公元3世纪，基督教传至日耳曼西哥特人，在一些地方出现雏形教会组织即被称为基督教异端的阿里乌派教会。5世纪后半期，法兰克人征服日耳曼各部落。496年，法兰克国王克洛维（481—551年在位）皈依罗马教会；查理曼大帝（768—814年在位）在罗马教会支持下，强迫信奉阿里乌派的日耳曼部落放弃原信仰，归顺罗马教会。此后，德国教会在封建主支持下迅速发展，至15世纪末，每座村庄有小教堂，每座市镇有几座教堂。16世纪，欧洲宗教改革运动在德国兴起，维滕贝格大学神学教授马丁·路德被后世尊为基督教新教路德宗创始人，后路德宗等新教各派从罗马教会中分裂出来。

二战后，德国分裂为东、西两部分。1949年9月，西部德意志联邦共和国建立，以新教路德宗和天主教为主要宗教。1949年10月，东部德意志民主共和国建立，宪法保证信仰自由。1948年埃森纳赫宗教会议决定，整个德国新教组成德国福音教会，该教会以信义会和归正会为主，其他还有浸礼会、卫理公会、摩拉维亚教会、门诺会、信义宗自由派教会等，其成员包括东、西德新教各教派：领导机构是主教会议、教会大会和教会委员会。1969年，“东德新教协会”成立，脱离德国福音教会，但与西德教会联系密切。东德教会每年经费一大部分来自西德。1990年，德国统一。1991年6月，德国新教在分裂22年后重新结盟。新联盟包括原东德8个新教组织和西德16个新教教会。