宗教裁判所并不是产生于铲除异己或是压迫人民的欲望，我们不如说它是一种阻止不公正死刑的尝试。是的，我就是这个意思。异端学说是一种反国家的罪行，它在罗马法《查士丁尼法典》中被定为死罪。统治者们相信自己的威权来自上帝，他们无法容忍异端分子的存在。普通人也是如此，他们认为异端分子是危险的外来者，必将招致天谴。

在中世纪早期，被控为异端的人会被带到当地领主那里接受审判，跟那些偷猪或是损坏灌木丛（是的，这在英格兰是一种严重罪行）的人一样。跟那些犯罪不同的是，你很难认定被控告的人是不是真的异端分子。（要判断明白），首先得有人接受一些基本的神学训练——那正是大多数中世纪领主十分缺乏的东西。结果，欧洲各地有无数的人被世俗统治者处死了，没有公平的审判，也没有对指控有效性的适当评估。

天主教会在这个问题上的对策就是宗教裁判所，它于1184年由教皇卢西乌斯三世（Pope Lucius III）始创。它的创设是基于这样一种需要，即让被指控的异端分子得到公平的审判，这样的审判由知识丰富的法官主持，并按照证据法的原则行事。

在世俗统治者眼中，异端分子背叛了上帝和国王，因此死不足惜；而在教会看来，异端分子只是离群的迷途羔羊。作为上帝的牧羊人，教皇和主教们有责任按照耶稣基督的教导来把他们带入正途。这样，中世纪的世俗领袖们汲汲于捍卫自己的王国，而教会则在努力拯救灵魂。宗教裁判所为异端分子提供了一种逃脱死刑并重返社群的方法。

正如这份新报告所确认的那样，大多数被宗教裁判所控为异端的人都得到了缓刑或是无罪开释的结果，那些被认定犯有重罪的人也可以有忏悔、苦修并重返教会的机会。宗教裁判所背后有这样一个假定，那就是异端分子只不过是走错了路的迷途羔羊。但是，一旦审判官确定某只羊的离群是出于故意，宗教裁判所就别无选择了。不知悔改和顽固不化的异端分子将被逐出教会并交由世俗统治者处理。

与人们通常的想象不同，宗教裁判所不会烧死异端分子。把异端邪说定为死罪的是世俗统治者，不是教会。事实上，中世纪的宗教裁判所拯救了无数无辜（甚至是不那么无辜）的人，而那些人本来可能会成为世俗领主或是暴民统治的牺牲品。

在13世纪当中，宗教裁判所在方法和实践上都变得系统得多了。训练有素的多明我会修道士衔教皇之命主持着宗教裁判所，他们组织的审判代表着当时欧洲最好的法律实践。

14世纪以降，王权日益增长，宗教裁判所的主宰从教皇变成了国王。以前只有一个裁判所，却有许多个。尽管存在滥施刑罚的危险，但西班牙和法国等地的君主还是尽力保证其治下的裁判所既有效率又不失仁慈。

16世纪，女巫大恐慌席卷欧洲，这股歇斯底里的狂热正是在那些拥有完善的宗教裁判所的地区得到了遏制。在西班牙和意大利，受过训练的审判官对女巫集会和烧烤婴儿之类的指控进行了调查，并认定它们毫无根据。而在其他地方，尤其是德国，世俗和宗教法庭烧死了数以千计的女巫。

与中世纪其他世俗法庭相比，宗教裁判所无疑要开明得多。那么，宗教裁判所并没有烧死数百万人的事实为什么会让大众尤其是新闻界如此惊讶呢？首先，当人们想到宗教裁判所的时候，他们脑海里浮现的实际上是西班牙的宗教裁判所。不，这样说也不对。他们脑海里浮现的实际上是关于西班牙宗教裁判所的神话。有趣的是，在1530年之前，西班牙宗教裁判所一直受到普遍的赞扬，被认为是欧洲最好、最人道的法庭。事实上，当时还有这样的记录：西班牙的罪犯故意做出亵渎的行为，以便被移入西班牙宗教裁判所的监狱。不过，在1530年之后，西班牙宗教裁判所开始把注意力转向新起的异端路德教，关于它的错误认识可能正是来自于新教革命以及由此而来的（新教和天主教之间的）敌对状态。

到16世纪中叶，西班牙成了欧洲最富有也最强大的国家。包括荷兰、德国北部和英格兰在内的欧洲新教区域也许无法在军事上与之匹敌，但他们却拥有一件威力巨大的新武器：印刷机。西班牙人在战场上击败了新教徒，但却输掉了宣传战。正是在这段时间里，人们制造出了关于西班牙的著名的“黑色传奇”（Black Legend，从16世纪开始，反对西班牙和天主教会的一些作家和历史学家写了大量著作来反映西班牙的残忍和不宽容，由此制造出了一个邪恶的西班牙形象，是为“黑色传奇”——译者注）。数不清的书籍和小册子从北方的印刷机里涌出来，控诉着西班牙帝国在新世界的人性沦丧和可怕暴行。富饶的西班牙被描绘成了一个黑暗愚昧的邪恶之地。

新教针对西班牙宗教裁判所的宣传从“黑色传奇”中所获甚丰，但它也有其他的来源。从宗教改革开始的时候起，新教徒就遇到了一个很大的困难：他们难以解释为何新教创立的时间会和基督创教的时间差了15个世纪。天主教徒自然会在这一点上做文章，他们指责新教徒是在基督的教会之外别立旁门。新教徒则辩称他们的教会才是基督的教会，只不过是被天主教压制在了地下，而罗马天主教会就是罗马帝国的继承人，它像当年的罗马帝国一样在整个中世纪期间迫害基督教徒。

不巧的是，中世纪还没有新教徒，但新教作家们仍然从中世纪异端分子的各种表象下认出了他们。这一来，中世纪的宗教裁判所就完全成了一个试图摧毁隐藏的真正教会的凶手。而西班牙宗教裁判所仍然十分活跃，正在以极高的效率把新教徒驱逐出西班牙，它对新教作家来说不过是这一场大迫害的最新版本。有了这一素材，再随便加点“黑色传奇”的作料，你就可以一本接一本地炮制关于残忍邪恶的西班牙宗教裁判所的小册子了——那些新教作家就是这么干的。

西班牙帝国及时地退出了历史舞台，财富和权力转移到了北方，尤其是法国和英格兰。

到17世纪晚期，欧洲各地的咖啡馆和沙龙里已经溢满了宗教宽容的气氛。天主教和新教的宗教裁判所都萎缩了，只有西班牙人还抱着自己的宗教裁判所不放，并因此受到人们的奚落。

伏尔泰之类的法国思想家把西班牙看作是中世纪的样板：虚弱、野蛮、迷信。西班牙宗教裁判所本来就已经戴上了宗教迫害的嗜血工具的帽子，又被启蒙思想家们嘲笑为愚昧和不宽容的野蛮武器。一个新的、虚构的西班牙宗教裁判所就这样建立起来了，它是由西班牙和天主教会的敌人设计出来的。

关于宗教裁判所的一点点真实写照已经回到了人们的视线当中。问题是：有人会注意这些吗？

宗教裁判所的发展主要经历了这样三个阶段：

在宗教裁判所成立之前，教会反对异端的任务通常由主教调查，并交由世俗法庭予以制裁。第三届拉特朗大公会议（1179年）开始对此进行立法，成为后来十字军对阿尔比派（Albigenses）镇压的法律依据。1224年皇帝腓特烈二世对异端执行了火刑，后格里高利九世对此萧规曹随。

最初，宗教裁判所建立在地方主教区，由主教掌握。由于主教有时不在自己的教区抑或公务缠身无暇顾及，导致当时的宗教裁判所效率低下。于是教皇格里高利九世在13世纪30年代发布通谕，建立直属教皇管辖宗教裁判所。1231年教皇格里高利九世发表《绝罚通论》（Excommunicamus）来谴责异端，并想到新的措施来对付异端，在德国、法国北部、郎格多克以及意大利都设立了异端裁判所。而受派去异端裁判所的审判员大多都是多明我会的修士。在昔日欧洲，异端裁判所是声名狼藉的，是不光彩的，但当时的异端裁判所并不是一个机构，充其量只是一系列的宗教审判员，1252年，教皇依诺增爵四世进一步批准宗教裁判所可以在审讯用刑。可用刑罚包括没收全部财产、鞭笞、监禁、终身监禁，不撤销自己异端思想的下场是火刑。由于有权搜捕嫌疑犯及同伙，这使得人人自危。

宗教裁判所存在的几个世纪中，以宗教为名进行了许多不当的审判。宗教裁判所限制了中世纪的西欧思想文化的发展，却巩固了教会的权威。另一方面，宗教裁判所与十字军一样，为天主教历史留下污名。

1229年在图卢兹曾召开一个重要会议，为要对付当时迦他利派与瓦勒度派的势力，所以在会议中决定除了诗篇和日诵祈祷书中所有经文以外，禁止所有的平信徒购买《圣经》，特别是所有的圣经译本。会议中第二件重要性的行动就是异端裁判所的成立。中世纪后期的罗马教皇判迦他利派与摩尼教同为异端，得处以死刑。这段时期对异端狠毒的刑罚，使得迦他利派于百年后绝迹，而瓦勒度派也受摧残。因为这早期的成功，以至于到宗教改革时期，罗马教会仍沿用这种办法对付之。

佩德罗·贝鲁格特所绘《在宗教裁判大会中的多明我会会士》（Saint Dominic Presiding over an Auto-da-fé）的场景：高台上头顶有光环之主持者为圣多米尼克。

于1478年由西班牙伊莎贝拉女王要求教皇思道四世准许成立，用以维护天主教的正统性，以残酷手段惩罚异端，教皇思道四世虽曾指责，但教廷始终没有禁止此种行为。

早在1539年，墨西哥的宗教法庭巳开始将抨击教会的唐卡洛斯·奥梅托奇秦（特斯科科的酋长）判处火刑烧死。其后1571年，来自西班牙的唐佩德罗·莫亚·孔特雷拉斯在墨西哥正式成立异端裁判所圣职部仲裁法庭，同时成为第一位裁判所长。此法庭最后停审于1820年。

教皇保罗三世于1542年成立罗马异端裁判所，对整个天主教世界的宗教审判所保有监督权。罗马异端裁判所由教皇直接管理，有别于1478年建立的西班牙异端裁判所。保罗三世委任六名红衣主教构成一个中央法庭，称为神圣罗马公教异端裁判部，这个机构要求认罪的被告进行公开悔过的苦行，包括自我鞭打，到圣地朝圣，罚款还有穿着表示被判刑者身份的服装。此外严重者还会被没收财产以及监禁，如伽利略即被判决受软禁。

1904年，罗马的宗教裁判所改为至圣圣部（Supreme Sacred Congregation of the Holy Office），并于1965年改名为神圣信仰教理部 （Sacred Congregation for the Doctrine of the Faith）。1985年起，取消神圣一词，成为今天的信理部，继续面对及捍卫世界价值对天主教的教义的挑战与冲击。如今天同性恋问题，神父恋童癖等等。