他出生于色雷斯的一个地方，是穆罕默德二世（征服者）的儿子，穆罕默德二世在1481年去世后，巴耶塞特与弟弟杰姆为王位继承权而开战，杰姆战败后逃到罗得岛，向医院骑士团寻求援助。骑士团挟持了杰姆，后来把他送到法国，其后再转交给教皇英诺森八世。教皇欲利用杰姆作为驱逐土耳其人出欧洲的工具，但教皇的十字军企图失败，后来利用他作为向巴耶塞特二世谈判的筹码。每年问巴塞耶特支付3万金币来囚禁他的弟弟。杰姆被囚禁至1495年，因脓疮恶化，在那不勒斯的一所监狱中逝世。

1492年西班牙国王斐迪南二世下令驱逐境内的所有犹太人，奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世立刻派遣奥斯曼海军到西班牙，把那些被西班牙驱逐的犹太人安全地送到奥斯曼帝国。巴耶塞特二世把犹太人安置在帝国各个省内，并向帝国各个省下达命令，帝国各个省要友好对待犹太人，禁止反犹，否则将处以死刑。其后，奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世写信给西班牙国王斐迪南二世的信中说道“西班牙国王斐迪南二世是个伟大的统治者，宁愿自己贫穷也要把财富赠送给别人，我实在是太需要这些人才了。”后来的历史发展也证明了，巴耶塞特二世想法的正确，这些被西班牙驱逐的犹太人，把新的思想，新的技术带进奥斯曼帝国，增强了奥斯曼帝国的国力，1493年西班牙裔犹太人在伊斯坦布尔建立了奥斯曼帝国的第一台印刷机及建立印刷机构，并相继出现了著名的犹太学者 如：Mordecai Comtino、Solomon ben Elijah Sharbiṭ ha-Zahab、Shabbethai ben Malkiel Cohen和Menahem Tamar等名人。