从十月至十二月，大小百余战，消灭叛军1万余，先后收复遵义、绥阳、湄潭、桐梓、乌江(今均屑贵州省)等地。叛军方面，奢寅在成都造云梯和旱船(吕公车)，日夜攻城。秦良玉等各路援军到达成都以后，与登莱副使杨述程、安锦副使刘芬谦大败叛军于牛头镇，收复新都。二年(1622年)正月二十九日，朱燮元以叛军将领罗乾象为内应，又遣部将设伏诈降，诱崇明至城下，再败其军，罗乾象投降，成都解围。官军乘胜追击，先后收复资阳、内江、简州、泸州等40余州县，奢崇明父子退往永宁。五月二十三日，诸军进逼重庆，秦良玉率秦民屏夺取二郎关，总兵杜文焕破佛图关。川东兵备副使徐如珂亦击退奢寅所遣周鼎援军数万(又说2万人或四五万人)，歼敌万余。二十八日，收复重庆，杀死樊龙和张彤。此后，双方屡战于建武(今四川省大坝西、兴文南)、长宁(今四川省珙县东)、珙县、宜宾、遵义一带，互有胜负。三年(1623年)春，朱燮元吸取了“我以分，贼以合”因而未能彻底平叛的教训，决定集中兵力，直捣永宁。设疑兵于纳溪，佯为进攻，而暗中集中主力于长宁，进兵永宁，官军与石柱士兵连战皆捷。四月，克永宁。五月，克蔺州(今四川省古蔺)。