十九年春，世祖巡幸上都，皇太子从，丞相阿合马留守。妖僧高和尚、千户王著等谋杀之，夜聚数百人为仪卫，称太子，入健德门，直趋东宫，传令启关甚遽。九思适直宿宫中，命主者不得擅启关。贼知不可绐，循垣趋南门外，击杀丞相阿合马、左丞郝祯。时变起仓卒，且昏夜，众莫知所为，九思审其诈，叱宿卫士并力击贼，尽获之。贼之入也，矫太子命，征兵枢密副使张易，易不加审，遽以兵与之。易既坐诛，而刑官复论以知情，将传首四方。九思启太子曰：“张易应变不审，而授贼以兵，死复何辞！若坐以与谋，则过矣，请免传首。”皇太子言于帝，遂从之。九思讨贼时，右卫指挥使颜进在行，中流矢卒，怨家诬为贼党，将籍其孥，九思力辩之，得不坐。

阿合马既败，和礼霍孙拜右丞相，中书庶务更新，省部用人，多所推荐。是年冬，立詹事院，以九思为丞，遂举名儒上党宋道、保定刘因、曹南夹谷之奇、东平李谦，分任东宫官属。二十二年，皇太子薨，朝议欲罢詹事院，九思抗言曰：“皇孙宗社人心所属，詹事所以辅成道德者也，奈何罢之！”众以为允。三十年，进拜中书左丞，兼詹事丞。明年，世祖崩，成宗嗣位，改詹事院为徽政，以九思为副使。十一月，进资德大夫、中书右丞。会修世祖、裕宗《实录》，命九思兼领史事。大德二年，拜荣禄大夫、中书平章政事。五年，加大司徒。六年，进阶光禄大夫，薨，年六十一。子金界奴，光禄大夫、河南省右丞。