明世宗曾经奉太后拜谒天寿山诸陵，谈及选择宰相。太后说：“先皇曾说提学张邦奇器识，他日可为宰相，其人安在？”明世宗醒悟道：“尚未用也。”服阕，召为吏部右侍郎，历任吏部左侍郎，掌吏部事。张邦奇推荐善良的人，拒绝他人的请托。吏部升降，多听从内阁，唯独被张邦奇所否决，被大学士李时所忌恨。郭勋的家人犯法，希望通过重金贿赂，请求宽免，张邦奇不从。明世宗欲提拔张邦奇任尚书，为李时和郭勋所阻止。兼任翰林院学士，改掌翰林院事，充日讲官，加太子宾客，改掌詹事府。九年考绩，升任礼部尚书。因母亲年老，想便于赡养，于是改任南京吏部尚书。历任南京兵部尚书，参赞机务。明世宗念及张邦奇，与严嵩交谈中提及。严嵩说：“张邦奇性至孝，母老，不乐北来。”明世宗信其言，于是不再征召。