日本正教会为俄罗斯正教会主教区，后与莫斯科牧首公署中断关系，直至1969年恢复。

然而，在很长一段时期，日本东正教会并没有获得合法的地位。1947年，日本宪法首次赋予公民以宗教信仰自由的权利。这样，包括东正教在内的基督教各教派在日本获得了合法生存权。1970年，日本东正教会得到俄罗斯东正教会允许，成为一个从属于俄罗斯东正教牧首区的自治教会，其首脑由莫斯科牧首任命，称都主教。总部设东京，辖主教区4个，堂区约100个。在东京办有神学院1所。出版刊物《正教信使》，为世界基督教协进会成员。从教徒的民族属性来看，日本的东正教徒有俄罗斯人和日本人，也有来自非洲和阿拉伯世界的各国公民。俄罗斯东正教牧首区与日本东正教自治教会保持着密切的联系