在异虫战役中，原先的主宰已经死亡，玩家作为一只脑虫为虫群的实际统治者，自称“刀锋女王”的莎拉·凯瑞甘效劳。

在第一章节的星灵剧情中，星灵的母星艾尔已经成为废墟，阿达瑞斯、泽拉图和阿塔尼斯带领幸存的星灵一同转移至黑暗圣堂武士的故乡萨古拉斯。随后他们遇见了黑暗圣堂武士的首领拉莎加尔。拉莎加尔告诉他们星球表面存在着一座萨尔纳加遗留的神庙，其威力足以扫净星球上的所有异虫。同时，莎拉·凯瑞甘告诉星灵一个新的主宰正在诞生。于是星灵被迫联合了凯瑞甘一同寻求两块激活神庙能量所必需的水晶。当他们返回时，阿达瑞斯发动了一场起义对抗黑暗圣堂武士与凯瑞甘的联盟。然而起义失败，阿达瑞斯亦被凯瑞甘所杀。此时星灵终于明白了凯瑞甘的真正意图是使萨古拉斯上的脑虫死亡，使她自己得以控制虫群。尽管获知启动神庙将会使凯瑞甘如愿以偿，星灵此时没有其他的选择。阿塔尼斯和泽拉图最终启动了神庙，扫净了萨古拉斯上的全部异虫。

在第二阶段的人类剧情中，玩家率领地球联合理事会的远征舰队进攻泰伦帝国。舰队起初遇到了一位抗击泰伦帝国的特工萨米尔·杜兰，斯托科夫将其视为一位特殊顾问。舰队在杜兰的帮助下取得了第一次胜利。UED很快在前泰伦联邦首都行星塔桑尼斯上发现了“灵能干扰器”——一种可以干扰异虫通信的设备。杜兰说服了杜格尔司令将其摧毁，但在最后关头斯托科夫将其制止。远征军随后开始进攻泰伦帝国的首都克哈。玩家击败了行星上的守军，但蒙斯克本人却被吉姆·雷诺率领的一支小型星灵舰队救走。UED跟随他们到了艾尔，但由于杜兰擅自离守导致行动遭到异虫的严重干扰，蒙斯克趁机逃脱。杜兰此举震惊了斯托科夫，再加之杜格尔并未意识到杜兰的背叛，斯托科夫独自率领了一支分队重新建造灵能干扰器。杜格尔却听信了杜兰派其杀死了斯托科夫。临死前斯托科夫说出了真相：杜兰是真正的敌人，他在为莎拉·凯瑞甘服务。玩家随后挫败了杜兰摧毁灵能干扰器的阴谋，杜兰逃脱。借助灵能干扰器的力量，远征军终于在查尔上的异虫世界中使用强有力的药剂俘获了正在成长的新主宰。

最后一章的异虫剧情中，莎拉·凯瑞甘带领异虫夺取了星区内的最终胜利。UED的入侵使得星区内所有的原先势力遭到削弱。剧情一开始，凯瑞甘、杜兰与吉姆·雷诺、菲尼克斯和蒙斯克达成了一个勉强的同盟，共同摧毁了灵能干扰器。随后他们筹集了大量资源展开对克哈的反攻，很快突破了UED的防线。然而凯瑞甘随后背叛了她的同盟，杀死了菲尼克斯和蒙斯克手下的将军埃德蒙·杜克，并重创了泰伦帝国的部队。随后，凯瑞甘和杜兰来到萨古拉斯，劫持了拉莎加尔，迫使泽拉图协助异虫消灭了新生的主宰，使所有的异虫服从于凯瑞甘的统治。此后泽拉图试图强行将拉莎加尔抢回，但在逃离时被玩家击败。泽拉图此时意识到拉莎加尔已经被凯瑞甘无可挽回地感染，于是杀死了拉莎加尔，离开了查尔。在他流浪的途中，偶然发现了杜兰在进行一项不为人知的星灵-异虫基因混合实验。而此时UED、泰伦帝国和阿塔尼斯率领的星灵舰队同时大举进攻凯瑞甘。尽管如此，异虫还是彻底击败了这三支舰队，使凯瑞甘成为了星区内真正的统治力量。

在剧情结束之时，UED远征军被异虫彻底消灭，蒙斯克返回了克哈重建他的帝国，阿塔尼斯回到萨古拉斯重建星灵一度辉煌的文明，而吉姆·雷诺和泽拉图则分别朝着宇宙的不同方向独自流浪。

《母巢之战》的部队单位完全沿用了《星际争霸》原版的基础设置，有不同的攻击方式与装甲（体积）类型。所有部队单位分为小型、中型、大型三类，而攻击方式（或称武器类型）针对不同的体积有不同的效果。其中包括：

普通攻击：对所有体积单位伤害恒定，所有近战单位和少数远程单位（如人类机枪兵，异虫飞龙，星灵炮台等）也具备此类攻击方式。

爆炸式攻击：对小型单位造成50%伤害，对中型单位造成75%伤害，对大型单位造成完全的伤害，代表兵种是人类的坦克，星灵的龙骑兵和异虫的刺蛇。

震荡类：对小型单位全额伤害，对中型单位50%的伤害，对大型单位25%的伤害。例如星灵的海盗船和人类的劫匪车。

单位本身的属性比较复杂，大体上分为生物特性、机械特性两种。部分单位同时具备这两种特性，例如人类的车辆和星灵的龙骑兵。各种部队单位的技能的生效判定也不尽相同。

《母巢之战》在原版的基础上增加了一些新的部队单位，并且对原先的单位也做出一定修改。详细如下：

人类

人类拥有最远的地面单位和防空单位，机械化军团的远程火力相当强大，但是部队单位指挥较为困难，并且在接近战中处于劣势。在《母巢之战》中，人类新增部队单位如下：

异虫

异虫靠“控制”和“菌毯”（Creep，一种神秘物质）来发展自己的社会和经济。控制指异虫特有的一种心灵意识力，异虫通过它来控制自己种族中的事务。异虫不需要制造补给站，它的人口上限取决于领主的数量。异虫的生命会自动恢复，但速度不快。

所有的异虫的部队都是由孵化场中的“幼虫”变异而来，这些不停运动的幼虫即异虫生物的基本形态。要想造出高级的部队，可点一下“幼虫”，通过“变异选单”营造部队。《母巢之战》新增的异虫部队单位如下：

星灵

星灵是个古老而具有先进科学技术的种族，它们所拥有的技术和制造出来的武器设施是游戏中其他两个种族望尘莫及的。不过，星灵的人口比另外两个种族少很多，只能依靠大量的机器人来充当战士。星灵几乎从不制造任何建筑，它们的劳动单位是机械人，叫作探机。探机是在地图上定位一个坐标，然后相应的建筑就会由星灵太空运输舰传送过来，而传送的同时探机便可开始修另一个建筑了。因此这个种族在修建筑时效率非常高。

星灵的部队的生命值分为两部分，即护盾和生命值。护盾会自动恢复，速度很快，但有总恢复量的限制，超不过最大护盾值的3倍。因此星灵的队伍在大多数攻击中先消耗护盾再消耗生命值。星灵新增单位如下：

与原作完全相同，游戏地图只有地面和空中的区别，地面有高地与洼地的区别，在低处的单位在遭到攻击之前无法看到高处；而按照剧情，地图的不同环境绝大多数仅仅体现在外观。空中单位可以穿越一切障碍并且视野不受地形限制。

在剧情战役模式下，有时会出现封闭环境的地图，此类地图中没有矿物，并且不会出现空中单位。

游戏提供了地图编辑器，允许玩家修改或制作不同的对战地图。

与《星际争霸》原版相同，《母巢之战》游戏中的资源只有晶体矿和高能瓦斯。其中晶体矿散落在地上，6至8块放在一起，一般一块的含量为1500单位，每块最多只能由1名采集者采集，不可两个或两个以上采集者同时采集。晶体矿收集完后会消失。瓦斯可在类似火山口处建提炼场后开采，一个气矿口的含量一般为5000单位。采集队伍每人带回来的量是8，而且这个值无法提升。瓦斯井枯竭后还可继续开采，产量减少为2。

基地可提供9至10个人员单位的消耗，其中人类为10，星灵为9，异虫为1。人类要建补给站（Supply Depot）来维持其供给，而星灵要建水晶塔（Pylon）来维持其精神力，异虫要生产王虫（Overlord）来维持其控制力。

《母巢之战》沿用了原作的全部建筑系统，具体如下：

人类

人类的建筑可以无限制建造，并且包括指挥中心在内的多种建筑都能起飞。人类建筑在遭到较严重的损伤之后会起火，起火期间建筑耐久会缓慢下降。SCV工程车可以维修受损的建筑。

除了常规建筑，人类的部分建筑还能添加附加建筑。附加建筑通常可以研究相应的功能，对单位进行强化。

异虫

异虫的所有建筑除孵化场和汲取器外，都需建在菌毯上，菌毯可来自异虫的孵化场或菌毯蔓延（Creep Conoly）。每当生产一个建筑，菌毯就会向周围扩展一定的范围。

星灵

星灵的建筑要修在水晶塔的附近。每座水晶塔都能给一定范围内的建筑提供能量。这个范围在地图上表示就是一个圈，所有的建筑都要建在这个圈里，只有星灵枢纽（Protoss Nexus）和吸纳仓这两种开采矿物资源的建筑能够建在圆圈范围外。因此水晶塔在星灵里的地位很重要。另外每座水晶塔还可分为8个星灵部件的共同资源。如果一座水晶塔被摧毁，在其能量范围内的建筑就无法工作（如生产新的部队等）。

与原作相同，《母巢之战》的战役也分为三个部分，对应三个种族。不过时间线顺序上有一定变更。虽然战役有时间线划分，但是并不需要玩家去解锁。玩家可以从任意一部分战役开始，并且自动保存已经通过的关卡进度。

三个战役分别如下：

第四章 星灵战役：抵抗

第五章 人类战役：铁拳

第六章 异虫战役：刀锋女王

作为即时战略游戏的重要元素，多人对战功能被暴雪包含到游戏中并提供了良好的支持。《星际争霸》支持基于IPX和UDP协议的局域网连接。为方便玩家在互联网上多人对战，暴雪架设了自己的服务器，使得所有星际玩家（通常指拥有正版的合法用户）可以免费地与世界各地的玩家进行对战。还有些星际争霸爱好者们开发了不同的联网支持方式在互联网上对战。

暴雪提供了多种不同的对战形式，最常见的是单挑（one on one）和组队作战（Top vs Bottom，2 vs 2和3 vs 3的形式居多）。此外，也有一些玩家喜欢组队与电脑对战，通常通过地图设定来使电脑在对战的时候获得一些优势（这样可以使对战更具挑战性）。暴雪曾经发布过一些使电脑拥有巨大优势的“疯狂级”地图。星际争霸提供开放的编辑地图的软件，使得广大的星际爱好者可以修改、创造、编辑自己喜爱的地图，再应用到对战当中去。更有一些星际爱好者创造出RPG地图、微操作地图使得星际的玩法多种多样。

随着《母巢之战》发布的还有一套附加的自定义剧情，用来展示游戏任务地图设计的能力。这套剧情名为《奴役者：黑暗复仇》，故事围绕一群以乌莱扎基为首的反叛黑暗圣堂武士展开。他们意图将原生活在艾尔上的光明圣堂武士逐出萨古拉斯，而玩家与泽拉图则前来制止这一行径。

注：除了上述配置条件，还需要满足的条件：Internet连接上网和一个邮箱（注册）；较好的网络环境。另外这并不是最终官方配置需求信息，随着后面的发展变化，其最低配置信息会随时变更。游戏不支持MAC系统。

《星际争霸：母巢之战》整体上得到了很高的评价，其中GameRankings给予了96分的高分。杂志《PC Zone》给予了一段简短而溢美的评价，形容游戏“绝对值得期待”，并赞扬了新单位的加入和平衡性的调整使得《星际争霸》“从一款‘不错’的游戏一跃成为极佳的作品”。评论中还提到了过场动画的设计，形容其“仿佛真的是游戏剧情的一部分，而不只是事后的附着物”。（gamerankings网评）

IGN则赞扬《母巢之战》是一部“精心设计的资料片”，其中“包含的新内容足以使最挑剔的玩家满足”。但评论同时提到“仍有足够的内容可以使游戏核心内容更加丰富而不失其韵味”，并且表达了对游戏难度的担忧：“《母巢之战》的游戏难度比《星际争霸》提高了一个数量级，玩家很难拥有足够的时间在自己遭到敌人进攻之前熟悉新的单位。”与此同时，IGN高度评价了“引人入胜”的游戏剧情，称赞增强的多人游戏模式是“游戏中最强大的功能之一”。总地来说，IGN评价这部资料片“令人印象深刻”。（IGN网评）

GameSpot同样给予了资料片正面的评价。评论家指出《母巢之战》的设计“包含了一部真正的续集所必需的一切关注、细致和智慧”，使原版游戏真正“具有了新的活力”。评论赞扬资料片为游戏平衡性做出了“看似微不足道实则意义重大的改动”，带来了“十分杰出”的效果，但是在改动中使得游戏界面的品质略有下滑。GameSpot还提到《母巢之战》的音乐和音效是一次勇敢的改良，形容游戏配音“完全令人信服”，尽管在游戏后半部分略乏创新，但在结尾“仍然令人着迷”。评论最后总结道，《母巢之战》是一部“比《星际争霸》更值得敬佩的继承物”，是“史上最佳的电脑游戏资料片”。GameSpot还给《母巢之战》颁发了一个特别的“最佳资料片”成就奖。（gamespot网评）

然而，媒体对于《母巢之战》的评论并非一片赞扬。游戏革命认为游戏内容“与《星际争霸》在各个方面几乎完全相同”，新单位显出一种混杂的感觉。评论还指出“尽管单位的升级还不错，但游戏剧情还是不像样子”，形容单人任务的设计就是个“事后的想法”，使得资料片在呈现一条“有趣的”故事线。评论认为多人游戏部分并不重要因此将其忽视。总体说来Game Revolution认为《母巢之战》尽管是一部“有意思的资料片”，它还是一个“混杂的包裹”。（游戏革命网评）