1937年，张显清出生。

1957年9月至1962年7月，就读于北京大学历史系。

1962年，从北京大学历史系毕业，后师从吴晗攻读明史专业研究生。

1962年9月至1965年7月，在中国科学院哲学社会科学部历史研究所师从吴晗攻读明史专业研究生，毕业后留任中国科学院哲学社会科学部历史研究所工作，历任明史研究室副主任、主任，中国社会科学院科研局学术秘书，中国社会科学院党委办公室主任。

1990年，晋升为研究员。

1997年至2001年，任中国社会科学院考古研究所党委书记、副所长。

2011年，当选为中国社会科学院荣誉学部委员。

张显清有关明代政治史研究涉及明初政治、明中后期党派斗争，明代法律制度、科举制度、礼仪制度、宗藩制度、宗族关系，以及明代农民战争等，对推进明代政治史的研究作出了贡献；对明代思想文化做了多方面研究：把对思想文化的研究与对社会经济政治的研究相结合，把对社会思潮的综合研究与对某位思想家的个案研究相结合，不仅研究哲学思想，而且研究政治思想、经济思想、文学思想。20世纪80年代初，提出了明清“实学思潮”的命题，并对这一思潮出现的原因、主要内容、历史作用等做了分析。