东汉永平十二年（公元69年），哀牢王国归附东汉王朝，东汉王朝置哀牢、博南二县，割益州西部都慰所领六县，新置永昌郡，脱离益州郡，成为独立行政区划。今普思沿边区域属永昌郡哀牢地，其澜沧江流域以东地带有濮子部，澜沧江流域以西地带有望部和茫部（茫天连），诸部族各居山川，地广人稀，有归属而无建置。

三国建兴三年（225年），诸葛亮南征，平定南中益州、牂牁、越嶲、永昌四郡后，为巩固蜀国对南中统治，诸葛亮集中力量恢复郡县制度，将原南中五郡调整为键宁、朱提、云南、永昌、兴古、越嶲、牂牁七郡。在边疆少数民族集居区域加密设治，中原汉族政治、经济、文化影响逐渐向西南边疆推移。《中国历史地图集》载：永昌郡辖境划出部分区域新扩拓郡县。普思沿边区域仍属永昌郡南部地区，在这次新扩拓郡县中虽未直接设治，但“洗马河”及“孔明山”等地名，有其深远的历史意义：一是对诸葛亮处理西南边疆少数民族关系的评价；二是反映西南边疆各族人民期盼设治的愿望。

唐朝，贞元十年（794年）唐王朝与南诏和盟后，南诏以“六诏合一”，统一大理洱海地区，并向周边地区拓展。南诏政区为六赕，八节度。其赕为重镇，节度为外府。八节度即：云南、拓东、宁北、铁桥、永昌、开南、银生、丽水。开南节度管辖：威远城（景谷）、柳追和城（镇沅）、奉逸城（普洱）、利润城（勐腊）内有盐井一百多所，派兵驻守。银生节度管辖：“茫乃道（景洪）并黑齿等类十部落皆属焉”。乾符六年（879年）《新唐书、南诏传》载：“有十赕、六节度、二都督。”其间，开南节度并于银生城，据《中国历史地图集》，银生节度辖：银生城（景东）、开南城（文井）、威远城（景谷）、奉逸城（普洱）、利润城（勐腊）、柳追和城（镇沅）、茫乃道（景洪）、通蹬川（墨江）、河普川（江城）、羌浪川（越南莱州）、送江川（临沧境内）、邛鹅川（澜沧）、林记川（缅甸孟艮）。相当于今普洱市、西双版纳傣族自治州、缅甸景栋、老挝北部、越南莱州。大理国统治时相差不大。

公元1254年，云南归附元朝，政区中心由大理迁址昆明。云南在大理五个区域基础上设立五个总管府，即大理总管府，善阐总管府、北路总管府、中路总管府、南路总管府。总管府下视其人户势力大小设万户、千户、百户递相统辖，总计有万户府十九个。其间，大理总管府下设景东千户府辖开南州（文井）、干远州（镇沅）；南路总管府下设元江万户府辖他郎（墨江）二千户所。

至元十三年（1276年）云南行中书省建立，“云南”正式作为省级行政区域名称，治所从大理迁至昆明，为当时全国十一省之一。省下设路、府、州、县。在边疆民族地区路、府以下设置部族首领政权，实行“以土官治土民”的土司制度，封赠各民族首领以宣慰使、宣抚使、安抚使、诏讨使、长官等职，并在各少数民族聚居府、州、县，设立土知府、土知州、土知县等土官职，使之对本民族实行直接统治。中央王朝只要控制土长酋首，就可以实施有效统治。元朝建置《元史、本纪》载：“至元三十一年（1294年），云南行省所定路、府、州、县：上路二、下路十一，下州四十九，中县一，下县五十。”今普洱市境内，景东府辖开南州（文井）、威远州（景谷）、干远州（镇沅）；元江府辖马笼他郎长官司、因远罗必甸长官司，普日部（宁洱）、思摩部（思茅）、步腾部（普文）、步竭部（宁洱境内）、设栖部（元江墨江间）、你陀部（元江墨江间）、罗丑部（普洱西部）、罗佗部（宁洱西南）、台威部（景洪北部）、台阳部（小勐养）；顺宁府辖木连路；车里总管府辖木来府（勐海）。

明朝，洪武十四年（1381年），改云南行中书省为云南承宣布政使司（行政）、都指挥使司（军事）、提刑按察使司（司法）省级三司机构。省下改路为府，更置州县，设置卫所。在内地建立府、州、县，府有三等：粮二十万石以上者为上府，二十万石以下者为中府，十万石以下者为下府。府以下为州，州分直隶州、散州二种，直隶州直接隶属于承宣布政使司，散州隶属于府。府州之下为县，县也有三等：粮十万石以上者为上县，六万石以下者为中县，三万石以下者为下县。在边疆少数民族地区建立宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司以及名为“御夷”的府州。同时，实行“土流兼治”、“府卫参设”的措施，加强封建集权统治。根据边疆各少数民族政治经济情况，在省以下各级政权机构中分别有：只设流官、土流并设和只设土官三种。“流官”，是中央王朝派出直接统治的官吏，有一定任职期限；“土官”是中央王朝封任当地“土酋”或有“威信”的人为官吏，经王朝封任，给予符印，准其世袭。边疆少数民族地区多于原官授职，给予符印，准以世袭。

今普洱市境内，景东府为土流并设府，镇沅府为设土官府，各土司及御夷府州只设土官。明洪武二十三年（1390年）景东府置卫所，安排军屯，兼理民事，逐步实施改土归流，在距府城一定距离的关隘要冲之地设巡检司分治两处。一处是景东府北七十里三岔河巡检司；二处是景东府北一百六十里保甸巡检司。景东府城设城堡，城北罗伽甸村、古地村设关哨，为军事要地。景东府北设景东驿，府城北六十里设板桥驿，均为邮传驿铺。凡设巡检司、驿站、城堡之地，安置人户逐渐繁盛，后来发展成为集镇；而铺、哨及屯寨则发展成为村落。此时，大批汉族人口开始迁入景东，逐步改变汉少夷多的状况，汉族人户成为居民的主要成份。明朝建置《明史、地理志》载：“云南承宣布政使司，领府五十八、州七十五、县五十五、蛮部六。后领府十九，御夷府二、州四十、御夷州三、县三十、宣慰司八、宣抚司四、安抚司五、长官司三十三、卸夷长官司二。”今思茅境内，景东府辖威远州（景谷）；镇沅府辖禄谷长官（恩乐）、者乐长官（新抚）；元江府辖他郎寨长官司（墨江）、普日长官司（宁洱）、思摩甸长官司（思茅）、钮兀长官司（江城）；顺宁府辖孟连长官司（孟连、澜沧、西盟）；车里宣慰司。

清朝，顺治十五年（1658年）清兵入滇改明代承宣布政使司为云南行省，设总督。省以下为道、府、州、县，由知府、知州、知县执掌政事。之外另创厅制，厅有直隶厅、散厅二种，官制略同，直隶厅直接隶属于省，散厅隶属于府。云南行政区划《清史稿、地理志》载：“领府十四，直隶厅六、直隶州三，厅十二、州二十六，县四十一。又土府一、土州三、土司十八。”

康熙三年（1664年），调元江通判分防普洱。清雍正五年（1727年）者乐甸长官司改置恩乐县，隶属镇沅府。

清雍正七年（1729年）置普洱府,为流官制；同年，将普洱通判移驻思茅,又在思茅兼设攸乐同知。雍正十三年（1735年）设思茅厅、宁洱县。

乾隆三十一年（1766年）于普洱府添设迤南道，道府同成。迤南道为兵备道，加兵备衔，稽查弹压与边防事宜，领普洱府、镇沅府、元江府、临安府。次时，在省、府之间有道，主管军事和监察，并非行政分区，但后来逐渐演变为近似于行政区域了。

乾隆三十五年（1770年）元江府、镇沅府降为直隶州，元江府属他郎厅、镇沅府属威远厅改由普洱府管辖。至此，普洱府辖宁洱县、思茅厅、他郎厅、威远厅及车里宣慰司。简称“一县三厅一司”。普洱府建立后，中央加强了对边沿地区的统治，汉族人口大量迁入西南边疆，带动边疆少数民族地区经济、文化迅速发展，对改善民族关系、巩固边防发挥重要作用。

道光二十年（1840年），镇沅直隶州改为镇沅直隶厅，撒销恩乐县并入镇沅直隶厅。

其间，英法殖民主义侵略中印半岛，随着越南、老挝、缅甸沦为英法殖民地，滇西南边疆面临帝国主义侵略的威胁，边境形势紧张，界务、商务交涉任务日益繁重，边境镇道职权急需加强，于光绪十四年（1888年）二月，置镇边直隶厅，由迤西道改隶迤南道。同年，清政府派普定左营驻防勐烈，为勐烈设官之始。光绪二十一年（1895年），《中法续议界务专条附章》，将中国领土勐乌、乌得划入老挝版图。光绪二十八年（1902年）勐烈左营管带改为勐烈弹压委员，军政兼辖。

民国2年（1913年），云南省实行裁府留道，普洱府裁撤后，厅、州一律改为县，迤南道改称滇南道，设观察使。次时，已是辛亥革命之后，在省、县之间的道，已经逐渐演变为近似于行政区域了，成为省、道、县三级制。

民国3年（1914年）滇南道改称普洱道，观察使改称道尹，并将道尹公署移驻思茅。民国5年（1916年）勐烈弹压委员改为行政委员，为地方行政官员。民国15年（1926年）思茅恶性疟疾流行，道尹公署移回普洱。

民国18年（1929年），国民政府通令废道，实行省、县两级制。签于云南省西南边境地区各县界连越南、老挝、缅甸三国，涉外事务繁多，国防边地关系密切，废道后，云南省特在腾冲设云南省第一殖边督办公署，在普洱设云南省第二殖边督办公署，处理涉外事务，同时兼办行政要务。思茅设海关，陆路口岸区位优势提高，对外交往及商业贸易兴盛，有“金腾冲、银思茅”之说。

民国18年（1929年），云南省民政厅提议改置车里、五福、佛海、镇越、六顺等五县，拟撒销宁江行政区及象明县，变更墨江县等级，筹设普文、江城两县，并添设大勐笼县佐、镇越移治易武。报经云南省务会议议决试办。其间，勐烈行政委员遵令积极筹备，将宁洱、墨江、元江三县插花地出设县，并拟定县名为江城，于民国18年（1929年）12月17日启用江城县印章，宣告江城县成立。

民国19年（1930年），根据《国民政府县市组织法》、《云南省政府县市自治实施方案》改建新县制，划编区、乡镇，成立区公所、乡镇公所，编定闾、邻。民国23年（1934年）云南省政府推行县、区、乡镇、闾、邻制。5户为1邻，设邻长；5邻为1闾，设闾长。农村20闾为1乡镇，设正副乡镇长；城市20闾为1坊，设正副坊长。10乡镇（坊）为1区，设正副区长。民国27年（1938年）废除闾邻制，整编保甲，推行县、区、乡镇、保、甲制。《国民政府组织纲要》规定10户为甲、10甲为保、10保为乡镇，15~30乡镇为区。甲设甲长；保置办公处，设正副保长；乡镇置乡镇公所，设正副乡镇长；区置区公所，设正副区长。

民国21年（1932年）云南省政府为保证政令畅通，选派要员定期分赴各地进行政务视察。民国30年（1941年）2月，云南省第一区行政督察专员公署在宁洱建立，其辖区为宁洱、思茅、景东、景谷、镇沅、六顺、江城、澜沧、缅宁、双江、车里、佛海、南桥13县；宁江、沧源2设治局。民国31年（1942年）改为云南省第四区行政督察专员公署，其辖区未变。次时，行政督察区由选派要员定期政务视察演变为省的派出辅助机构，近似于三级制。

民国35年（1946年）改为第七区行政督察专员公署，其辖区为宁洱、思茅、江城、镇越、车里、佛海、南桥、宁江、六顺、澜沧10县。墨江、镇沅、景东县属云南省第六区行政督察专员公署辖区。景谷县属云南省第九区行政督察专员公署辖区。

1949年，云南和平解放后，随着革命斗争形势迅猛发展，思普沿边地区各县先后建立人民政权，县以下乡镇改为区，保改为村。1949年8月1日，思普区临时人民行政委员会在宁洱成立；1950年4月16日，奉云南省人民政府令改为云南省宁洱区人民行政专员公署，辖区称宁洱专区；1950年7月28日改为云南省普洱区行政督察专员公署，辖区称普洱专区。根据西南军政委员会《关于西南少数民族地区实行民族区域自治及建立民族联合政权的意见》，1951年1月1日，普洱区各族人民代表大会在宁洱举行，通过选举组成云南省普洱区各族联合政府委员会，并举行《民族团结誓词》签字仪式。

1952年1月1日，改为云南省人民政府普洱区专员公署。1952年8月8日，《中华人民共和国民族区域自治实施纲要》颁布实施，1953年1月23日，云南省西双版纳傣族自治区人民政府在允景洪成立，是云南省第一个实施民族区域自治的专区级自治区。1953年3月28日，经政务院批准普洱专区改为思茅专区，普洱专员公署改为云南省思茅专员公署；

1955年5月，思茅专员公署由普洱迁址思茅。从此，思茅成为专区政治、经济、文化发展中心。1953年4月7日，澜沧县拉祜族自治区人民政府成立，是思茅专区较早实施民族区域自治县。1953年7月1日，内务部批准撤销六顺县，辖区除整糯区划归西双版纳傣族自治区外，其余部分划归思茅县；1953年7月11日，内务部批准撤销宁江县，其中新营盘区、雅口区划归澜沧县，勐旺区、安康区划归佛海县。1954年5月18日，政务院批准江城县哈尼族彝族自治区人民政府成立；1954年5月31日，政务院批准从澜沧县划出孟连、南佧两区，于6月16日成立孟连傣族拉祜族佧佤族自治区人民政府。1954年8月1日~12日，云南省第一届人民代表大会第一次会议通过《关于更改歧视、侮辱少数民族地方名称的决议》，孟连傣族拉祜族佧佤族自治区改为孟连傣族拉祜族佤族自治区。1955年6月，根据《中华人民共和国宪法（草案）》规定，西双版纳傣族自治区改为自治州，澜沧、江城、孟连民族自治区改称自治县。1956年6月25日，云南省人民委员会批准，由澜沧县划出西盟山区成立西盟佤族自治县筹备委员会；1963年9月14日，经国务院全体会议第135次会议通过，于1965年3月5日正式建立西盟佤族自治县人民委员会。

1957年10月19日，国务院批准撤销思茅专区，所辖思茅、景谷、镇沅、景东、墨江、江城等县划归西双版纳傣族自治州人民政府管辖；澜沧、孟连、西盟等县划归临沧专区管辖；1958年3月3日，思茅专署在西双版纳傣族自治州允景洪进行撤区扩州筹备工作中，发现有不当之处，撤区扩州决定没有实施，思茅专区和西双版纳傣族自治州建制仍然保留；1964年8月18日，国务院批准恢复思茅专区和西双版纳傣族自治州建制。

1958年思茅专区在“大跃进”和人民公社运动中，县以下区改为人民公社，村改为大队。1958年12月思茅县撤销，辖区并入普洱县；1959年1月，镇沅县撤销，其中大部分公社并入景谷县、新抚划归墨江县、德安划归普洱县、者东划归新平县管辖。上述两县撤销于1960年9月18日国务院全体会议第103次会议通过。1961年3月27日，国务院全体会议第115次会议通过，恢复镇沅县建制，除新抚、德安两个公社末归回外，仍辖原9公社1镇区域。

1966年5月，思茅专区“文化大革命”开始，各级干部被批判斗争，难于行使职权，政令不畅；1967年宣布“夺权”后机关工作陷于瘫痪，为稳定局势，于1967年3月24日思茅专区军事管制委员会成立，中国人民解放军昆明部队进驻思茅专署机关接管地方政权。1968年9月13日，思茅专区革命委员会成立，军事管制结束。1970年思茅专区县以下实行政社合一人民公社、大队制。1971年1月1日，根据《中华人民共和国宪法（草案）》，思茅专区改称思茅地区，思茅专区革命委员会改称思茅地区革命委员会。1973年8月，中共云南省委和云南省革命委员会决定，西双版纳傣族自治州委员会和州革命委员会由省委和省革委直接领导，解除思茅地区革命委员会管辖州革委的领导关系，恢复民族自治州与地区同等行政地位。1974年思茅地区农村体制改革，县以下恢复区、乡、村制。

1978年5月9日，按照《中华人民共和国宪法》，云南省人民政府通知，撤销思茅地区革命委员会，改为云南省思茅地区行政公署，作为云南省人民政府派出机关，设专员代表省级政府管理辖区内工作，于1979年2月正式改称。1979年7月30日，国务院批准撤销墨江县，于11月28日建立墨江哈尼族自治县。1981年5月9日，经国务院批准，从普洱县划出原思茅县辖区，恢复成立思茅县人民政府，于1982年1月1日正式办公。

1984年5月第六届全国人民代表大会第二次会议通过《中华人民共和国民族区域自治法》，国务院于1985年6月11日批准，撤销普洱、景东、景谷县，建立民族自治县。12月15日，普洱哈尼族彝族自治县人民政府建立；12月20日，景东彝族自治县建立；12月25日，景谷傣族彝族自治县人民政府建立。1993年3月25日，国务院批准撤销思茅县设立思茅市，行政区域不变，于11月8日~10日举行思茅撤县设市庆典。1998年11月4日第九届全国人民代表大会常务委员会第五次会议通过《中华人民共和国村民委员会组织法》，思茅地区村级体制改革开始，至2000年12月全面完成村民委员会选举工作。至此，思茅地区辖9县1市，121个乡镇（其中民族自治乡13个，镇28个），995个行政村（其中村民委员会991个，街道办事处4个）。

2003年10月30日，国务院《关于同意云南省撤销思茅地区设立地级思茅市的批复》（国函[2003]113号），同意云南省撤销思茅地区，设立思茅市。原县级思茅市行政区域为翠云区行政区域。思茅市辖普洱哈尼族彝族自治县、墨江哈尼族自治县、景东彝族自治县、镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县、景谷傣族彝族自治县、江城哈尼族彝族自治县、孟连傣族拉祜族佤族自治县、澜沧拉祜族自治县、西盟佤族自治县和新设立的翠云区。2004年4月17日，思茅撤地设市庆祝大会在思茅万人体育馆隆重举行。

2006年1月20日，云南省人民政府《关于调整思茅市十个县区部分乡镇行政区划的批复》批准，翠云区撤销云仙彝族乡和震东乡，设立新的云仙彝族乡，辖原云仙彝族乡和震东乡行政区域范围。普洱哈尼族彝族自治县撤销把边乡，其行政区域并入磨黑镇；撤销凤阳乡，其行政区域并入宁洱镇。墨江哈尼族自治县撤销碧溪乡、双龙乡和忠爱桥乡，将原碧溪乡、双龙乡和忠爱桥乡的曼平、曼嘎、新联3个村委会所辖行政区域并入联珠镇，并将原忠爱桥乡的丙蚌、回龙、民兴3个村委会划归通关镇。景谷傣族彝族自治县撤销钟山乡，其行政区域并入威远镇；撤销边江乡，其行政区域并入永平镇。景东彝族自治县撤销永秀乡，其行政区域并入大朝山东镇；撤销者后乡，其行政区域并入文井镇。镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县撤销三章田乡和者东乡，设立者东镇，辖原者东乡和三章田乡行政区域范围；撤销里崴乡，其行政区域并入勐大镇。江城哈尼族彝族自治县撤销红疆乡，其行政区域并入勐烈镇。孟连傣族拉祜族佤族自治县撤销南雅乡，其行政区域并入娜允镇。澜沧拉祜族自治县撤销勐朗镇、东朗哈尼族乡和谦迈乡，将东朗乡与勐朗镇合并，设置勐朗镇，并将谦迈乡看马山、布老、包麦地3个村委会划归勐朗镇；撤销糯扎渡乡，设立糯扎渡镇，并将谦迈乡竜山、谦迈、落水洞3个村委会划归糯扎渡镇；撤销新城乡，其行政区域并入谦六彝族乡。西盟佤族自治县撤销西盟镇和莫窝乡，设立勐卡镇，辖原西盟镇和莫窝乡行政区域范围。

2007年1月21日，国务院《关于同意云南省思茅市及相关县区更名的批复》（国函[2007]8号），同意思茅市更名（恢复）为普洱市，普洱哈尼族彝族自治县更名为宁洱哈尼族彝族自治县，思茅市翠云区更名为普洱市思茅区。2月16日，云南省人民政府发出《关于思茅市及相关县区更名的通知》；3月8日，思茅市人民政府转发《云南省人民政府关于思茅市及相关县区更名的通知》；4月8日，第八届中国普洱茶节、第二届全球普洱茶嘉年华会、云南省第二届普洱茶交易会、思茅市恢复为普洱市庆典活动在思茅隆重举行。普洱市辖思茅区和宁洱哈尼族彝族自治县、墨江哈尼族自治县、景东彝族自治县、镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县、景谷傣族彝族自治县、江城哈尼族彝族自治县、孟连傣族拉祜族佤族自治县、澜沧拉祜族自治县、西盟佤族自治县。至此，普洱市辖1区9县，103个乡镇（其中镇30个，乡61个，民族自治乡12个），居民委员会36个，村民委员会994个。