正历4年（993年）2月22日（993年3月17日），御匣殿与二姐藤原原子、三姐同时在父亲藤原道隆的宅邸东三条院的南殿举行了成人礼。大约于长保初年（1000年）入后宫，为姐姐皇后藤原定子的御匣殿别当。御匣殿是后宫贞观殿的别称，掌管天皇和后妃们的衣服缝纫之职，其长官称御匣殿别当。进入平安时代中期后，逐渐成为天皇准妃妾的称号之一。

长保二年十二月十六日（1001年1月13日），姐定子在生下第三个孩子媄子内亲王后崩逝。据说定子在死前将三个孩子托付给了御匣殿，所以御匣殿成为了三个外甥的养母。

在养育外甥之时，受到一条天皇的宠爱，后来怀孕了。其兄伊周和隆家十分开心，祈祷她能像定子一样生下皇子。但是到了快生产的时候，御匣殿却死去了，孩子也未生下来。