市山尚三1994年开始与台湾电影大师侯孝贤合作，相继担任《好男好女》（1995）、《再见南国，再见》（1996）、《海上花》（1998）等多部影片的制作人。1992年到1999年期间，市山尚三担任东京国际电影节最佳亚洲电影（后更名为电影三棱镜，Cinema Prism）单元的负责人。

1998年，市山尚三离开松竹映画转投T-Mark公司（北野事务所的附属公司），开始和亚洲的青年电影人合作。2000年，市山尚三参加制作了莎米拉·玛克玛尔巴夫导演的影片《黑板》以及贾樟柯导演的影片《站台》，其中《黑板》荣获戛纳国际电影节评委会奖，《站台》荣获威尼斯国际电影节亚洲电影推广网络奖（Netpac Award）和法国南特三大洲电影节最佳影片金球奖及最佳导演奖。同年，市山尚三创办了致力于培养亚洲青年导演的东京银座电影节(TOKYO FILMeX)并出任主席一职。2001年，参与制作Abolfazl Jalili导演的影片《爱和希望的小镇》（Delbaran），荣获洛迦诺国际电影节特别评委会奖。2002年参与制作贾樟柯导演的《任逍遥》，该片入围戛纳国际电影节主竞赛单元。