2004年7月，保护区先后设立”惠州市科普教育基地”、“广东省青少年科普教育基地”及“中国少年儿童手拉手地球村海龟湾活动营地”。

2007年5月，中国海监总结队批准成立海龟保护区海监支队。

2009年4月，广东省渔政总队批准成立海龟保护区渔政支队。

2009年12月，中国科学技术协会批准设立全国科普教育基地。

2013年8月，广东省政府颁布《广东省惠东海龟国家级自然保护区管理办法》，划定海龟保护区周边大约700平方公里海域为外围保护带。

2015年6月，保护区加入中国沿岸湿地保护区网络。

2023年12月，惠东首个湿地及海龟保护公益诉讼检察联络点在惠东港口海龟国家级自然保护区设立。

保护区海湾呈半月形， 沙滩为东西走向，约1000m长、60~140m宽，沙滩带后面山坡的坡度约40度~50度，由中生代花岗岩组成，内有辉绿岩穿插。

保护区湿地类型为浅海、潮间沙石海滩和岩石海岸。沿岸海洋植物以马尾藻、石莼及赤藻等湿地植物为主，是鱼类、贝类等海洋生物繁殖与栖息的良好场所。

保护区东北西三面环山，南面濒海，为一东西长1000m，南北宽70m的沙滩带，近岸水深10~15m，海底平坦，饵料丰富，是海龟的传统产卵场，也是南海北部大陆沿岸唯一的产卵场。

保护区内气候属亚热带海洋性气候，年平均无霜期335 天，平均日照量为2066.7h，日照率47%，平均气温22.3℃。年平均降水量为1402~2085mm，夏秋两季水温为22~28℃，近岸水深10~15m，海水昼夜表层水温差别较大，平均达5.55℃。近岸水深10~15m，水深20m 以外海区盐度终年达3% 以上。潮高1.99m，海流方向随地理环境不同而有明显差异，流速易受风力支配，但周年变化不大，海流每昼夜涨落各两次。海水、沙滩环境质量良好，沙滩带沙粒径为0.05~0.2mm，大小适中，沙质松散均匀。

保护区划分为核心区、缓冲区、实验区。在海龟自然保护区外围海域设置外围保护带。保护区核心面积18km2，外围保护带700多km2，三面环海，沙岸面积仅0.1km2。

核心区界标

核1：22°32′43“N，114°53′02”E；

核2：22°33′14“N，114°53′43”E；

核3：22°32′01“N，114°54′29”E；

核4：22°31′59“N，114°52′51”E。

缓冲区界标

缓1：22°32′49“N，114°52′53”E；

缓2：22°33′12“N，114°53′53”E；

缓3：22°31′36“N，114°55′08”E；

缓4：22°31′25“N，114°52′26”E。

实验区界标

实1（白鹤洲）：22°33′15“N，114°52′50”E；

实2（深坑）：22°33′20“N，114°54′33”E；

实3：22°31′17“N，114°55′33”E；

实4：22°31′00“N，114°52′10”E。

外围保护带界标

外1：22°35′13“N，114°44′40”E；

外2：22°32′16“N，114°43′30”E；

外3：22°30′21“N，114°43′33”E；

外4：22°26′54“N，114°44′56”E；

外5：22°23′12“N，114°49′47”E；

外6：22°23′58“N，114°56′35”E；

外7：22°24′34“N，115°00′42”E；

外8：22°29′39“N，115°03′59”E；

外9：22°34′06“N，115°03′33”E；

外10：22°38′39“N，115°01′07”E；

外11：22°40′42“N，114°58′12”E。

保护区上岸产卵主要有绿海龟。每年的6-9月，便有成群的绿海龟洄游至保护区，上岸产卵，深夜，雌龟便慢慢地爬上沙滩，在不被水淹没的高潮线以上，找到适合地点，挖出一个宽大的坑，才开始产卵，每次产卵50-150多枚，龟卵在温暖潮湿的沙滩里自然孵化，经过49-60天，幼海龟便会破壳钻出沙来，爬入大海。

保护区是中国沿海唯一常年能见到雌海龟上岸产卵，在历史上也一直是海龟产卵的场所，也是中国大陆上唯一的海龟自然保护区。保护区的建立对保护和恢复海龟种群具有重要意义。

保护区开展了科研项目，寻找有效保护海龟的途径。

①、通人工孵化，提高海龟卵的孵化率；人工暂养后放生，提高海龟的成活率。

②、利用永久性的生物标签，标志海龟放流，调查海龟生活的范围及

评估海龟的成活率。

③、通过卫星追踪海龟，调查海龟活动的范围和习性，以便将有限的资源

投入用到保护海龟最有效的点上。

④、开展人工繁殖试验，以解决海龟资源量少的问题。

惠东港口海龟国家级自然保护区管理局，正处级建制，核定编制11人。负责海龟自然保护区的具体工作。

海龟自然保护区管理机构由省海洋与渔业行政主管部门管理。

海龟自然保护区所在地县级以上人民政府海洋渔业、公安、国土资源、环境保护、城乡规划、交通运输、林业、旅游、海事等部门应当按照各自职责，协助做好海龟自然保护区的保护和管理工作。

保育

①、保护海龟的栖息地：在保护区周边的各产卵沙滩设立观察站，对各产卵场进行实时地监控。

②、人工移植孵化。

③、稚龟的人工暂养。

④、救治：对渔民误捕受伤的海龟和充公的龟类进行救治。

⑤、每年5月1日至11月30日，海龟自然保护区外围保护带禁止拖网、定置网、围网以及其他产生噪音、灯光等影响海龟产卵繁殖的生产经营活动。

宣传教育

①、深入渔村，对渔民宣传海龟保护的重要性。

②、建立科普教育基地，举办保护海洋生态环境的“夏令营”和“冬令营”活动，让学生走进海龟湾，贴近自然，感受自然，增强青少年的环境保护意识。

③、大力开展生态旅游，提高全民的环保意识，促进保护区和地方经济持续健康发展， 实现人与自然和谐共存。

④、利用新闻媒体开展宣传教育。

执法

保护区管理局人员联合其它执法部门，如边防、渔政、工商和公安等定期对沿海各港口及市场进行执法检查，及时对违法走私贩卖野生动物的行为进行教育和处理。

2023年1月，被命名为2022年“广东省环境教育基地示范单位”（首批）。