扶余站建于1904年。

2017年，为响应中共十九大号召，中国铁路沈阳局集团有限公司开始对扶余站进行改造。2018年春运之前，候车室改造完成，楼体外观焕然一新。候车室内又增加几个按摩椅，给百姓出行带来方便。同年5月，高站台改造项目开工。中国铁路沈阳局集团有限公司为加快改造速度，同时保证质量的情况下，使用了新型高站台改造方法。这种方法使改造时间缩小了一半。7月，改造项目顺利完工。