1995年2月 ，受聘为漳州南山寺修建委员会技术顾问。4月，主持华侨大学建筑系工作，准备接受全国高校建筑学专业评估委员会检查。7月 ，受聘为泉州历史文化名城保护建设总指挥部专家组成员。

1996年6月 ，华侨大学建筑系通过评估，成为全国七十多所建筑系中十四所具有建筑学学位授予权的建筑系之一。

1997年4月 ，任建筑系学术委员会主任及建筑设计及其理论硕士点负责人。6月 ，受聘为《华中建筑》期刊编委。

1998年6月，福建省教委及人事厅评定为建筑学正教授。8月，担任建设部全国高校建筑学专业教育指导委员会委员。9月，应刘太格邀请率四名研究生赴新加坡协助工作并作学术考察。

1999年2月， 担任华侨大学学术委员会委员。5月，担任福建省高级职称评委会学科评审组成员。8月，获福建省科协优秀论文奖（虹桥考）。

2000年2月 ，担任《华侨大学学报》编委。5月 ，担任在香港中文大学举办的首届华人建筑教育研讨会论文评审委员。6月 ，与台北李乾朗教授合作设计新加坡双林寺龙光宝塔获准实施。8月，华侨大学建筑历史与理论硕士点被国家学位委员会批准成立，为学科带头人。9月，担任福建省建筑师分会副会长。10月 ，经华侨大学建筑系教职员工无记名投票后，以得票最多担任建筑系主任。11月 ，担任澳大利亚新南威尔斯大学UNSW—ABBS建筑论坛评审委员。

2001年2月，调北京大学建筑学研究中心任教授，讲授中国传统建筑、中国城市史等课程。兼职于北京大学校园规划委员会。

2005年5月，兼任北京大学建筑学研究中心常务副主任，主管日常工作。

主讲本科课程：

1、中国古代建筑史

2、外国古代建筑史

3、外国近代建筑史

4、古建筑田野考察与测绘

5、建筑学专业文献阅读

主讲硕士研究生课程：

1、中西建筑比较

2、现代建筑理论

3、古建筑修复设计

5、传统建筑个案研究

1、1988~1990 国务院侨办科研基金资助，“泉州古城与建筑。”

2、1990~1992 福建省自然科学基金资助，“福建土楼作为旅游资源开发的可行性研究。”

3、1992~1994 华侨大学科研基金资助，“泉州生土建筑。”

4、1993~1995 国务院侨办科研基金资助，“闽南侨乡城市建筑。”

5、1994~1996 福建省自然科学基金资助，“生土建筑的技艺成就。”

6、1997~1999 国家自然科学基金资助，“中国虹桥研究。”

7、2000~2001 华侨大学科研基金资助，“福建沿海古代石塔建筑。”

1、1987～1997 任国家级文物泉州开元寺修建委员会建筑师，负责建筑测绘、法式分析及落架大修现场工作。

2、1992～2002 兼任新加坡国家古迹双林寺和资政第修复工程的古建筑设计师和技术监督，参与古建筑测绘、复原设计及施工管理等工作。

3、1995～1996 主持国家历史文化名城泉州中山路骑楼建筑保护性规划。

4、1997～1998 主持国家级文物泉州灵山伊斯兰教圣墓的规划整理。

5、2001～2006 负责北京大学镜春园禄岛传统建筑复建项目。

1．《泉州古建筑》，1991年2月，天津科技出版社（合著）。

2．《童寯文选》，1993年11月，东南大学出版社（译著）。

3．《中国建筑?古城泉州》，2002年1月，（台北）锦绣出版事业股份有限公司。

4．《中国木拱桥》，待版，东南大学出版社。

5．《闽南石建筑》，待版，中国建筑工业出版社。

6．《木拱小记》，待版，中国建筑工业出版社。

7．《中国传统建筑》，2006年版，北京大学出版社。

8．“童寯建筑师”，1986年6月北京中国近代建筑史讨论会宣读，1987年6月第二期《华中建筑》发表，1993年11月《中国建筑史》摘引。

9．“外国建筑教育”，1988年5月北京《中国大百科全书?建筑》条目（合撰）。

10．“论永定客家土楼得以形成的历史原因”，1989年10月《福建建筑》第三、第四期合刊。

11．“开元寺百柱殿落架大修”，1989年11月20日《泉州晚报》。

12．“泉州开元寺大雄宝殿考”，1989年12月第二期《泉南文化》内刊，1990年8月17日 《人民日报》海外版摘录，1991年2月第一期《福建建筑》发表。

13．“拘那罗陀与泉州”，1990年6月第一期《泉南文化》内刊，1990年10月，南京博物院第五期《东南文化》发表，1995年9月厦门大学出版社《泉州海外交通史略》及1997年9月厦门大学出版社《福建佛教史》摘引。

14．“泉州开元寺大殿修复技术”，1990年7月北京《中国文物建筑保护及理论》。

15．“福建泉州开元寺修建工程概述”， 1991年1月台北《第四次古迹修复技术研讨会》大会报告。

16．“老君岩可能凿于唐代”， 1991年1月7日《泉州晚报》。

17．“泉州老君岩出土石室构件年代考辩”， 1991年6月第一期《泉南文化》内刊。

18．“福建泉州开元寺修复经验”，1991年2月第二期台北《雅砌》。

19．“闽南小型石构佛塔和经幢”，1991年12月第二期《泉南文化》内刊，1992年5月第 二期《福建建筑》发表。

20．“闽西奇特的方言岛文化现象”，1992年9月《华侨大学学报》文科版第二、三期合刊。

21．“比较古希腊建筑?论中国木构建筑传统的形成”1992年9月天津大学《第二届中国 建筑传统与理论学术研讨会论文集》。

22．“论客家土楼建筑的历史文化背景”，1992年9月香港中文大学《国际客家学研讨会》大会报告。

23．“闽南、粤东北圆楼与客家圆楼的比较”，1992年9月北京中国建筑学会《中日传统民居研讨会》交流论文，1993年5月《福建建筑》第一、二期合刊。

24．“福建土楼作为旅游资源开发的可行性研究报告”，1992年7月福建省自然科学基金 资助项目结题，审查通过。

25．“闽东南沿海小型石塔幢”， 1993年4月第二期《华侨大学学报》。

26．“泉州开元寺戒坛出土石刻”，1993年4月第四期台北《空间》。

27．“论中国汉地佛教密宗的建筑成就”，1993年8月第三期上海《时代建筑》。

28．“早期中国建筑师系列—华盖建筑师事务所”，1994年3月第三期台北《建筑师》。

29．“闽南古建筑屋顶曲线构成”，1995年9月总第48期《古建园林技术》（第二作者）。

30．“泉州老君岩宋代建筑构件”，1995年10月《华侨大学学报》。

31．“永定土楼二题”，1995年11月《永定文史资料》内刊。

32．“虹桥考”，1995年11月北京中国建筑学会《建筑学报》。

33．“闽浙虹桥的调查研究”，1995年11月第四期《福建建筑》。

34．“闽南古建筑木构架的基本类型”，1995年12月总第49《古建园林技术》（第二作者）。

35．“华侨大学建筑系的回顾与展望”，1995年12月《南方建筑》。

36．“欧阳詹的太原之爱”，1996年7月4日和8日《泉州晚报》连载。

37．“论建筑历史中的完型现象”，1996年6月北京《建筑师》。

38．“叠拱木桥的建筑成就”，1996年11月第四期《华侨大学学报》。

39．“关于注册建筑师考试的思考”，1996年第六期《新建筑》。

40．“设防住宅的调查研究”，1996年10月北京《建筑师》。

41．“古建筑的修旧如旧”，1997年1月《泉州学刊》。

42．“泉州中山路骑楼建筑保护”，1997年8月北京《建筑学报》。

43．“泉州土楼”，1997年10月《华中建筑》。

44．“童寯老师的读书与做人”，1997年10月，中国建筑工业出版社，《东南大学建筑系成立七十周年纪念专集》。

45．“论风水术中的理性因素”，1997年11月，中国建筑工业出版社，东南大学建筑系理论与创作丛书《建筑历史与理论研究文集》。

46．“城市别称中的悖论及其它”，1998年9月，中国建筑工业出版社，《建筑百家言》。

47．“泉州南安蔡氏古民居建筑群”，1998年10月第三期《福建建筑》。

48．“明清小说研究综述”，1999年11月北京，作家出版社《中国文学年鉴》。

49．“福建佛教丛林与新加坡双林寺的比较研究”，2000年2月总第67期《古建园林技术》。

50．“论中国第一代建筑师的成就与局限”，2000年8月，中国建筑工业出版社，《建筑百家评论集》。

51．“试析武吕兼论初唐闽南的开发”，2000年12月，《华侨大学学报》。

52．“学海无涯之乐”， 2000年12月，中国建筑工业出版社，《建筑百家回忆录》。

53．“闽西客家建筑体现汉文化三个特征”，2000年12月，中国建筑工业出版社，《建筑师》。

54．“法苑因缘”，2001年10月，新加坡双林寺重修圆成文集。

55．“形胜概念在若干古汉字中的痕迹”，2002年1月，《新建筑》。

56．“参加华族古建筑修护工作的几点体会”，2002年3月，（新加坡）亚洲华族传统建筑及古迹保留国际研讨会。

57．“庆祝双林寺主体竣工”，2002年6月，新加坡莲山双林寺殿塔开幕大典。

58．“北大镜春园禄岛水轩复建与荷塘水域整治”，2002年北京大学《大学的校园研讨会》。

59．“燕园刍议二则”，2002年北京大学《大学的校园研讨会》。

60．“跟随童寯先生读书”，2002年9月，北京，知识产权出版社《关于童寯》。

61．“山东栖霞牟氏庄园的建筑文化”，2002年10月,北京，《建筑师》100期。

62．“佛塔与古代西方文化的东传”，2003年，北京，《建筑百家言续集》，建筑工业出版社。

63．“中国木拱桥之我见”，2004年9月，北京，《建筑业导报》。

64．“埃菲尔铁塔的花边”2004年11月，北京，《读书》。

65．“闽西南土楼与城堡”，2004年11月，台北，中央研究院台史所。

66．“论材料与结构的搭配”，2005年，1月，北京，《建筑学报》。

67．Beijing-History and Historical Architecture，A+U建筑学杂志，2005年5月。

68．自撰个人学术介绍文章“方拥”发表于《建筑史解码人》，2006年6月，北京，中国建筑工业出版社。编者话：“（中国建筑史）第四代学人，如…方拥…等，能从世界的角度、从中西建筑的比较来看待中国古代建筑，现今都是建筑史研究和教学领域的中坚力量。”

69．“笃旧的至理——《江南园林志》评述”，已完成应约撰稿，中国建筑工业出版社第一图书中心《建筑百家谈古论今——图书编（第一辑）》，计划2006年9月出版。

70．“断金碎玉——《童寯文集》评述”，已完成应约撰稿，中国建筑工业出版社第一图书中心《建筑百家谈古论今——图书编（第一辑）》，计划2006年9月出版。