一九四九年解放后，慈舟仍在金山任监院，不意当时政府的政策，出家人也要参加劳动，不能吃闲饭。慈舟身为监院，是除住持之外，全寺当家作主的人，他率领常住众耕田植树，农禅自给。一九五四年，受宗教管理部门的安排，到北京入中国佛学院进修。二年毕业，回到金山寺仍任监院，事实上仍是率领大众耕田做工。一九六六年文化大革命开始，全国的出家人都被赶出寺院，还俗返乡，慈舟也离开金山寺，被遣返原籍参加劳动生产。

法师修复金山的辛劳，为各方所肯定，一九八四年晋任方丈。自唐代灵坦禅师为第一代开山祖师起，历代相传，慈舟法师是第八十一代方丈。一九九五年，慈舟法师为培僧材，在江天寺开办了一所「金山佛学院」。这是一所初级佛学院，学制为三年制，由慈舟法师亲自担任院长。副院长兼教务长为心澄法师，另有教师六位，首届招收学僧二十四人。佛学院的课程有∶印度佛教史、梵呗、佛学概论、古代汉语、中国通史、政治、书法等。该院实行学修一体化、学院丛林化。学院对学僧们严格管理，严格要求，每日早、中过堂。还要上殿坐香；适当参加水陆法会，进行实际锻炼。慈舟院长亲自讲授寺庙管理知识。每天常领学僧们过堂、上殿、坐香，还常於晚间在禅堂为学僧们讲开示。他还十分重视对学僧们进行政治思想和寺规庙纪的教育，抓得较严。金山佛学院第一届学生，已于一九九八年毕业，继续招收第二届学生。