更新时间：2024-07-31 14:00
民国初年，河北保定府。段祺瑞爱将阎旅长染病高烧，夜间又遇刺受惊，狂躁暴怒。当地名医给阎治病，因不敢担保治愈，当场被杀。阎命副官黄岳将全城大夫抓来，治不好一律枪毙。医者纷纷逃命，被抓者均遭毒手。
草医文氏上京路过保定府，“以惊治惊”，怪招迭出，果然手到病除。
阎让文进京后，去找阎之旧部、现任警察署长的于世勋帮忙。
京城药铺掌柜车大吹突然昏迷不醒，于世勋爱慕菊花，正为此烦恼，文三块持阎旅长亲笔信前来拜访，于立刻请文到车家施治。文三块见病人未死，却已装入棺材入殓，力推众人劈开棺材，终将车大吹救活。于托媒人提亲，要娶菊花。车大吹攀高枝，菊花与车吵闹之间，得了双手上举却放不下来的怪病，遍请名医，都不能治，于是请文三块治病，文假装取针，突然伸手去解菊花裤带，菊花既羞且惊，忙伸手遮护。车大吹等大怒，大骂文三块下流，挥拳相向，被菊花拦住，众人这才发现菊花的双手已经放下，不禁恍然大悟。
阎旅长奉段总理之命进京驻防，当了司令，得知文三块和于世勋因菊花结仇，特为二人说和，要把新娶的十姨太送给于，可于不买账，就看菊花好，让阎拍了桌子。于惹不起阎，怀恨而去。阎大包大揽，给文和菊花操办婚事，文和于世勋结下了解不开的仇。
北洋政府大员丁福天的掌上明珠紫玉患了急症，文三块冲上大街，抢了一人手里的旱烟袋，用旱烟油，治好了紫玉的“哑巴痧”，众人无不称奇。丁福天让紫玉向文道谢，小丫头却出语惊人，称长大后要给文做太太。
文和张宗瀚交恶，继而怀揣毒药，去找张较量喝毒解毒的医术。却因来了一个病人而转为较量医术，张被激的兴起，放下话：如果是真，他愿意当众赔罪。结果，那位患者吃了文的药，当晚止咳、安睡，翌日面肿全消。张见状惊呆，尤其是听说文所开药不过是蚌粉加少许青黛后，只得自叹不如。文让张唱一段京戏旦角的《贵妃醉酒》，权当赔罪，张为之气结，菊花从中阻止，张回家后一病不起。
许多穷人登门探望张宗翰，菊花很受触动，劝文三块体恤看不起病的穷人，积德行善。文虽没应，却假称看不了妇科，把病人都推给了门庭冷落的张宗翰。
车大吹自称拿到文的秘方药，大卖绿豆汤。于世勋利用张宗翰，揭穿车的骗局，意在搞臭文三块。
于世勋和焦二爷狼狈为奸，霸占了庆丰楼，没想到许掌柜和警察局朱局长是绕着弯儿的亲戚，于、焦栽了大跟头。朱局长陪感冒的太太去找文三块看病，文没给看，得罪了朱局长，于趁机和焦定计，要借刀杀人，谋求局长之位。
于世勋贿赂王副厅长，终于坐上局长宝座，焦二爷立刻夺回庆丰楼，许掌柜气得吐了血。
于世勋要以文三块无照行医为名封了三块堂，贾贵献计：让焦二爷派人去收保护费，要把文搞得倾家荡产。三块堂被焦二爷的人砸了，菊花要请母亲出头，文三块不让，假意逢迎焦二爷，答应按时送上保护费，张宗翰、许掌柜等对文很不齿，却不知文在茶里给焦下了药。
焦二爷忽觉全身奇痒难忍，十分痛苦，张宗翰诊断为隐疹，用药却毫不见效。无奈，只好请文来治，文说是“酒毒”，开了个单方：母猪屎水，让焦连喝七天。
焦二爷喝了七天的母猪屎水，恶心地直吐胆汁，但病却好了，对文的医术很佩服。菊花也缠着文要学下毒，说要治治于世勋。
文三块治好了焦二爷大嫂的病，焦二爷感恩，和文成了朋友，于世勋封了三块堂，和维护文的焦二爷闹翻。
日本使馆商务参赞的妻妹直子得了“对口疮”，德、法、日医院皆束手无策。文见直子疮口溃烂，充满脓血，高烧几近昏迷，针挑、施药已经无效，命人去捉蚂蟥。“蚂蝗疗法”最终救了直子。
于世勋买通主考官，在考场上为难文三块，文反把主考官弄得下不来台，被轰出考场，虽然考了第一，警察厅却不发执照，多亏王次长有面子，三块堂才重新开业。
丁福天的夫人患急病，丁福天请来文三块，文诊断丁夫人得的是“少阴伤寒”，尚有一线生机，海东升等不同意文在医院给丁夫人治病，文不惜以性命作担保，开中医签字救人之先河。贾贵威逼丁夫人贴身丫头春梅，在药里投毒未遂，为灭口，背着于世勋，杀了春梅一家。
说话间，菊花出现怀孕症状，文喜出望外。十月怀胎，菊花生下一女。
貌美如花、充满时尚气息的紫玉从美国卫斯理学院毕业归来，举办20岁生日派对，海东升和王次长夫妇受邀前来，一见紫玉，惊为天人，菊花、丁夫人等也觉得海和紫玉很般配。
紫玉登门看望文三块，菊花嫌紫玉对文太亲热，不禁说起紫玉当年那句要给文做太太的“戏言”，文笑菊花连孩子的醋都吃，菊花却开始防紫玉。
紫玉为文三块送来西装和皮鞋，约他到六国饭店共进晚餐。
海东升托于世勋帮忙查紫玉的男朋友，贾贵跟踪紫玉到了六国饭店。文三块把西装、皮鞋还给紫玉，紫玉却称这辈子非文不嫁。
海东升苦劝紫玉别拿自己的幸福开玩笑，贬低文三块，遭到紫玉怒斥。
海万念俱灰，饮弹自杀，所幸，焦二爷出手阻拦，海大难不死，伤愈后随苦等他十年的千代子远走日本，王次长为此恨上文三块。
菊花威胁文如果娶紫玉，她就嫁给于世勋。文忍无可忍，说出要娶紫玉的话，菊花不顾家人劝阻，真的嫁到了于家。
为开中医院，紫玉出国考察。其间，马金成之妻得了罕见的虫子病，张宗翰请文三块来会诊，文开出的药是“以毒攻毒”，可马金成夫妇不遵医嘱吃药，导致马妻身亡。于世勋勾结王次长买通法院，抄没文的全部家产，判了个永世不得行医的罪名。
北洋政府垮台，王次长之流跑到了天津，文三块终于可以行医了，于世勋依然稳坐局长宝座。
菊花在车妻、绿袖的开导下，慢慢地想开了，而且信了教。
政府要取消中医，因中医界的抗议风潮，终使政府收回成命。
七七事变爆发，于世勋不听菊花的劝，接着做局长，但却和鬼子不是一条心，贾贵上蹿下跳，成了铁杆汉奸。
日本人规定每家的挂钟要按日本时间拨快一小时。文三块硬是不拨。
紫玉来求菊花，请于世勋营救文三块，日本司令官惊奇文医术奇绝，命于世勋做文工作，文宁死不做汉奸，但在紫玉启发下，最终答应了高木的要求。
焦二爷率手下暗杀鬼子，却因贾贵的告密被鬼子包围，全部战死。
文三块在成琳、学谦的帮助下，买通给日军做饭的厨子，在饭菜里下了药，一个中队的鬼子都上吐下泻，无药可医。
菊花被日本人所杀，于世勋为做汉奸而忏悔，为无力救妻而愧疚，随后持枪闯入宪兵司令部，射杀吉野等鬼子，与增援鬼子战至最后一弹。
车妻为给女儿菊花报仇，每天夜里，飞檐走壁，专砍鬼子的头，后中埋伏，受了枪伤，直子来求文三块给高木治病，听说此事，恪守医生天职，给车妻实施手术取出了子弹。文为直子的职业操守所感，终于巧施长针，救了高木一命。
抗战胜利，街上传来鞭炮锣鼓声，文三块、紫玉率家人一一祭奠死去的亲友，伤心落泪。
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①张倩如表示她因为拍这部戏让她对那个年代“假小子”式的装扮特别着迷，所以跟风有段时间一直这样打扮，这身帅气明朗的扮相也正是她的开朗性格所在。
②冯远征在剧中扮演文三块，他表示自己对文三块这个人物很感兴趣，因为剧中有很多打斗戏份，他拍摄时还肩拉伤，右手骨裂。
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电视剧《怪医文三块》讲述了草医文三块以自己神奇医术成为一代名医的传奇经历。该剧不仅剧情动人，反派人物更是展现民族大爱，如杨立新此次诠释的角色有着很深的民族气节，让人又爱又恨。尽管他一直是剧中的反派角色，但当民族危机来临，于世勋却能以民族大义为重，以个人恩怨为轻，几次暗中帮助文三块，显示出了这个人物的民族气节。除了民族大爱之外，于世勋在与菊花、文三块的这段三角之恋中也显现出他的真性情，不管是因为真情，还是责任，被牵进感情三角阵的三人，他们向人们展示出了真性情。而正是这段谱写出真性情的爱情大三角让人分外感动，让其中的每个人物都散发光彩（新浪娱乐评价）。