武当七侠中的老三俞岱岩也因路见不平卷入夺取宝刀的事件中，但却落得全身骨骼被大力金刚指寸寸捏碎，武当创派祖师张三丰在痛心之余，要其门下弟子查访下手之原凶，由此引出了武当五侠--张翠山与天鹰教殷素素之间的一段恩怨情仇……

冰火岛上金毛狮王谢逊因参详不出屠龙刀的秘密而再次发狂，此时突然听到婴儿啼哭声，原来是素素产下一子，素素为保全婴儿性命，让谢逊为婴儿起名为张无忌，并拜谢逊为义父。小无忌逐渐长大，十年后，终有一日，北风突起，得返中原，而谢逊则留在岛上继续参悟屠龙宝刀之内的秘密。在回武当途中遇到武林高手假扮元兵，并掳去无忌，后虽将无忌抢回，但他已身中玄冥掌，张翠山一行急回武当……

武当山上，各门派籍向张三丰贺寿之机欲质问金毛狮王谢逊的下落……武当派想以七截阵御敌，因俞岱岩行动不便请素素代劳，岂料，俞岱岩认出素素便是当年将其伤成重残之黑衣蒙面人……张翠山得知之事冲上紫霄宫，求恩师将爱子治愈，并将其抚养长大成人，之后自刎。随后赶来的素素告诉无忌是紫霄宫内所有的人逼死其父，要其长大后报仇，假意把谢逊的下落告之空闻大师，并随夫自刎。各门派见张翠山夫妇双亡，这才离开了武当山。无忌年纪幼小，遭此变故，加之毒掌发作晕了过去……

岁月如梭，无忌每日靠张三丰的九阳真经以御体内寒阴之气，一日，适逢中秋，无忌寒毒突发病倒，张三丰想带无忌上嵩山少林，补全九阳真经中的不足之处，以挽救无忌性命……（游戏至此真正开始）

前往少林之前张无忌可以选择休息一下，在武当山晃一圈可以拿到一些装备和道具，从正殿右侧的院落进入。七侠居所处：宋远桥屋里，桌上篮子里可以拿到核仁，书架上可以找到太极长拳第三式，墙边坛子里可拿到一只醋坛。往右来到俞岱严的屋子可以要到猎户装（可先装备上），花盆上拿到燕窝，书架上找到太极长拳第四式，上面的卷轴里可以看到八卦图解和说明，将其记下。殷梨亭的屋里，书架边上的竹篓里找到当归。书架上卷轴处可以找到太极长拳第一式，下面可找到第二式，柜子里可找到棉线。出来后，右边的小路走进去，武当后山：可得到，九环玄晶。张三丰的住所里的书架上得到太极拳的要领，右上角的箱子里可以得到，奇怪的杆子、收魂丹、龟甲。走出院子的时候可以从张三丰的手上拿到一套太极拳谱（如没收齐四式，将得不到太极拳谱）。

在少林寺山脚下，遇到敌人，在张三丰的保护下无忌可以小试一下武功。老少二人来到少林寺，因守山门的少林僧人不信这平常的老头就是张三丰而发生打斗，打败他们后得以通报。在一苇亭见到方丈空闻大师了，张三丰将无忌身中寒毒的事说了一遍，但少林恃功自傲不肯交换功法，张三丰只好带无忌离开少林。在少林山脚处遇到一小女孩（周芷若）和一男子（常遇春）受蒙兵追杀，张三丰出手将蒙兵击退。为报救命之恩常遇春愿意带无忌前往蝴蝶谷求医，而芷若则随张三丰到武当暂居。

来到蝴蝶谷在草庐见到胡青牛。胡青牛素有见死不救之称，因无忌不愿入魔教胡青牛便不肯医治，常遇春便要一命抵一命，让胡青牛救无忌而自己却走了出去。无忌更不肯医治便跟了出去，但之后却昏倒在地上。胡青牛从未遇过象无忌这样的病例（身中剧毒已深入五脏六腑后却多年不死。。。。）于是便想先医好无忌，再将他弄死……当无忌醒来时胡青牛正给他炙治。由于无忌从小随谢逊习武，所以对于穴道的知识倒也知之甚多。在与胡青牛交谈后得到了一本《子午针炙经》。

先在屋里搜索一下，在花盆处拿到防风，水桶处有丝线，鱼篓处有小还丹，桌子上有大还丹，水缸处有人参，墙上华陀行医图，可以得到麻沸散的配方，书架上可以查看一些医理，小几上可以查出一些药凡的配制方法。走出屋子，看到常遇春倒在地上，必须想办法救他。胡春牛屋子的缸里得到酒，左上角的晒药架上分别可以拿到牛黄、龟甲、鹿茸和龙骨等。在柴房右边缸上拿到玉蜂密浆和青蛇。进入柴房看一下子午针炙经，得知截心掌要用镇风丸和烈火丹来炼制解药。在柴房里搜索，水盆处有钓钩，地上小药瓶中有醋，药架上有白蜜，罐中有鸡蛋和大蒜，灶上有酒，米缸里有柴刀，坛子里有炼丹炉。

无忌到后山造了两座假坟，刚刚造完那金花婆婆真的去而复返，交谈中金花婆婆得知无忌是张翠山的儿子，便向他逼问谢逊的下落，无忌宁死不从。此时，纪晓芙带着不悔赶到。随后，灭绝师太带着大弟子丁敏君出现。丁敏君不知天高地厚的对金花婆婆无理，被金花婆婆一杖打飞，于是，灭绝便与金花婆婆对决，金花婆婆终不敌倚天宝剑，被灭绝一剑削去龙头杖，金花婆婆先逃离。灭绝向纪晓芙问罪，并要纪晓芙回到杨逍身边伺机刺杀杨逍，纪晓芙对杨逍情有独钟，自是不从，灭绝一怒之下，将纪晓芙毙于掌下。无忌见状连忙带着不悔妹子逃走。

无忌带着杨不悔仓惶地逃下山去，无忌想起在帮纪晓芙治伤时，曾说过不悔的爹爹姓杨名逍，是明教的光明左使，住在昆仑山的甚么坐忘峰中，于是无忌暗自下了决定，一定要将不悔送到昆仑山找到她爹爹，就这样两人-日行行歇歇，行了十五六日，方到河南省境。

在药店门口遇到伙计，他正要出去采药，老板也不在。在药店的左边有一个宝箱，可以得到清心散、紫雪宝丹、银子

过了数日，五姑略能进食，何太冲与五姑送张无忌与杨不悔下山，临别还送给琥珀蜜梨酒。这时班淑娴冲了过来，原来是她长期在五姑饭菜里下毒，而无忌却坏了她的好事。岂料，那何太冲却是一个老婆奴，敢怒却不敢言，还拿无忌出气。正在此时，杨逍赶到，无忌得知他便是杨不悔的生父。无忌与杨逍联手打败何太冲夫妇后，往昆仑后山跑去。无忌把纪晓芙的死讯告诉了杨逍后，杨逍带着不悔黯然离去。无忌来到悬崖边上，正感云雾缠绕深不见底，这时班淑娴带着家丁追至，无忌不敌，被班淑娴一掌打下悬崖。

边缘

无忌终于回到了昆仑山郊，往前走了不久，遇到灭绝师太率峨嵋派围攻明教洪水旗教众。。。于是，无忌也跟了过去，发现六叔殷梨亭与灭绝一起。此时，前面又有情况，一场混战（动画），不消片刻，尸横满地，血流成河，无忌心里很是难过，不知要如何来休止这场战争才好。想起幼时爹娘的惨死，少林求医被拒，蝴蝶谷纪晓芙被杀，昆仑山何太冲恩将仇报，这些所谓正派不免让人心寒，反倒是常遇春，胡青牛，杨逍这样的魔教人士让他感到钦佩，再说，自己的外公也是魔教中人，念及至此，便想救魔教教众。。。。无忌以当年灭绝师太打死纪晓芙一事，骗灭绝师太离开，又硬受灭绝三掌想化解恩怨。此时，芷若也认出无忌。。。灭绝看无忌能硬受她三掌而不死，以为遇到了高人，便率众恼羞成怒的离去。。。

张无忌与吴劲草一回到明教光明顶大厅，发现明教五散人与杨逍、韦一笑七人盘腿坐于地上，均为幻阴指所伤，一灰袍道僧站立其中，随时都可以要了众人的性命。在得意忘形之中圆真说出了当年与阳顶天夫人私通之事，由秘道潜入光明顶的隐情。无忌听后，不由大怒，冲上前去谴责圆真，击败圆真后跟着他进入一个院落，左顾右盼也不见他的身影，不远的门前小昭正和杨不悔说话，连忙上前相认并让她去大厅照顾杨逍等人。

小昭告之无忌，不悔的床下有条密道入口，推开大床，果真现出一条秘道，无忌和小昭一起进入秘道。（无忌无意中踩到了机关，一块大石将出口堵住，用镇龙石解开机关后，来到了新广部，在里面有意想不到的收获哦！）秘道中有不少宝箱，其中会拿到一些好东西。在秘道之中再次遇以成昆（圆真），打败他后，成昆恼羞成怒仓惶逃走，并启动了秘道中的机关将路封死。两人来到明教秘坛，发现地上有两具骷髅，原来此地是当年阳顶天走火入魔之处，这两具骷髅便是阳顶天夫妇。无忌走上前去，发现了阳顶天遗书，便与小昭一起看了起来。原来，这封信是写给阳夫人的，如果练成乾坤大挪移，便可启动机关，而后推动石门而出。在杨夫人身上找到了羊皮卷轴（乾坤大挪移的心法）。于是无忌便照着心法，一层一层的练了起来（共有七层）。每练一层都会发生一次打斗，站胜对手后便能领悟一层，最后，无忌终于站胜了自己的心魔而练成了乾坤大挪移，顺便又将七伤拳练成。按朱雀玄武、青龙白虎的顺序来开启开关，这个八卦解开的顺序是以小昭作为中心，按顺序来打机关，完成后大殿发生一阵晃动，方位（左上）会有机关的响声，打开石门就逃出去了。

武当六侠不愿向受伤的无忌此出手，但宋青书却趁机向无忌挑战，被无忌击败。一声六叔，使得武当六侠认出原来场中的少年便是当年的小无忌，但殷梨亭因为纪晓芙之事不肯放过杨逍，不悔与无忌道出当年灭绝杀死晓芙之事，殷梨亭伤心之下离开了光明顶，灭绝随后也离去，少林弟子也相继离开……

自光明顶一役后，明教教众救死扶伤，忙碌不堪……均在光明顶上养伤。就这样过了月余，一日，巨鲸帮、丐帮、三门帮、巫山帮又攻上山来，无忌劝众人躲入秘道，而明教素有教规，教众不得进入秘道，于是大家推举无忌为明教教主，在无忌的带领下，放火焚烧光明后，退入了秘道……山顶上传来了明教教徒传唱的圣歌……