出任皇家亚洲学会中国分会副会长，发表了20余篇论文。由穆麟德发明并提倡的满文转写方案广为满语研究的语言学家采用。

穆麟德与朝鲜的缘分也并未因他离开朝鲜而中断。接替穆麟德外交顾问工作的美国人德尼更积极地鼓吹朝鲜独立、批判中国对朝鲜的干涉，并于1888年出版了长文《清韩论》（China and Korea），论证朝鲜是独立国，力图解构中朝宗藩关系。穆麟德马上发表文章予以驳斥，认为朝鲜无疑就是隶属于中国的封臣国，阐明中朝宗藩关系的合法性。李鸿章也试图重新利用他来对抗德尼，于是穆麟德在1888年5月一度回到朝鲜，而朝鲜则识破了李鸿章的意图，没再用他。不过穆麟德与滞留中国的朝鲜大臣闵泳翊等一直保持着来往，由此也间接地和朝鲜王室维持着藕断丝连的关系。从1897年起，大韩帝国政府又想聘请穆麟德当顾问，穆麟德也愿意去，但到1899年又因不满韩国政府给出的薪金条件而拒绝应聘。

1901年4月20日，穆麟德病死于中国宁波，终年54岁，葬于上海。

穆麟德在中国期间研究汉学，并掌握了汉、满、朝鲜、蒙古等多种语言文字。其主要著作有：《中国人的家法》（1895）、《汉籍目录便览》（1876）、《满文读本》（1892）、《宁波方言便览》（1899）等书。穆麟德的藏书后来由其妻整理，捐给北京图书馆，编有《穆氏藏书目录》。

1995年和2001年韩国KBS电视台先后推出的以韩国近代史为题材的电视剧《灿烂的黎明》与《明成皇后》中，均由加入韩国籍的德国人李参（Bernhard Quandt）饰演穆麟德角色。