1984年5月，巴拿马举行了自1968年军人执政后的第一次大选，此次选举是在混乱和暴力中进行的，由军方支持的巴拿马民主革命党候选人尼古拉斯·阿尔迪托·巴尔莱塔以微弱优势当选为巴拿马总统，反对党指责国民警卫队使用各种手段包括舞弊以保证巴尔莱塔当选。

选举后的政局持续动荡，巴尔莱塔就职后推出的经济紧缩方案又激起了新的罢工和民众抗议浪潮。1985年，政府联盟中的部分人士也加入到抗议浪潮之中。劳资双方代表都退出了政府为摆脱乱局而召集的对话会议，当年8月，诺列加宣布国家处于“完全的无政府和失控”状态，并批评巴尔莱塔政府软弱无能。9月，一名著名的反对派人士遭到谋杀，当即激起了新一轮的抗议浪潮。由于巴尔莱塔有意对此案进行调查，诺列加和国民警卫队将其从联合国大会上召回并迫使其辞去了总统职务。并任命第一副总统埃里克·阿图罗·德尔瓦列担任总统。10月，政府关闭了所有的学校。

文人总统只不过是诺列加的傀儡。诺列加肆意干政，阻止民主制度的恢复，激起国内许多政界人士的不满，使政局日益动荡。

诺列加在经济上实行有利于贫民的政策，从1983年起，政府开始实行经济紧缩计划，在工业和农业部门实行了结构调整措施，并开始整顿公共部门。目的是为了扩大公共部门的私人投资，提高巴拿马工业的国际竞争力。并力图使私人部门变成制造业生产的主要推动力量。1985年与美国签署了司法互助条约，并确立了引渡程序，加大了对洗钱的打击力度。1986年政府通过立法取消了面向国内市场生产企业的税收优惠，同时为生产出口商品的企业在进口原料、收入、销售和资本方面提供便利，鼓励制造业面向国际市场。

1987年以后，随着美国制裁措施的出台，巴拿马投资活动几近中断，经济陷入危机，工业生产陷于停顿。在同时期经济出现了负增长，GDP下降达16%。

诺列加对外则不完全按照美国的旨意行事，要求美国按1977年签署的巴拿马运河条约于1999年底前将美军撤走，恢复巴拿马在运河区的全部主权。80年代，中美洲局势动荡不安。巴拿马积极参与和支持孔塔多拉集团在中美洲和平进程中的活动。显示了其国际地位和在中美洲事务中参与程度的扩大。巴拿马邀请墨西哥、委内瑞拉和哥伦比亚外交部长在孔塔多拉岛举行会谈。会议结果是孔塔多拉集团成立，即4国联合推动中美洲和平进程。虽然巴拿马在斡旋的作用没有其他国家那样突出，但参与和平进程本身就为巴拿马在国际舞台上赢得了良好的声誉。

自1985年起，巴拿马同美国的关系持续恶化，诺列加将军把巴尔莱塔总统赶下台时，美国开始削减对巴拿马的经济援助，并对巴拿马施加压力促使其改革银行保密法、限制巴拿马国防军的政治作用。与此同时，在巴拿马国内和美国都有人指责诺列加从事非法活动，包括贩毒和洗钱。

1987年4月，美国国会参议院通过了一项不具约束力的决议，指责巴拿马官员参与毒品交易并要求将对巴拿马的援助削减50%。美国国会还通过决议要求美国中央情报局调查巴拿马的毒品交易。巴拿马立法机构则通过决议召回驻美国大使。在津巴布韦参加不结盟国家会议的巴拿马代表指责美国没有履行巴拿马运河条约规定的义务。认为美国的目的是“损害巴拿马的主权、尊严和独立”。

1987年6月，巴拿马国防军内部斗争的激化导致诺列加从前的盟友、参谋长罗贝托·迪亚斯·埃雷拉辞职。埃雷拉辞职后公开指控诺列加对托里霍斯将军和反对派人士之死负有责任，并在1984年使用舞弊手段保证了巴尔莱塔的当选。埃雷拉要求对诺列加贩卖毒品、迫害政敌等指控进行彻底调查。由此，在巴拿马国内掀起了一场大规模的“倒诺运动”，并得到了美国的支持。巴拿马则针锋相对，立法机构通过决议要求驱逐美国大使，同时还将其与美国的争端提交到美洲国家组织。美洲国家组织以17票赞成、1票反对、8票弃权通过决议，要求美国停止干涉巴拿马内政。6月30日，美国驻巴拿马使馆遭到袭击，尽管巴拿马很快进行了道歉并赔偿了损失，但美国仍以将援助冻结以表示对诺列加将军的不满。

1987年底，巴拿马罢工、抗议、示威活动不断，与美国的关系也降至1964年骚乱事件的最低点。1988年2月，美国司法部在美国佛罗里达州的坦帕和迈阿密联邦法院起诉诺列加将军，在多项罪状中包括诺列加参与了在巴拿马进行的毒品交易。同时美国政府在迈阿密接待了巴拿马总统埃里克·阿图罗·德尔瓦列并劝说他将诺列加将军解职。但诺列加拒绝下台并任命教育部长曼努埃尔·索利斯·帕尔马为临时总统。美国政府则继续承认德尔瓦列总统并于3月1日开始对巴拿马实行经济制裁，包括停止向巴拿马支付运河收入、中止贸易优惠条件、暂停国际银行贷款、禁止在巴拿马的美国公司缴纳当地税款并停止向巴拿马输送美元。不久，美国召回了驻巴拿马大使，同时向巴拿马增派驻军。

美国的制裁持续了近两年的时间，但并没有使诺列加将军垮台，1989年5月，巴拿马又一次举行了总统大选，美国出资1000万美元支持巴拿马反对派候选人吉列尔莫·恩达拉·加利马尼等人的竞选活动，美国前总统詹姆斯·厄尔·卡特等著名人物亲临巴拿马监督选举。经过选举，反对派联盟候选人吉列尔莫·恩达拉·加利马尼赢得大选胜利，获得了75%的选票。诺列加将军却指挥巴拿马国防军没收了数以百计的投票箱，并在大规模的抗议和罢工浪潮中宣布大选结果无效。此举使美巴关系以及与其他拉丁美洲国家的关系跌入低谷，引发巴拿马国内矛盾激化。为了平息危机，美洲国家组织介入了巴拿马大选的争执。大多数拉美国家对诺列加的做法表示不满，但同时也认为美国的政策是炮舰外交和干涉主义的回潮。美洲国家组织呼吁诺列加重新组织一次选举。

1989年9月1日，在诺列加的操纵下，巴拿马审计署署长弗兰西斯科·安东尼奥·罗德里格斯·波卡达成为临时总统。美国断绝了与巴拿马的外交关系并实施了进一步的经济制裁措施。美国中央情报局、美国南方司令部等机构公开鼓动巴拿马国防军推翻诺列加以结束危机。10月3日，巴拿马发生政变，诺列加将军被扣押但很快为支持者所解救。

政变失败后，美国军方开始制定入侵计划，目标是推翻诺列加、解散巴拿马国防军，保护在巴拿马的美国公民和财产。12月15日，巴拿马“全国市县代表大会”任命诺列加为巴拿马政府的首脑。诺列加宣称，在过去的30个月中，美国通过不断的心理和军事干扰，已在巴拿马造成了一种战争状态。诺列加批评美国总统乔治·赫伯特·沃克·布什违反巴拿马运河条约，而巴拿马人民将不折不扣地遵守条约条款并且“绝不破坏运河”。实际上，诺列加的确没有威胁巴拿马运河也没有如美国媒体宣称的那样对美国宣战。次日夜，一辆美军吉普车驶过巴拿马国防军司令部门前时遭枪击，一名美国士兵中弹身亡。其后两天，美国和巴拿马双方相互指责并偶尔交火。美国的入侵准备在加紧进行，其代号为“正义事业行动”。美国从本土向巴拿马美军基地调动了数千军队和数架F-117隐形战斗机。

1989年12月20日，美国入侵巴拿马，巴拿马战争正式爆发。美军开始向巴拿马国防军发起攻击，攻击目标包括国防军司令部以及其他基地、设施、机场等。参与行动的美国军队达24000人，动用了空军运输机、战斗机、迫击炮和轻型装甲车等装备。巴拿马国防军司令部及周围房屋很快被摧毁，其他军事据点也为美军所控制。但诺列加将军当时正在郊外一家军官俱乐部活动并设法躲藏起来。美国悬赏100万美元捉拿诺列加，并向自动上缴武器的巴拿马士兵发放赏金以鼓励其尽快重建公共秩序。

在发动入侵以前，美国将参加5月份大选的反对派领导人召集到一起，并安排了一个秘密的巴拿马新政府就职仪式。然后向新闻媒体的记者播放就职仪式的录像带，表面巴拿马新政府已经成立，美国迅速承认吉列尔莫·恩达拉·加利马尼为巴拿马总统，并任命了美国驻巴拿马大使。同时，美国开始查抄价值3000万美元—6000万美元的诺列加将军的非法财产，并承诺向巴拿马提供数十亿美元的援助。

由于巴拿马国防军和民兵残余分子的抵抗，零星战斗持续了4天。这期间社会治安混乱，巴拿马城商业区发生了多起抢劫事件。

美军严密监视古巴和尼加拉瓜驻巴拿马大使馆，严防诺列加进入。但出乎美军意料，12月24日诺列加及其随从却躲进了梵蒂冈教廷使团驻地。虽然教廷使节不愿收留诺列加并面临着美国强大的压力，但却不得不依照教廷惯例保护避难者。同时，恩达拉政府无法保证诺列加的安全，而美国则强烈要求在美国法院审判诺列加，引渡和审判程序能否公正令人怀疑。美国开始向罗马教廷施加压力，并开始向诺列加展开心理战，美军运用了双管齐下，齐头并进的战术。一时间，几十号高音喇叭独出心裁地架在梵蒂冈使馆周围。此起彼伏的摇滚音乐震耳欲聋。“诺列加滚下台，不要独裁分子”的新闻，在反复地播放，几乎是在呼喊。一首名为“无处可逃”的乐曲直对着诺列加住的小屋。

经过9天的煎熬和教廷使节的劝说，诺列加将军于1990年1月3日向美军投降。

诺列加向美军投降后，立即被逮捕并押往美国迈阿密受审。诺列加受到10项罪名指控，包括走私毒品、洗钱和敲诈勒索等。迈阿密联邦法院1992年判处他入狱40年，后来减为30年。

巴拿马法院1995年缺席审理诺列加，认定多项谋杀罪名成立，判处他3个20年监禁，合并执行。法国一家法院1999年以缺席审理的方式判处诺列加洗钱罪名成立。由于他在狱中表现良好再次缩短刑期，2007年9月9日出狱。

2010年4月26日，美国国务卿希拉里·克林顿签署引渡命令，将诺列加引渡至法国，接受洗钱罪的审判。巴拿马政府表示尊重美国的主权，但仍然希望将诺列加引渡回巴拿马，服完他在巴拿马被控违反人权罪的刑期。

2010年7月7日，法国法院根据1999年的缺席审判结果，以为哥伦比亚贩毒集团洗钱的罪名，宣判诺列加七年有期徒刑。在法国银行账户长期遭冻结的二百三十万欧元，则被法院没收。诺列加宣称无罪，否认曾向哥伦比亚毒枭拿钱，并认为这项判决是遭到美国陷害，以防止他说出他与中情局合作的内幕。

2011年11月23日，法国批准把诺列加引渡回巴拿马。按照巴拿马法律，诺列加年龄高，可能以软禁形式在住所服刑。2012年2月5日，诺列加因高血压和脑出血住院。

2017年5月29日，曼努埃尔·诺列加在医院过世，享年83岁。

2014年7月，诺列加采取法律手段，控告《使命召唤：黑色行动2》滥用自己肖像获取经济利益。诺列加作为剧情角色出现在《使命召唤：黑色行动2》中的“Suffer with Me”任务中。据法院新闻服务网报导，正在巴拿马监狱服刑的诺列加起诉游戏发行商，“公然滥用其肖像，侵犯肖像权以谋取经济利益。”据悉游戏剧情中将诺列加描述为一名绑架、谋杀、无恶不作的全国公敌。诺列加对此非常不满。控方称动视滥用诺列加肖像是对其本人的人身伤害，也塑造了其负面形象，严重损害其名誉。

九月份，动视雇佣了前纽约市市长，2008年共和党总统候选人Rudy Giuliani作为辩护律师，他也是Bracewell & Giuliani法律公司的合伙人，他表示使用诺列加的肖像是符合第一修正法案的，因此要求法庭驳回上诉。不出意外，洛杉矶高级法院法官William H. Fahey已经在10月驳回了诺列加对动视提起的起诉。

他们迎来了理想的结果，Giuliani表示：“这次判决是关键的胜利，我们感谢法庭保护言论自由。这件案子从一开始就是无稽之谈，我们很满意最后对方没有得逞。”“这不仅仅是《使命召唤》制作者的胜利，这更是全世界整个娱乐行业中的艺术创作的胜利。”

动视CEO Bobby Kotick表示：“今天的判罚，是《使命召唤》千万玩家的胜利，我们将可以继续在各种艺术创作中感受历史幻想题材的魅力。我要感谢Giuliani市长，他将自己的毕生精力用于保障公民，阻止恐怖主义，阻止诺列加之流，以及像今天这样，保卫言论自由。