更新时间：2023-12-04 20:21
1981-1985 北京师范大学生物系学士
1988-1993英国爱丁堡大学分子遗传学系 博士、博士后
1993-1997美国纽约大学 博士后
1997-2007美国洛克菲勒大学 助理教授、副教授
2011-2013清华大学医学院基础医学系主任
2013-2016清华大学医学院副院长
2007- 至今 清华大学医学院教授， 北京协和医学院兼职教授 清华大学艾滋病综合研究中心主任 ，全球健康与传染病研究中心主任
2016年当选为非洲科学院院士
艾滋病等人类重大病毒性传染病的致病机理，重点研究疾病进展过程中病毒与免疫系统相互作用关系，研发抗病毒药物、抗体和疫苗。在研的其它方向还包括埃博拉病毒，寨卡病毒，中东呼吸道冠状病毒，禽流感病毒等新发突发高致病性病毒。通过解析多克隆和单克隆抗体的结构和功能，综合分析人体保护性抗体反应的组成特点，并利用结构生物学和系统生物学手段，理性设计优化单克隆抗体和疫苗，力争率先研发成功根治艾滋病的治疗策略和高效艾滋病疫苗。在研的其它方向还包括埃博拉病毒，寨卡病毒，中东呼吸道冠状病毒，禽流感病毒等新发突发高致病性病毒。此外，担任清华大学医学院全球健康学科建设总协调人，负责相关学科人才引进、教学、科研和对外合作，积极推动新需求和新形势下的学科发展。
张林琦博士二十多年来主要从事AIDS的基础和临床研究，先后获得美国国立卫生研究院（NIH）等科研机构的研究资助8项，973项目首席科学家，科技重大专项“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治-创新型粘膜疫苗”首席科学家。作为第一和第二申请人获得的资助经费达1047万美元。
他在国际上率先与何大一教授一起从HIV-1病毒学、宿主免疫学、遗传学（如基因突变和多态性特点）等方面，阐述了HIV-1感染和发病机制，而且建立了动态模型并提出了艾滋病的客观评价指标，对临床疗效和预后的判断作出了重要贡献。
1993年起在何大一
1998年张林琦博士被洛克菲洛大学校长任命为副教授和高级研究员，承担多项重要研究课题。由于胸腺是体内产生T淋巴细胞的主要器官，对胸腺在HIV感染过程中的研究就显得格外地重要。他和他的同事利用实时PCR的方法，在世界上首次定量出体内胸腺的活性，并对HIV对胸腺活性的影响进行的初步的研究。这个省时、高效、高精确度的定量方法直接可以从病人的血液中得到胸腺活性的指标。
更重要的他发明了多种病毒学及免疫学定量指标和方法，特别是通过胸腺细胞中RTEs基因产物的研究，提出了RTEs基因产物减少与艾滋病患者CD4 T细胞降低的速率相关的学说。
这些成果为广泛推广的艾滋病抗病毒治疗后的免疫重建模式奠定了可靠的定量依据。同时对进一步的开展药物治疗与免疫治疗相结合的治疗方案提供了科学的线索。这些病毒学及免疫学定量方法，对于HIV/AIDS临床治疗有着直接的指导意义。近年来他分别在国际上最著名的杂志（如：Nature Medicine、Nature、J Clin Invest、Lancet、New England J Med, Science和J.Exp.Med）发表论文，被SCI收录83篇。检索其中的31篇在近五年来被引用1891次。影响因子高达293，张林琦教授多次被国际会议和国内大学邀请作学术报告和合作研究，是艾滋病领域年富力强的实力派科学家。
2021年12月，由清华大学医学院教授、清华大学全球健康与传染病研究中心与艾滋病综合研究中心主任张林琦教授领衔研发的新冠单克隆中和抗体安巴韦单抗/罗米司韦单抗联合疗法12月8日获得中国药品监督管理局的上市批准，用于治疗轻型和普通型且伴有进展为重型（包括住院或死亡）高风险因素的成人和青少年（12—17岁，体重≥40kg）新型冠状病毒感染（COVID-19）患者。其中，青少年（12—17岁，体重≥40kg）适应证人群为附条件批准。
领衔研发腾盛博药新冠中和抗体联合疗法
2021年12月8日，国家药品监督管理局宣布，已批准腾盛博药新冠中和抗体联合疗法的上市申请。该联合疗法的正式名称为“单克隆中和抗体安巴韦单抗/罗米司韦单抗”，可用于治疗轻型和普通型且伴有进展为重型高风险因素的成人和青少年。其中，青少年（12-17岁，体重≥40kg）适应症人群为附条件批准。
腾盛博药的新药，由其与清华大学、深圳市第三人民医院共同参与，由清华大学医学院教授张林琦领衔研发。
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2016当选为非洲科学院院士
2016连续三年爱思唯尔中国高被引学者感染和免疫专业第一名
2016清华大学教育教学成果一等奖
2015“十一五”到“十三五”国家科技重大专项艾滋病粘膜疫苗首席科学家
2015获国家科技进步奖二等奖
2008国家自然科学基金杰出青年基金
2007科技部“973”计划首席科学家
2007“新世纪百千万人才工程”国家级人选
2003国家自然科学基金海外杰出青年基金
2021年12月15日，入选全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进个人拟表彰名单。