1992年6月28日，拉巴尼接替穆贾迪迪出任阿富汗伊斯兰国第二任临时总统。

1992年12月30日，在决策委员会上当选为过渡政府总统，任期两年。

1994年8月，他领导的军队与总理希克马蒂亚尔的军队发生激战。

1995年2月，他已控制喀布尔的大部分地区。

1996年9月，阿富汗新兴的武装组织“塔利班”攻占首都喀布尔后，以总统拉巴尼为首的原政府迁往阿北部。

1996年10月，拉巴尼召集成立“保卫祖国最高委员会”，由拉巴尼、马苏德领导的伊斯兰促进会、杜斯塔姆领导的伊斯兰民族运动和哈利利领导的伊斯兰统一党及一些小党派组成了反塔利班联盟。

1997年6月，反塔利班联盟成立“拯救阿富汗伊斯兰联合阵线”政府，拉巴尼出任总统。

拉巴尼发表过许多著述，其中包括《伊斯兰思想意识》和《阿富汗问题的解决途径》等。

2001年11月17日，阿富汗北方联盟领导人拉巴尼回到阿富汗首都喀布尔，这是他被塔利班武装打败、在外流亡5年后首次返回喀布尔。

2010年当选和平委员会主席。

2011年9月20日，布尔汉丁·拉巴尼遭遇炸弹袭击身亡。

袭击身亡

布尔汉丁·拉巴尼2011年9月20日晚遭遇炸弹袭击身亡。阿富汗当地TOLO电视台报道说，爆炸发生在拉巴尼的住所，拉巴尼遇难，伤者中包括高级和平委员会成员斯塔尼克扎伊。喀布尔警方发言人当天证实拉巴尼遇袭身亡，另有多人受伤。目前尚无任何组织或个人宣称制造了袭击事件。另据外电报道，塔利班发言人宣布塔利班对阿富汗前总统拉巴尼住所外的袭击事件负责。

据英国广播公司报道，阿富汗前总统、现和平委员会主席布尔汉努丁·拉巴尼遇袭身亡。官员称爆炸发生时他正在家中会见两名塔利班成员，目前尚不清楚这两人是否与袭击有关。

生前曾遭伏击后逃生

布汉尔丁·拉巴尼2009年8月13日在北部昆都士地区遭到塔利班武装分子的伏击，所幸安然无恙。据当地警察局长穆赫塔奇米描述，拉巴尼是在昆都士省阿里阿巴德地区的公路上遭到塔利班武装伏击的，武装分子使用火箭弹和榴弹对拉巴尼的车队进行袭击，拉巴尼本人及其车上随行人员都没有受伤，警察和拉巴尼的保镖还打死了3名武装分子。事后，塔利班组织发言人穆贾希德声称对此次事件负责。

国际社会谴责袭击

事发后，阿富汗总统卡尔扎伊提前结束在纽约参加联合国大会之行，回国处理事件。卡尔扎伊表示，阿富汗与美国和其它国家一起坚持的和平进程不会脱轨，他说，拉巴尼遇害“不会吓阻我们”继续追求和平的行动。　被指与塔利班有联系的巴基斯坦政府也随即谴责此次袭击事件，并形容拉巴尼是巴国实现和平的“朋友”。

20日，中国外交部谴责阿富汗前总统遇袭事件。

美英等国称不改变对阿策略

20日，美国总统奥巴马发表言论，谴责这起袭击，并矢言这项攻击不会阻止美国继续执行在阿富汗的任务。此外，美国国防部长帕内塔说，拉巴尼遇袭身亡一事不会改变美军在阿富汗的既定战略。帕内塔当天在五角大楼举行的新闻发布会上说，他对这次袭击十分关切，但认为近期阿富汗发生的一系列刺杀都没有出乎美方预料。帕内塔说，他与驻阿美军司令约翰·艾伦沟通过，艾伦认为，美方在清剿塔利班的行动中取得了进展，2011年夏季预计的塔利班大规模攻势并未出现，这也是塔利班为何转而发动刺杀袭击的原因。他说，美方正与阿方合作，争取为阿富汗重要官员提供更周密的安保。帕内塔认为，美方在阿富汗正向着正确的方向前进，拉巴尼遇刺不会改变美军战略。帕内塔说，拉巴尼在阿富汗政治和解进程中的作用突出，他希望能与其它人在这方面开展合作。

一同出席新闻发布会的美军参谋长联席会议主席马伦说，近期的刺杀袭击说明塔利班正在调整其策略，但美军当前并不需要调整战略。

英国外长威廉·黑格在纽约告诉记者，拉巴尼遭刺杀不会损及阿富汗追求和平与和解的努力。

北约秘书长拉斯穆森表示，那些在背后策划这起谋杀案的人“不会成功”。