1817年2月12日，爱国者派军队在查卡布科战役中击败西班牙殖民军，取得独立战争的重大胜利，为庆祝胜利，爱国者们之后在圣地亚哥升起了一面阿根廷国旗，当年5月26日，查卡布科战役英雄、阿根廷人胡安·格雷戈里奥·德·拉斯埃拉斯将军为智利设计出蓝、白、红三色平行相等的横长方形相连组成的国旗，蓝、白、红三色是智利原住民马普切人在反对西班牙殖民统治斗争中曾使用的旗帜的颜色；这面国旗被称为“过渡国旗”，因其易同法国国旗和荷兰国旗相混淆，该国旗仅使用了5个月，智利政府便决定更改国旗式样。

1817年10月18日，智利最高执政官贝尔纳多·奥希金斯·里克尔梅颁布法令，批准安东尼奥·阿科斯·伊·阿尔霍纳设计的智利国旗为国旗，阿科斯所设计的智利国旗最初在旗面中央绘有当时的智利国徽图案，但在智利共和国正式成立前后，去掉了国旗上的国徽图案；1818年2月12日，智利共和国正式宣告成立，独立战争英雄托马斯·吉多在圣地亚哥的“独立宫”（今智利国家历史博物馆总部）第一次升起了智利国旗。

智利共和国国旗呈长方形，长宽比为3∶2，旗面由蓝、白、红三色相连组成，国旗上半部分左侧为蓝色正方形，其中央绘有一颗白色五角星，右侧为白色长方形；下半部分为红色长方形；其中，蓝色部分等同于白色部分的二分之一，白色部分等同于红色部分的三分之二。

智利共和国国旗中，红色象征英雄烈士们为智利的独立、自由和解放而洒出的鲜血（一说代表先烈鲜血染红的国花可比伟），白色象征着安第斯山高峰的白雪，蓝色正方形取材于马普切人所使用过的旗帜，象征着海洋和天空，白色五角星指南天光辉的星星，象征智利国家的三项最高权力（行政权、立法权和司法权），表示国家的主权完整和领土统一，同时也代表着激励智利人民勇往直前的英雄主义精神，是进步和荣誉的指引。

1912年1月11日，智利政府颁布了关于国旗色彩和比例的2597号法令。

1975年7月3日，智利总统奥古斯托·皮诺切特签署第890号法令，颁布了《国家安全法》，该法自同年8月26日起正式实施，其中第6条规定，冒犯、侮辱智利共和国国旗、智利共和国国徽及智利共和国国名等国家象征者，将会被判处危害公共秩序罪。

2011年10月3日，智利政府颁布第20537号法令，规定民众在智利全年都可以悬挂智利国旗，但需要遵守相关法律和规定，爱护和正确使用和悬挂，否则将会面临罚款。

1980年版《智利共和国政治宪法》中第22条规定，每个智利居民都应当尊重国旗和国徽。智利国民警卫队（Carabineros de Chile）负责监督国旗的规范使用情况。

在任何时候，智利共和国国旗都应该悬挂在旗杆的顶部，白色五角星一侧必须靠近旗杆；如果是在没有旗杆或是室内的情况下，应该水平或者垂直将智利共和国国旗展开悬挂，国旗上的五角星必须位于左上角。

智利共和国国旗的图像可以用作智利共和国国家奖项荣誉的要素或纹章基础，以及各种官方机构的旗帜、徽章及纹章标志等。

智利共和国境内的各级政府机关、司法机关、立法机关、军事基地、学校和广场等公共场所需要全天悬挂智利国旗，首都圣地亚哥的总统府拉莫内达宫、宪法广场和武器广场等标志性地点也需要全天悬挂智利国旗；智利的驻外机构和边界地带需要全天悬挂智利国旗，智利的海外领地复活节岛和胡安·费尔南德斯群岛亦需要全天悬挂智利国旗。

在一些特定的公共节日，例如每年的5月21日（海军光荣日）和9月18日—19日（9月18日为智利独立日，即国庆日，9月19日为陆军光荣日）等，智利共和国国内的公共建筑和私人建筑必须悬挂国旗。

智利共和国国旗的设计借鉴了法兰西共和国国旗（三色旗）的颜色，并参照美利坚合众国国旗的样式设计而成；但智利人普遍认为智利共和国国旗上的红、白、蓝三种颜色最早来自于智利史诗《阿劳加纳》所描述的马普切人在反殖民统治战争中所使用的旗帜。

1843年，智利作曲家弗朗西斯科·贝略·博伊兰和何塞·塞皮奥拉创作了《献给智利国旗的赞美诗》，在时任智利总统曼努埃尔·布尔内斯·普列托的帮助下，该歌曲成功在智利国内传唱。

1917年，智利钢琴家恩里克·索罗创作了歌曲《智利国旗的赞美诗》。

1928年，智利诗人维克托·多明戈·席尔瓦创作了诗歌《在国旗的脚下》，以表达自身的爱国主义。

1935年，音乐家多纳托·罗曼·海特曼创作了歌曲《我的智利国旗》。

加夫列拉·米斯特拉尔、巴勃罗·聂鲁达等智利作家均创作过关于智利国旗的文学作品，如《国旗的颜色》（米斯塔拉尔著）、《智利国旗》（聂鲁达著）等。

智利的国旗日为每年的7月9日，该日期是为了纪念在太平洋战争康塞普西翁战役（1882年）中牺牲的77名智利军人。

2008年8月4日，智利总统米歇尔·巴切莱特在圣地亚哥的总统府拉莫内达宫向参加2008年北京奥运会的智利奥运代表团授予智利国旗，并预祝选手们在奥运会上取得好成绩。巴切莱特总统亲手向智利奥林匹克委员会主席内文·伊利奇授予了智利国旗。

2008年8月6日上午，参加北京奥运会的智利奥运代表团在北京2008年奥运会运动员村举行了入村升旗仪式，奥运村值班村长、联合国前任副秘书长陈健对智利代表团的到来表示热烈的欢迎。

2010年9月17日，为纪念智利独立200周年，在首都圣地亚哥拉莫内达宫南侧的公民广场（西班牙语：Plaza de la Ciudadanía）升起了巨大的智利共和国国旗，被称为二百周年国旗（西班牙语：Bandera Bicentenario），该旗帜长27米，宽18米，被悬挂在高60米的旗杆上；18日，首都圣地亚哥正式举办智利独立200周年庆典活动，19日，在圣地亚哥举行了阅兵式，活动期间，智利共和国在包括圣地亚哥在内的智利全国各地飘扬升起。

2010年9月18日，在8·5智利圣何塞铜矿坍塌事故中被困的33名矿工在700米井下深处升起智利国旗，感谢智利全国人民对他们生命的持续关注。10月13日起，被困矿工开始陆续被救出，14日上午9时左右，被困矿井之下两个多月创造生还奇迹的33名矿工全部获救。矿工们获救时，33只绘有智利国旗图案的气球在圣何塞铜矿上空升起，标志着33名井下坚守近70天的矿工全部脱险。

2022年4月1日，在圣地亚哥的公民广场举行二百周年国旗的升旗仪式。

国旗风波

2018年9月底，智利总统米格尔·胡安·塞瓦斯蒂安·皮涅拉·埃切尼克在与美国总统唐纳德·特朗普会面前，展示了一张印有两国国旗的打印纸，即一面较大的美国国旗和一面较小的智利国旗，智利国旗位于美国国旗中心，正好利用了美国国旗的2条红白道和右下角的1颗白色小五角星组成了智利国旗。不过，皮涅拉此举在反对党和社交网络中遭到了广泛批评。

安东尼奥·阿科斯·伊·阿尔霍纳（1762年——1851年），西班牙人，军事工程师和银行家，出生于西班牙南部安达卢西亚的马拉加，曾加入拿破仑·波拿巴麾下的法国军队，后因拿破仑失败而先后流亡英国、美国，1814年前往拉普拉塔联合省的布宜诺斯艾利斯，后前往库约省的门多萨并加入了何塞·弗朗西斯科·德·圣马丁·马托拉斯麾下的安第斯军，曾参与安第斯山的勘探工作，为之后爱国者们顺利翻越安第斯山打下了基础，1817年跟随安第斯军参加了查卡布科战役，之后设计了智利国旗，智利独立后从事商业活动并加入智利国籍，1851年在法国巴黎离世。阿科斯在智利独立后同当地名门伊莎贝尔·阿莱吉结婚，两人共育有四个子女。

智利国内普遍认为是西班牙人安东尼奥·阿科斯设计了使用至今的智利国旗，但有一些历史学家认为，智利国旗的真正设计者应为自1758年起就定居于智利的西班牙商人格雷戈里奥·德·安迪亚·巴雷拉。

智利总统旗是智利总统的标志和总统权力象征之一，智利共和国国旗的中央加上智利共和国国徽（国徽图案正中为上蓝下红的双色盾，盾面中央绘有一颗白色五角星，盾的上方是红白蓝三色羽毛组成的冠羽，盾的左侧是一头智利马驼鹿，右侧是一只大兀鹰，两只动物头顶金色王冠，共同扶持着盾，盾的下方是智利国花可比伟组成的花带，花带上白色飘带上写有智利国家格言“依靠公理或武力”）就成为智利总统旗。智利总统旗飘扬在首都圣地亚哥的总统府拉莫内达宫，出现在有总统参加的重要活动或是仪式上，并悬挂于总统乘坐的舰船和出行的车辆上。

升起总统旗时，不能在同一地点升起国旗，普通智利公民未经允许，严禁私自升起总统旗。

智利国防部旗是智利国防部、国防部长和智利武装部队的标志和象征，国防部旗的底色为深蓝色，旗面中央为智利共和国国徽。

智利陆军军旗是智利陆军的象征和标志，陆军军旗的底色为红色，旗面中央为智利陆军军徽。

智利海军的舰艇通常会在悬挂智利国旗（同时当作智利海军的军旗使用）的同时悬挂舰首旗，舰首旗的图案为中央绘有白色五角星的蓝色旗帜，等同于国旗左上角的图案。

智利空军军旗是智利空军的象征和标志，空军军旗的底色为天蓝色，旗面中央为智利空军军徽。

智利国民警卫队军旗是智利国民警卫队的象征和标志，国民警卫队军旗的底色为绿色，旗面中央为国民警卫队军徽。