更新时间：2023-06-29 14:09
2003年8月，敦煌站开始相关设计工作。
2005年3月，敦煌铁路开建，线路于敦煌市设立敦煌站。
2006年6月，敦煌站完成全部的施工设计；8月，敦煌站开始进场施工。
2008年3月，敦煌站完成主体工程的建设并进入内部装修和附属设施安装阶段；7月4日，敦煌站建成并正式投入运营；7月10日，敦煌站提速改造工程开工建设；8月31日，敦煌站完成了全部站前工程和站后硬件设备安装建设任务，之后先后完成了初步验收、安全评估和试运行等工作；9月20日，敦煌站开通了时速120千米的动车组列车。
2019年3月，位于敦煌站西面的动车停留线开始施工；7月进入最后收尾阶段；7月10日，敦煌站开通每小时160千米的动车组列车，敦煌站接入全国高铁网。
敦煌站站房设计充分考虑了敦煌市的历史传承和文化底蕴，将敦煌地域文化特色与现代建筑风格有机融合起来；敦煌站建设风格集历史、文化、科技、绿色为一体；对应于敦煌及莫高窟“兴于汉魏、盛于隋唐”的历史及文化特征，敦煌站房造型设计追求时代风貌，同时建筑形象兼具汉代建筑“质朴强健”与唐朝建筑“雍容开朗”的风格韵味。在建筑体量与细部设计中也融合了石窟艺术的风格。
中国传统建筑的“大屋顶”是敦煌站的标志性造型元素，也塑造了建筑的表情和性质。敦煌站房的屋顶形式没有采用汉、唐时期宫庙建筑常用来表现神圣、庄严的“庑殿顶”，而是借鉴了敦煌石窟建设中曾普遍采用的“窟檐”以及莫高窟的标志建筑“九层楼”（又名“大佛殿”）的檐口形式，融合肇始于唐代的屋面曲线，形成舒展优雅的坡檐屋面，线形流畅、檐角深广。两侧屋面采用带线脚修饰的平檐女儿墙。
敦煌站站房主入口两侧采用抽象的汉代“城阙”形象，突出“城”与“门”的主题；建筑外墙采用向中心倾斜的竖向收分，以大面积实墙与垂直的玻璃凸窗形成对比，体现沉稳与强健。舒展的体量、厚重的外墙与横向展开的屋面檐口有机结合，站房造型明快大方，在开朗、优雅的唐代建筑气韵中透出质朴的力度。整体形象如城如门，寓意敦煌站房是敦煌市的城市之门。
截至2008年7月，敦煌站站房工程总建筑面积10865平方米，站前广场设计总面积5万平方米，并设有36米大跨度全钢结构无站台柱风雨棚，敦煌站设计日实际接发旅客能力为8000人。
敦煌站站房主体为三层框架结构，采用线侧平式布局及上进下出的组织流线；敦煌站主要设有中央大厅、售票厅、候车厅、贵宾候车室及行包托取、旅游服务、办公等功能分区；敦煌站一层分布有行包房，出口处，售票厅，普通、软席候车区，可直通站前广场与基本站台；敦煌站候车大厅分布有普通、软席候车区，团体候车区，站务办公区。
截至2008年7月，敦煌站的站台规模为2台8线，途经该站的线路有敦煌铁路。
截至2016年8月，敦煌站设置了2台自动售取票机，3个售票窗口。
截至2008年7月，敦煌站候车大厅设有两部自动扶梯、一部残疾人专用无障碍自动升降电梯，室内滚动电梯与二层连接。
2016年7月1日至2016年8月9日，敦煌站累计发送旅客11.4万人次，同比增加18.9%。单日旅客发送人数连续突破4000人次大关。
2016年9月14日至9月17日中秋假期期间，敦煌站共发送旅客33922人次，较2015年同期增长29.83%。
敦煌站在候车室中央位置设置了“丝路明珠·敦煌圣迹”便民服务台，不仅为旅客提供各种旅行信息咨询，还为旅客提供多项优质免费服务，并在车站配备了便民小药箱，藿香正气水、板蓝根等多种防暑器具、药品，预防旅客中暑。
截至2012年11月，敦煌市区有一条公交专线途经敦煌站。上行线在汽车站以北、西域路口的敦煌饭店发车，经丝路宾馆、敦煌站到莫高窟，下行线由莫高窟经敦煌站返回敦煌市区，运营时间为08:30-18:00，每30分钟一班，票价8元。
2008年2月，敦煌站在甘肃省科技厅敦煌站站房工程专项科技成果评定会上获甘肃科技成果奖。
2009年12月，敦煌站在深圳举行的2009年度中国建筑工程“鲁班奖”颁奖典礼上荣获年度中国建设工程鲁班奖（国家优质工程）。
敦煌站是敦煌铁路的标志性工程，建成后将成为甘肃省第二大火车站；敦煌站建成后将成为西北地区第一个拥有无站台柱风雨棚和旅客高站台的车站，客运硬件设施达到全国先进水平。（新浪网、《甘肃日报》 评）