警察厅首长为警察厅长官，由国家公安委员会与内阁总理大臣任免之。警察厅长官是全警察职员中最高之职位之警察官，设于《警察法》第62条规定的唯一阶级制度之外。

警察厅另设警察厅次长1人，阶级为警视监。长官公干外出时，职务由次长代理。

又因为东京警视厅辖区虽然只限东京一地，但因为东京是首都，因此除了保护东京都市民之外，也有保卫国家的责任。因此，其它地区的警察本部只接受日本警察厅的间接监督，唯有警视厅是直接受警察厅监督由警察厅长官下达命令；各个都道府县警察本部的本部长则享有独立指挥权，他们是各自相对独立的机关。如：神奈川县警察本部、大阪府警察本部等。警视厅是特指东京都的警察本部，相当于北京市公安局，级别与北海道、大阪府、京都府、神奈川、爱知、兵库、广岛、福冈等道府县的警察本部相同。但为何只在东京都才称“警视厅”，其他都称警察本部呢？这里有其历史原因的。因为在日本警察厅诞生之前，东京警视厅业已存在，故延续至今日。