1512年起，纳瓦拉包含首都潘普洛纳在内的大部分领土被费尔南多二世占领，而他的父母企图在1516年反攻失败后相继过世。因此自1517年起，恩里克只能以贝阿恩为中心控制仅剩的领土，并在莱斯卡举行了盛大的加冕仪式。在此同时，“纳瓦拉国王”的头衔也被费尔南多二世的外孙查理五世宣称持有；不过在法国国王弗朗索瓦一世的庇护下，恩里克始终维持了他的统治。在此影响下，恩里克的西班牙语和法语都很流利。1521年六月，法国和纳瓦拉的联军发动诺亚安之役，再度出兵试图恢复被查理五世占领的纳瓦拉领土，不过被击退。1526年，他和弗朗索瓦一世孀居的姐姐昂古莱姆的玛格丽特结婚，两人的子女只有胡安娜三世活至成年；他因此成为日后法国国王亨利四世的外祖父。到了1530年，卡斯蒂利亚和法兰西达成协议；查理五世退出下纳瓦拉使恩里克可以重新掌管该地。至此，法国和西班牙确定以庇里牛斯山为国界，延续到今日。恩里克在1560年5月25日在阿热特莫过世。恩里克强烈地同情胡格诺派教徒；他的继任者、女儿胡安娜三世在即位后即任命胡格诺教徒为重要官员，并在1560年宣布改以新教为纳瓦拉国教。