后孝文帝征伐汉阳，以元英为左卫将军，加前将军。不久，迁大宗正，又转尚书，仍本将军，镇守荆州。

太和二十三年（499年）正月，南齐太尉陈显达率平北将军崔慧景等领兵四万攻魏荆州，欲收复上年所失雍州（治今湖北襄樊）五郡。孝文帝命前将军元英率兵抵御。二月，元英与齐军作战，但连战皆败。三月，孝文帝自洛阳（今河南洛阳东北）出发，领兵亲征陈显达。孝文帝到南阳后，免去元英的官爵。

四月，孝文帝因病退兵北还洛阳，于途中病卒，太子元恪即帝位，是为宣武帝。宣武帝重新启用元英，任尚书、广武伯。

景明元年（500年）六月，南齐冠军将军陈伯之再引兵攻寿阳，于八月为彭城王元勰、汝阴太守傅永率军击败，被杀九千人，被俘一万人，淮南地区亦为魏军占领。元英奉命前去救援，未至，魏军已胜。是月，元勰回京，元英奉命行扬州事。

景明二年（501年），元英回京，于十一月上表请求南伐，但此事被搁置。

元英再次上表指当前豫州刺史司马悦已戒严，东豫州刺史田益宗则守卫三关，请求派遣军司节度二人。宣武帝答应于是派遣直寝羊炅为军司。后元英因军功拜吏部尚书，又以前后军功进爵常山郡侯。

景明四年（503年）三月，投降北魏的原鄱阳王萧宝寅和江州刺史陈伯之请求北魏出兵攻梁。宣武帝应允，遂于四月诏萧宝寅为都督东扬州等三州诸军事，招募英豪，配合南攻，陈伯之为都督淮南诸军事。六月，宣武帝遣任城王元澄率军五万及萧宝寅、陈伯之等并力攻钟离。

八月，宣武帝又诏命元英为使持节、假镇南将军、都督征义阳诸军事，率军进攻义阳（今河南信阳）。南梁司州刺史蔡道恭闻魏军将至，遣骁骑将军杨由率城外居民三千余家于城西南十里贤首山（今河南信阳西南）依山做成三营寨，作表里之势。

十月，元英领兵围攻贤首山，焚其寨门。杨由乃驱水牛从营而出，继之以兵。魏军为躲避水牛从，只好退军。元英于是分兵围守。当晚，寨民任马驹斩杨由投降北魏。十一月，元英在白沙（今河南光山西南）击败梁将吴子杨，围攻义阳。

正始元年（504年）二月，梁武帝萧衍派平西将军曹景宗、后将军王僧炳等率步骑三万增援义阳。其中王僧炳率军二万人进驻凿岘（今河南信阳南），曹景宗率军万人为后继。元英派冠军将军元逞、扬烈将军曹文敬等进驻樊城（今属湖北襄樊）以抗击南梁援军。三月，元英率军兵分两路进击梁军，大破僧炳军，斩俘四千余人。魏军围义阳，昼夜不息，但因蔡道恭指挥有方，使相持了百余日，魏军颇有损伤。

元英于士雅山（今河南桐柏境内）构筑工事，与曹景宗相抗，并分遣诸军，埋伏四方，示敌以弱。七月，梁武帝又派宁朔将军马仙琕救义阳。马仙琕转战而前，兵势甚锐。马仙琕领兵万余直追至义阳城下，突击元英大营，元英令诸军佯败。马仙琕追击至平地，魏军伏兵四起，魏军统军傅永擐甲执槊，单骑先入，突阵横过。梁军箭射傅永，箭矢洞穿他的左大腿，傅永拔箭再战，马仙琕军溃败奔退，魏军再进击，魏军斩杀梁军羽林监军邓终年以及两千三百级。马仙琕又率万余人来决战，元英统率诸将，又击败马仙琕，并斩梁军将领陈秀之。不久，蔡道恭忧郁而死，其从弟骁骑将军蔡灵恩代行州事，魏军见蔡道恭死，遂加紧攻势，短兵日接。曹景宗、马仙琕知义阳危急，尽率所部精锐兵马与魏军决战，双方一日三战，梁军皆大败而归。八月，蔡灵恩在援兵未奏效、守城力竭的情况下，开城降魏。戍守三关的梁军守将听闻司州陷落，均弃城而逃。魏军占领义阳后，置为郢州，以司马悦为刺史。

此战，魏军主攻方向明确，增援及时，元英更是战术灵活，屡破梁军，使魏军一举取得东西两方向作战的胜利。而梁军被动出战，防守无力，导致战败。

义阳一战后，宣武帝下诏褒奖元英。当初元英在平汉阳立功后，孝文帝曾许诺复其封位，但后来因元英在荆州败于陈显达，便将此事搁置起来。义阳之战的胜利，使宣武帝大喜，遂复元英封位，并改封中山王，食邑一千户。遣大使、鸿胪少卿睦延吉持节就拜。元英遣送蔡灵恩及梁尚书郎蔡僧勰，前军将军、义阳太守冯道要，游击将军鲍怀慎，天门太守王承伯，平北府司马宗象，平北府谘议参军伏粲，给事中、宁朔将军蔡道基，中兵参军庞脩等数十人至京城。元英回京后，宣武帝对其大加褒奖，又增其封邑一千户。

正始二年（505年）八月，元英奉命攻打雍州。十月，梁武帝北伐，以其弟临川王萧宏为北伐统帅，率军进驻洛口（今安徽怀远境）。

正始三年（506年）二月，梁徐州刺史昌义之与平南将军陈伯之战于梁城（今安徽淮南田家庵附近），昌义之败走。四月，宣武帝以元英为使持节，加散骑常侍，征南将军、都督扬徐二道诸军事，率军十万迎击梁军。并且宣武帝派遣步兵校尉、领中书舍人王云指取机要。元英表陈事机。

五月，昌义之复攻梁城，拔之。

七月，元英于阴陵（今安徽定远西北）击破梁南徐州刺史王伯敖，斩杀梁军将领二十五人及以下五千余级。九月，元英与邢峦会师。梁军统帅萧宏怯懦愚劣，得知魏军会师共同攻梁的消息后，甚为恐惧，决定撤军。魏将奚康生驰遣平东将军杨大眼力促元英进据洛水。但元英认为应静观形势，勿与交锋（《资治通鉴·卷第一百四十六》）。此时洛口天气突变，一夜狂风暴雨，萧宏不顾昌义之等将领的反对，抛下大军，领数骑落荒而逃。洛口的梁军将士随之散归，魏军追击，魏军斩杀梁将四十二人，梁军失亡近五万人，魏军缴获梁军粮米三十万石。昌义之亦放弃梁城而走。时宣武帝已有灭梁之志，在慰劳元英时表示应当长驱吴会，翦拉遗烬。元英遂率军南攻，攻克马头（位钟离西，今安徽怀远南），将城中储粮尽数北运。十月，元英与镇东将军萧宝寅率军围攻钟离。

十一月，梁武帝诏右卫将军曹景宗都督诸军二十万救钟离，屯道人洲（今安徽凤阳东北淮河中），待众军集齐后并进。

正始四年（507年）正月，元英与平东将军杨大眼率数十万大军攻钟离，并在邵阳洲（位于道人洲西）两岸架桥，树栅，作为跨淮通道。元英据南岸攻城，杨大眼据北岸立城接应，以通粮道。时钟离城中仅三千人，昌义之督率梁军将士奋力抗击。钟离城堑水深，魏军以车载，人负，运土填堑，设飞楼冲车撞击城墙。梁守军用泥土补修被撞坏之处。魏军昼夜苦攻，轮番冲击，一日之内战数十合，被梁军杀伤者以万计。钟离仍未被攻克。二月，宣武帝以彼土蒸湿，久攻力疲，不宜再战，诏元英还师。元英上表请求宽延时日。宣武帝又下诏表示魏军师老兵疲不宜再战，并且派主书曹道前往战场观察形势，曹道回朝复命后，元英继续上表宣武帝，表示可以攻克钟离，宣武帝于是派遣步兵校尉范绍至元英军营，共商攻取事宜。当时梁武帝已命豫州刺史韦睿自合肥（今属安徽）领兵增援钟离，受曹景宗节度。曹、韦两军进屯邵阳洲。夜间，韦睿率众于曹景宗营地前二十里处掘长堑，树鹿角，截洲为城，距魏军城堡仅百余步。拂晓，元英见后大惊。曹景宗又派人潜水入城送信，昌义之始知援军到达，勇气倍增。元英又率众出战，一日数合，入夜复攻，均被击退。

三月，淮水暴涨六七尺，韦睿派水军乘斗舰袭击洲上魏军。另以水船载干草，灌以油，趁风纵火，以焚其桥。同时，派敢死之士拔栅砍桥，桥栅全被破坏。梁朝梁郡太守冯道根等人都亲身搏斗厮杀，军士们奋勇作战，喊声震天动地，无不以一当百。魏军大败，投水而死者及被杀者各达十余万，元英脱身逃走，杨大眼亦烧营而去。梁军乘胜追击，又俘虏五万人。

钟离之战是北魏建国后第一次惨败，损失二十五万人。元英至扬州后，派人送节及衣冠、貂蝉、章绶。八月，有司弹劾元英，认为其军为主帅，指挥不利，应当处死。宣武帝免元英死罪，贬为平民。

永平元年（508年）八月，京兆王元愉谋反。九月，宣武帝恢复元英的官职，食邑一千户，除使持节，假征东将军、都督冀州诸军事，率军前去平叛。元英尚未出发，元愉叛乱已被平定。

是月，郢州（治义阳）司马督荣祖等叛魏，并暗中引导梁军进攻义阳。同时，北魏三关（即武阳关、平靖关、黄岘关，位今河南罗山及信阳南）戍主侯登等举城降梁。郢州刺史娄悦据义阳城守御。十月，悬瓠（今河南汝南）城民白早生等杀豫州刺史司马悦，据城南叛。梁武帝派齐苟仁镇守悬瓠。宣武帝诏元英为使持节、都督南征诸军事、假征南将军，率领步骑兵三万人，自汝南（今属河南）前去援救。

十一月，宣武帝频接尚书邢峦讨伐白早生的捷报，遂再次诏元英速援义阳。元英因兵力不足，不断请求援兵，而宣武帝不肯增派。于是，元英转至悬瓠，与邢峦会师，联兵进攻悬瓠。十二月，南梁副将齐苟儿等打开城门出降，魏军斩白早生及其党羽数十人。随后，元英率军直趋义阳。南梁宁朔将军张道凝闻元英将至，弃楚王城（今河南汝南南）逃跑。元英追击，斩杀张道凝和虎贲中郎曹苦生，尽俘其众。郢州全境复告平静。

永平二年（509年）正月，元英来到义阳后，将取三关，元英认为只要攻克一关，其余两关则不攻自破，只需攻取最容易攻克的东关即可。元英担心敌军将兵力集中于东关，便派长史李华率五统向西关，分散敌军兵力，然后亲自督军攻打东关。

此前，马仙琕派云骑将军马广率众于长薄防备魏军，军主胡文超另屯于松岘。元英至长薄，马广乘夜逃入武阳，元英率军进攻。元英闻梁武帝遣冠军将军彭瓮生、骠骑将军徐元季（一作徐超秀）增援武阳，于是停止进军，向众将表示即使让敌军入城，也可以轻易攻取。但众将不信。等彭瓮生等入武阳后，元英才围攻武阳，只用六天，马广等便出降。于是元英进击黄岘，梁太子左卫率李元履弃城逃窜。元英又进讨西关，马仙琕也退走。作战的过程和元英所预料的完全一样。此战，元英共俘梁军大将六人、部将二十人、士兵七千人，获米四十万石，军资相当。

时元英急追马仙琕，意图一雪钟离之耻，后闻萧衍派韦睿前来增援，才停止追击。此时，宣武帝诏令罢兵。回朝后，元英任尚书仆射。

永平三年十月辛卯日（510年12月9日），元英去世。朝廷赐东园秘器及朝服一具、帛七百匹，追赠他为司徒，谥号“献武”。

元恪：①知贼城已下，复克三关，展威辟境，声略宣振，公私称泰，良以欣然。将军渊规内断，忠谟外举，受律扬旌，克申庙算，虽方叔之制蛮荆，召虎之扫淮浦，匹兹蔑如也。②知大摧鲸寇，威振南海，江浦无尘，三楚卷壒，声被荒隅，同轨斯始。公私庆慰，良副朕怀。③王，国之召虎，威名宿震，故屈王亲总元戎，扫清氛秽。昔卫霍以匈奴之故，居无宁岁；今南疆不靖，王不得以屡劳为辞也。④截彼东南，再清随楚，所望于将军。钟离一眚，岂足以损大德。今王董彼三军，朕无忧矣。

魏收：英将帅之用，有声于时。

李延寿：英将帅之用，著声于时。

胡三省：元英违众议，志在必克钟离，恃义阳之胜而骄也。兵法曰：“常胜之家，难与虑敌。”又曰：“兵骄者败。”其谓是欤！

蔡东藩：自宝夤乞师南下，而魏任城王澄，及镇南将军元英，分兵内扰，据有司州，镇西将军邢峦，又遣王足等夺据巴西，兵锋直达涪城。梁人东西奔命，应接不遑。

《全后魏文》收录有《乞乘虚取沔南表》、《又奏》、《图钟离未克乞宽假日期表》、《奏请遗使就郡校练学生》等。

表格参考资料：

《魏书 卷十九下 列传第七下》

《北史 卷十八 列传第六》