天启三年（1623年）三月十二日夜二更，政变计划正式启动，金瑬、李曙等已率从长湍等地带来的1000多名军队集合在汉城西郊弘济院，李倧也率领亲兵至延曙驿与其会师，接着在三更时攻入彰义门（汉城西北门），由于负责汉城卫戍的训练大将李兴立在政变前已被收买，按兵不动，因此政变军顺利攻入昌德宫，并在宫中纵火。李倧在仁政殿阶上坐着胡床，指挥接下来的行动。他先命金自点、李时昉（李贵之子）去庆运宫（今德寿宫）向被幽禁在那里的仁穆大妃启禀“反正”之意，接着又派李贵等具仪仗奉迎仁穆大妃，大妃不肯出来。此时出逃宫外的光海君父子被逮捕，李倧骑马带着被关在轿子里的光海君去庆运宫谒见大妃，在大妃面前伏地痛哭，表示自己有罪，将御宝献给大妃，与大妃周旋至深夜，终于被大妃授予御宝，在庆运宫别堂即位。次日先以仁穆大妃名义发表教书，废黜光海君，立李倧为王，然后李倧在庆运宫接受百官朝贺，颁布即位教书，大赦境内，是为朝鲜仁祖，这场政变也就被称为“仁祖反正”。

仁祖继位后，处决了李尔瞻、郑仁弘等一大批大北派官僚及金介屎等光海君的宠姬宠臣，为临海君、金悌男（仁穆大妃之父）等政治牺牲品恢复名誉，并起用在光海君时期失势的李元翼、郑经世、李睟光等南人及徐渻、吴允谦等西人。接着就是对反正功臣的论功行赏，在天启三年（1623年）闰十月十八日策勋三等共53人，金瑬、李贵、金自点、沈器远、申景禛、李曙、崔鸣吉、李兴立、具宏、沈命世10人为一等，李适等15人为二等，朴惟明等28人为三等。对于这种结果，并非皆大欢喜，怨气最大的是李适。他是反正军的重要领导，但在“反正”后仅被任命为汉城府判尹，与其形成对照的训练大将李兴立，他只是被临时收买为内应，在“反正”时按兵不动，却被特授为工曹判书，等录勋结果出来时，李兴立名列一等功臣，李适屈居二等功臣，李适内心自然更加不平。不久后，天启四年（1624年）正月十七日，前教授文晦等告发李适等人心怀不轨，当时李适以副元帅的身份出镇平安道宁边，仁祖决定先不动他，而是派人逮捕他的儿子李栴和同党韩明琏等人。当时李栴与其父李适都在宁边，正月二十四日，李适杀死仁祖派人逮捕他儿子的使者，正式起兵叛乱。李适麾下有12000余名精锐部队，起初势不可挡，直逼汉城，仁祖在二月初八日夜奉仁穆大妃并率宗亲百官仓皇逃往公州避难。次日李适入京，拥立兴安君李瑅（仁祖叔父）。然而李适旋即被都元帅张晚率领的官军击溃，李适父子及韩明琏等在逃亡途中被部下所杀。二月十八日，仁祖从公州返回汉城。

李适之乱平息后不久，宗主国明朝方面也传来了对仁祖的利好消息。原来仁祖在“反正”之后立即派李庆全出使明朝，通报“反正”之事，并请明朝皇帝册封他为朝鲜国王；而明朝却认定其为篡位，延宕不予册封，在朝鲜使臣的恳求和驻扎朝鲜境内椵岛（皮岛）的明将毛文龙的帮助下，明朝从“联鲜制奴”的战略考虑出发，决定批准仁祖的册封。天启四年（1624年）四月二十日，仁祖从归国使臣那里获得了明熹宗的准封圣旨，翌年六月初三日由明朝使臣太监王敏政、胡良辅主持册封典礼，仁祖在国内的合法性也得以确固。

不过，仁祖治下的形势并不强于光海君，百姓生活并未明显改善，失望情绪在朝鲜社会不断蔓延。光海君时期权贵所掠夺的土地，仁祖不但不归还原主，反而听任反正功臣据为己有，人们叹息：“只是变了下主人而已啊！”讽刺仁祖及反正功臣的歌谣也开始出现，如“嗟尔勋臣，毋庸自夸，爰处其室，乃占其田，且乘其马，又行其事，尔与其人，顾何异哉？”“孰谓清时？今亦昏时。昔在昏时，爵人以贿。今在清时，爵人以私”。在这种情况下，朝鲜卷入了明金（清）战争的旋涡中，对社会造成了巨大的冲击和影响。

仁祖即位之前，后金已经攻陷了明朝的辽东，并窥伺辽西；明将毛文龙转进朝鲜境内的椵岛（皮岛），对后金后方构成威胁。仁祖反正之际，仁祖政权斥责光海君忘恩背德，私通后金，并标榜要同明朝“协力讨虏”，但在实际上仍然采取对后金的不刺激政策，倒也相安无事数年。皇太极成为新任后金汗后，情况发生变化，首先皇太极一向就是后金内部的对朝强硬论者，再加上他继位后内部不稳，又发生饥荒，需要发动一场对朝战争来转移和缓解矛盾。于是在天启七年（1627年）正月，皇太极派其堂兄二贝勒阿敏率军进攻朝鲜，同时成为进攻对象的还有明将毛文龙，史称“丁卯胡乱”。因为后金兵无法渡海，所以只攻陷了毛文龙在陆上的据点铁山，对在岛上的毛文龙无可奈何；而对朝鲜则势如破竹，从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山，仁祖率仁穆大妃和群臣避难于江华岛，同时命昭显世子分朝于全州。不过后金并不是要占领朝鲜全境，而是急于迫使朝鲜屈服后撤军，所以两国在短暂交战后展开了外交交涉，三月初三在江华岛达成盟约，双方结为兄弟之国，阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约，规定朝鲜向后金输岁币。不久，后金又要求朝鲜开市中江，与之贸易，朝鲜对这些要求无法拒绝，被迫一一答应。不过，朝鲜与明朝的宗藩关系尚未因此断绝。

但是，朝鲜与后金之间仍存在许多棘手的悬案，如朝鲜给后金输送的“岁币”偷工减料，被皇太极退回；朝鲜答应会宁开市，却迟迟不兑现；朝鲜放任越境采参和狩猎以及在后金逃人问题上的争端，等等。当然最重要的问题是朝鲜在明金之间的暧昧关系，即一面称臣明朝，一面与明的敌国后金修好，这种暧昧关系注定不能持久。崇祯八年（1635年），皇太极征服蒙古察哈尔部，以获得传国玺为借口欲称皇帝，朝鲜自然不肯就范。崇祯九年（1636年）二月，皇太极派龙骨大（英俄尔岱）、马夫大（马福塔）及数十名蒙古人来朝鲜，借春信、吊祭（仁烈王后之丧）为名，劝朝鲜请皇太极进帝号，仁祖君臣对此反应强烈，坚决拒绝，后金使团灰溜溜地离开朝鲜。三月初一日，被斥和情绪裹挟的仁祖晓谕朝鲜八道，痛斥后金“僭号”企图，命令官民做好抵抗后金的准备。同年四月十一日，皇太极即皇帝位于盛京，改国号为大清，朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽然被强迫参加贺礼，却拒绝三跪九叩，被皇太极遣返回国，清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。在随后的几个月时间里，朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派，斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数，但仁祖内心偏向主和派，所以在十月向清朝派遣译官送去国书，委婉地向清朝表达恳求和谈之意，却遭到皇太极拒绝，战争遂不可避免。在金（清）、鲜交涉走向破裂的过程中，仁祖一面命令平安道等地修缮城堡，防备入侵；一面强化对明关系，将斥绝后金之举转咨皮岛，得到明崇祯帝的“奖敕”，并派金堉以冬至使出使明朝，请求明廷提供硝石、硫磺。

此时，仁祖君臣已经后悔当初下谕斥和之举，准备再派使节疏通清朝，但皇太极已经不再给朝鲜时间了。崇祯九年（1636年）十二月，皇太极统率大军亲征朝鲜，“丙子胡乱”爆发。由于朝鲜同清朝实力悬殊加上金自点等将帅的无能，清军不费吹灰之力就逼近汉城，十二月十四日，仁祖安排金庆征（领议政金瑬之子）等护送王世子嫔、两名大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难，自己稍后出发。此时清兵先锋已经在汉城近郊活动，而仁祖御驾到江华岛需要两天，仁祖担心途中被清兵俘虏，所以选择就近逃到南汉山城。他还对战事抱有一丝希望，不愿无条件屈服，他一面“亲自巡城，慰抚三军”，激励将士死守；一面命八道勤王，然而在清军围城打援战术之下，各路勤王军皆被击退。十二月二十九日，南汉山城的朝鲜守军出击，惨败而归，从此龟缩不出，次日汉城不战而失守。皇太极所率主力已至，把南汉山城围得水泄不通。仁祖见在劫难逃，只好同清朝谈判，围绕出降问题，金尚宪为首的斥和派和崔鸣吉为首的主和派展开激烈争论。崇祯十年（1637年）正月二十二日，清军渡海攻陷江华岛，世子嫔及两名大君等都成了俘虏，这成为压倒仁祖君臣的最后稻草。正月二十八日，朝鲜接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。正月三十日，仁祖穿着蓝染衣，骑着白马，率世子及50多名随从官员出南汉山城西门，在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼，然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。从此，朝鲜成为清朝的属国。

丙子胡乱后，清军撤军，带走了作为人质的昭显世子、凤林大君（后来的朝鲜孝宗）与约50万朝鲜俘虏回国。力主斥和的洪翼汉、尹集、吴达济三学士也被带到盛京处死。此后朝鲜不仅向清朝称臣纳贡，还被迫出兵帮助清朝攻打明朝（皮岛海战、松锦之战）。仁祖在此后尽可能顺从满清之意，对耻于向满清称臣的大臣则深恶痛绝。他认为所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“误国”，又说：“此辈（斥和派）以国之存亡置之度外，谋占美名，党同伐异，竟使宗国覆没，甚可恶也！”与之相应的是重用主和派和亲清派，他在丙子胡乱后拜崔鸣吉为领议政，崔鸣吉因私通明朝被清朝抓走后又起用金自点。

仁祖政权的合法性也在两次胡乱后面临严重危机，由于仁祖反正本身的名义就是亲明排金，因此仁祖向满清屈膝自然使人们倍感失望。丙子胡乱后，朝中掀起了辞职和隐退的风潮，可见仁祖政权的形象在士林中一落千丈。另一方面的表现就是自丁卯胡乱后，叛乱阴谋层出不穷，天启七年（1627年）李仁居起兵江原道、崇祯元年（1628年）柳孝立等欲立仁城君、崇祯五年（1632年）柳应泂谋逆、崇祯六年（1633年）李时说欲立锦原令李倬、崇祯八年（1635年）李基安谋逆、崇德四年（1639年）贞明公主及宫人的诅咒事件、崇德八年（1643年）李挺海叛国事件、顺治元年（1644年）反正功臣沈器远欲立怀恩君、顺治三年（1646年）的姜嫔诅咒事件和安益信谋逆，等等，可以说是朝鲜王朝历史上谋逆事件最频繁的时期。这些谋逆事件基本在未然之时便被仁祖扼杀，其中仁祖可能毒死了他的儿子昭显世子，并不顾大部分大臣的反对，一意孤行，亲自下令赐死儿媳姜氏（愍怀嫔），并把他三个孙子（昭显世子之子）通通流放济州岛，任其自生自灭。

仁祖后期自嘲为“伤弓之鸟”，臣下也批评他“一经大乱之后，无一分振作之气，侥幸一日之无事”，他的最后几年就是在内外交逼中努力保住自己王位的极度缺乏安全感的心理下度过的。顺治六年（1649年）五月初八日，李倧这位历经坎坷的朝鲜国王去世于昌德宫之大造殿，享年五十五岁。死后庙号初为烈祖，后来有人说这与南唐烈祖李昪的庙号冲突，不宜使用，故很快改为仁祖，谥号宪文烈武明肃纯孝大王。大韩帝国时期在谥号前追上“开天肇运正纪宣德”八字。清朝赐谥“庄穆”，但是朝鲜并不把清朝当作真正的上国，因此终朝鲜王朝之世，此谥号以及清朝赐予朝鲜各王的谥号，都不为朝鲜所用。仁祖初葬于坡州北云川里的长陵，后在英祖年间移葬交河。

仁祖即位时，西人党因主导仁祖反正而成为当权的朋党，但仁祖吸取光海君时代大北派垄断朝政的弊端，故而在倚重西人功臣势力的同时亦登用南人党（李元翼、郑经世、李圣求、李敏求等）、小北派（南以恭、金荩国等）乃至未参加“废母庭请”的大北派（李庆全等），并征召起用金长生、朴知诫为代表的“山林”儒士，维持着政局的平衡。

仁祖朝的“党争”特色并不明显，后人总结“当时朝议，如元宗追崇及讲和斥和之议，虽有异同，不系西（人）、南（人）”。因此当时政局的主要矛盾是功臣势力和非功臣士人之间的矛盾。即便在功臣内部也存在对立，如金瑬和李贵、李时白父子的对立、金自点和沈器远的对立等。仁祖采取异论相搅之策，维持着自己的王权。

仁祖加强王权最具象征意义的措施是追崇父亲定远君李琈。仁祖反正之后，光海君被废黜而排出王统之外，仁祖是奉仁穆大妃而继位，故直接继承祖父宣祖的大统。仁祖虽然内心还是想追尊父亲为王，但碍于金长生等儒生的反对意见，所以在继位时只是追封其为大院君。

天启六年（1626年）正月，仁祖的生母启运宫具氏去世，朝廷围绕如何服丧的问题展开了争论，仁祖和李贵、崔鸣吉等大多数功臣主张按照子为父母的标准来服丧，而非功臣的士大夫则主张按为人后者为本生父母的标准来服丧，其后仁祖想亲自当丧主，又遭群臣反对。此时仁祖根基未稳，均作出妥协。

崇祯元年（1628年），仁祖以表达孝心为由，将追崇定远君的问题再次提出来，引起群臣强烈反对，理由是定远君没有功德，仁祖自己也还没建立起功德，没有资格进行追崇。

随着仁祖王权的逐渐稳固，再加上得到了李贵、崔鸣吉等功臣的大力支持，所以到了崇祯五年（1632年）时就无需顾忌反对意见，断然下令追封定远大院君为元宗大王，启运宫具氏为仁献王后，崇祯六年（1633年）获明朝承认，崇祯八年（1635年）祔庙，仁祖总算如愿以偿，通过追崇父母而强化了王权。

备边司起初是一种临时性的军政会议机关，壬辰倭乱后逐渐成为常设机构，权限不断扩大。仁祖年间，内外变乱频仍，由反正功臣掌握的备边司趁机进一步膨胀，尤其是到丙子胡乱以后更是压制了台谏，成为凌驾于其他政府机构的决策机关，形成了备边司“事无巨细，无不归重。政府徒拥虚号，六曹皆失其职。名曰备边，而科举判下、妃嫔拣择等事亦由此出”的局面。

光海君时期曾将按户头征收贡物的贡纳法改为按土地征收粮食的宣惠法，并在京畿道率先实行。仁祖反正后，这一新法改称“大同法”，并计划推行于全国，首先在江原道、忠清道、全罗道实行，设三道大同厅进行管理。然而由于两班地主阶级的强烈反对，仁祖不得不在天启五年（1625年）中断了在忠清道和全罗道推行的大同法。此后经历孝、显、肃三朝，大同法才被推广于朝鲜全境。

仁祖时期处于壬辰倭乱留下的创伤尚未恢复、朝鲜又面临新威胁的时期，国防费用、明朝勒索的银子和后金（清）勒索的岁币及粮饷都不是小数目，因此扩充财政成为仁祖政权的当务之急。崇祯七年（1634年），仁祖下令丈量和清查三南（忠清、全罗、庆尚三道）土地，以确保税源，是为“甲戌量田”。量田结果是三南有895,489结土地，其中通过此次量田掌握的可耕地面积比之前多出188,695结。次年实行“永定课率法”，简称永定法，即废止了世宗朝以来“年分九等”、“田分六等”征收田税的规定，改为无论丰年还是凶年都按下下田的标准（每结4斗）来征收，这是承认15世纪末以来的田税征收实际情况。仁祖为了扩大财源，还松动了庶孽禁锢法，颁布《许通事目》，允许庶孽通过纳粟来换取科举考试的参与资格。此外，仁祖还积极开采咸镜道端川银矿，并允许民间私自采掘银矿，由户曹征收税银，后来在孝宗朝演变为“设店收税法”。

当时，在朝鲜社会作为货币来流通的布匹数量严重不足，于是仁祖在天启六年（1626年）听从户曹判书金荩国的建议，恢复了中断两百年的铜钱，铸钱600贯。但由于之后爆发丁卯胡乱，铸钱计划被打断。崇祯六年（1633年），仁祖听从户曹判书金起宗的建议，重新铸造并发行铜钱，该铜钱仿明万历通宝，钱文是“朝鲜通宝”，即沿袭朝鲜世宗年间所发行铜钱之称呼。崇祯七年（1634年）十一月初一日正式流通，并为此开设酒店、钱市，鼓励百姓用钱，但百姓并不买账，该铜钱流通程度很低，很快退出市场。

仁祖时期，全球进入小冰河期，朝鲜自然不例外。如崇德六年（1641年）四月备边司在向仁祖报告时惊呼：“今夫八路大旱之灾，出于三年凶歉之后，两麦已枯，四野尽赤，此诚前古未有之大变也！”除了不少人因饥荒而饿死外，死于随饥荒而来的瘟疫的人也不在少数，一些地方已出现小规模骚动，有大臣担忧此为“赤眉、黄巾之渐”。但仁祖对此束手无策，顶多采取削减百官俸禄、中止武器制造之类的措施，并从崇德二年（1637年）后几乎年年祈雨，所幸并未演变为全面的社会动荡。此外每逢灾异，仁祖还下教求言，虽然都表示采纳，却几乎无一付诸实施，引发朝臣不满。

仁祖在位时，刊行了《皇极经世书》、《东史补编》、《书筵备览》等书籍。同时修复了因壬辰倭乱而毁损的祭器、乐器。

仁祖时期的朝鲜也通过中国进一步接触了西方文化。宣祖万历三十一年（1603年），朝鲜朝天使臣李光庭就已经认识了利玛窦，但只是带回来了《坤舆万国全图》而已。朝鲜真正意义上接触西洋文化始于仁祖朝。崇祯三年（1630年），仁祖为慰问刚从己巳之变解脱出来的宗主国明朝而派遣陈慰使郑斗源出使北京，郑斗源在明登莱巡抚孙元化幕下接触了葡萄牙传教士陆若汉，翌年他带回了《治历缘起》、《天问略》、《利玛窦天文书》、《千里镜说》、《职方外纪》、《西洋国风俗记》、《西洋国贡献神威大镜疏》、《天文图南北极》、《天文广教》、《万里全图》、《红夷炮题本》等著作及千里镜、自鸣钟、西炮、焰硝花、紫木花等新鲜事物。此时仁祖正忧心忡忡于后金的威胁，所以只重视其中的西炮（红夷炮），并为此嘉奖郑斗源。谏官们则认为这些不过是奇技淫巧，不值得嘉奖，但被仁祖驳斥。丙子胡乱后，昭显世子入清为质八年之久，也通过汤若望而接触了西方科技与文化，不过由于回国后很快暴死而没有发挥作用。

仁祖时内外变乱不断，不得不在军事上有所强化。在军制方面，仁祖即位之时的中央军只有负责首都卫戍的训练都监和负责扈从国王的禁军三卫（内禁卫、兼司仆、羽林卫）。仁祖扬言要亲征后金，与明朝“协力讨虏”，于是以李贵为御戎使，招募军队，后来形成了御营军；仁祖反正时所募私兵不遣散，改编为国王的扈卫军，设扈卫厅，由反正功臣轮流担任扈卫大将；李适之乱后，为了加强京畿道的防卫，以李曙为总戎使，编成总戎军，增设总戎厅；在修筑南汉山城的过程中，又增设守御厅；丙子胡乱后，兵曹判书李时白从兵曹所属各番骑兵中选拔精锐，号精抄军，设精抄厅管辖（肃宗时与训练都监分出之训练别队合并为“禁卫营”）。至此，朝鲜王朝后期拱卫首都的五军营体制基本成型，包括卫戍汉城的训、禁、御“三军门”和防守京畿道的总戎、守御二厅，同时也形成了扈卫厅和禁军三卫（显宗时合并为“禁军厅”，英祖时改称“龙虎营”）并立的国王亲军体制。

在军额方面，仁祖一度实行了号牌法，即清理男丁、发放号牌以使民众为国家服役的政策。光海君时也曾实行此法，但因大北派的反对而作罢。西人党通过仁祖反正推翻大北派后，屡次建议仁祖实行此法，以加强对基层的控制、防止人民的流失，进而确保军额（军队数量），以应对迫在眉睫的危机，如李贵在天启四年（1624年）指出：“当今之时，莫如先行号牌。若不行此法，民皆逃役，无以为国。”但仁祖担心这样会扰乱民心，便犹豫而未能实行，并打算实行军籍法（将两班列入军役），却遭到大臣的反对。直到天启五年（1625年）七月，备边司向仁祖呼吁了“目今纲纪日益解弛，民心日益涣散，豪猾奸巧之徒，视朝廷如儿戏，政令之下，必先訾议；在上之人，不加深察，遽自疑惑，任长其骄顽无上之习，终至于委靡畏缩，拱手待亡，有识之士，莫不解体，诚可痛心”的现状，使仁祖下定决心厉行号牌法，于是设立号牌厅，交给主张号牌法最力的李曙、崔鸣吉负责，并采取严格的措施来落实，如规定丢失号牌将杖一百，在不到一年内有40余人因违反号牌法而死，甚至还严惩了一名对号牌法公开不满的地方两班安由慎。号牌法实行不到一年，朝鲜政府所掌握的16岁以上男丁就由103万上升到226万，可谓收效显著。然而不久爆发丁卯胡乱，仁祖在战争期间所下的罪己教书中不得不承认冒进推行号牌法为失误，于是再未实行此法。

在武器方面，仁祖延续发展火器的方针，大力制造鸟枪，在天启七年（1627年）朝鲜每年生产1000柄鸟枪，到崇祯九年（1636年）每年生产2000柄，不仅如此，仁祖还多次从日本购入鸟枪。丙子胡乱后的崇德六年（1641年），朝鲜拥有的鸟枪数量已达50000柄。同时由于明朝限制输出硫磺、硝石，仁祖委派反正功臣完丰府院君李曙负责研制、自力更生，并于崇祯四年（1631年）设别造厅于军器寺，专门负责制造火器并突破火药的技术难关。一个叫成根的军官从辽东难民那里习得焰硝制造之法，为李曙所采纳。崇祯八年（1635年），李曙编成《火炮式》，收录各种火器的制作和使用方法，并附以谚解（朝鲜文译本），附录“新传煮取焰硝方”。然而翌年即爆发丙子胡乱，此书未能派上太大用场。

崇祯四年（1631年），仁祖从陈慰使郑斗源那里得到红夷炮，喜出望外，但在研制方面未有进展。崇祯元年（1628年），荷兰水手朴渊（又作朴燕，Weltevree,J.J.）等三人漂流至朝鲜，仁祖将他们用于制造包括大炮在内的各种武器，丙子胡乱时效力于训练大将具仁垕麾下，除朴渊外的两人都战死了。

朝鲜在鸟枪方面的运用更胜一筹，曾在丙子胡乱时击毙清朝额驸扬古利，此点亦为清人所重视，经常征调朝鲜鸟枪手作战。

在战略方面，丁卯胡乱之后仁祖采取的主要战略是让出大路、修筑山城、配以火器的防守战略，如移义州于白马山城、移平壤于慈母山城、移黄州于正方山城、移平山于长寿山城，同时强化江华岛和南汉山城两大要塞的防御工事，但在强大的清军面前无济于事。仁祖早就担心清军会直捣汉城，丙子胡乱时清兵果然采取此种战略，导致朝鲜土崩瓦解。

仁祖年间，随着后金（清）的兴起，延续两百多年之久的明朝与朝鲜的宗藩关系也进入尾声。仁祖反正时的一个大义名分就是光海君忘恩背德、欺瞒明朝，因此仁祖表现出更加亲明的姿态，在反正之初即捕杀了负责执行光海君中立外交的平安道观察使朴烨和义州府尹郑遵，并向驻扎朝鲜境内椵岛（皮岛）的明将毛文龙输饷助军。然而，明朝却认为仁祖篡夺了明朝册封的合法国王光海君的位置，不愿承认仁祖王位，甚至有“声罪致讨”的主张。仁祖继位后，以仁穆大妃（昭敬王妃）的名义上奏明朝，通报仁祖反正的情况，由李庆全等携带赴明。明朝决定先派人调查，由于得到毛文龙的协助，朝鲜的请封得到明朝批准，但明朝并未立刻派出册封使。于是仁祖又派李德泂出使明朝，请求派遣册封使并下赐诰命、冕服，明朝终于答应，以太监王敏政、胡良辅为册封使赴朝鲜，在天启五年（1625年）六月初三日举行了册封仁祖为朝鲜国王的仪式，总算解决了拖了两年的悬案。为了打点这两位贪婪的太监，朝鲜凑够了13万两白银赠送给他们，这对朝鲜而言无疑是巨大的负担。天启六年（1626年），明朝使臣姜曰广、王梦尹以庆祝皇子诞生宣诏于朝鲜，并协调强化朝鲜与明朝共同抗金的同盟关系，此次是明末罕见的没有勒索朝鲜银子的使团。

天启七年（1627年）发生了后金入侵朝鲜的丁卯胡乱，朝鲜被迫与后金结为兄弟之国，但是并未断绝与明朝的宗藩关系，而且将丁卯胡乱的经过上奏明廷，新继位的崇祯帝也谅解了朝鲜的权宜之计，并命朝鲜协助明朝抵御后金。此后明朝与朝鲜依旧保持宗藩往来，明朝在崇祯七年（1634年）派遣太监卢维宁去朝鲜册封昭显世子，又勒索了朝鲜几万两银子。崇祯九年（1636年）九月，携带崇祯帝“奖敕”（嘉奖朝鲜斥绝后金之举的敕书）的登莱监军道黄孙茂来朝鲜宣敕，此为最后一次派往朝鲜的明朝正式使节。朝鲜亦依前例不断遣使朝贡明朝，崇祯九年（1636年）以金堉为冬至使赴明，是年冬发生丙子胡乱，使团无法立刻回国，直到崇祯十年（1637年）五月才在明朝水师的护送下回国。此为最后一次派往明朝的朝鲜贡使。

不过明朝与朝鲜的关系并未因后金的威胁而成为同仇敌忾的联盟，相反在暗中互相猜疑、防备。原本自壬辰倭乱以来，明朝允许朝鲜使臣购买硫磺、硝石，朝鲜依赖明朝输入的硫磺、硝石来制造火器。崇祯四年（1631年），被后金俘虏又逃回明朝的将领黑云龙报告了朝鲜与后金贸易往来的情况，促成了明朝对朝鲜的贸易封锁。崇祯五年（1632年）冬至使金蓍国来华时，明朝反复于允与不允之间，最终派太监没收了朝鲜使臣已经得到的焰硝。朝鲜上表向明朝喊冤，请求解禁。到了崇祯七年（1634年），崇祯帝明确拒绝批准向朝鲜输出硝石、硫磺，使朝鲜终未能如愿。此外，崇祯二年（1629年）袁崇焕斩毛文龙后，将朝鲜的海上贡路的中转站由登州改为自己辖下的觉华岛，以强化对朝鲜的控制，防止朝鲜、东江（皮岛）、登莱三方串通一气。直到崇祯九年（1636年）金堉出使明朝时，仍在呼吁明朝改贡路、输硝黄，由于丙子胡乱的爆发，无果而终。

仁祖时期，朝鲜的明朝之间最棘手的问题还是东江问题。明朝用来牵制后金、联络朝鲜的东江镇开府于朝鲜椵岛（皮岛），一直被朝鲜视为祸根。然而仁祖继位时，需要得到明朝册封而依赖东江平辽总兵毛文龙的协助，所以表面上的关系还算融洽，毛文龙也先后三次上奏明廷，为仁祖请封做出很大贡献，仁祖则在册封前夕的天启五年（1625年）四月为毛文龙立颂德碑于安州。不过，仁祖政权从一开始就判断毛文龙没有牵制后金的实力，只能给朝鲜带来麻烦，加上毛文龙部下本身也有强买强卖、劫掠朝鲜等不法行为，两者关系因而很快转入紧张，丁卯胡乱时，朝鲜抱怨毛文龙不及时来救，毛文龙则认为朝鲜引导后金来攻击他，双方的矛盾陡然升级。仁祖嘱咐西路副元帅郑忠信说：“西路（平安道）之事，非但胡也，毛将终必贻祸我国，其地将领不可不预备以待之。”也就是将后金和毛文龙共同作为朝鲜的防备对象。

毛文龙死后，东江镇虽仍然存在，但内乱不断，实力锐减，因此朝鲜和东江镇的关系相对缓和。刘兴治叛乱时，仁祖以报皇恩为由企图出兵讨伐，却因刘兴治被明朝招抚而中止出兵计划；后来孔有德、耿仲明叛逃后金，仁祖协助东江镇进行围追堵截，为此遭到皇太极的责难。不过仁祖始终对东江镇乃至明朝的援助不抱希望，所以尽管表面上朝鲜和明朝互通音讯、往来密切，实际上两国间不存在真正意义上的同盟行动，甚至在丙子胡乱后朝鲜还在清朝的裹挟下参与皮岛海战、攻灭东江镇。丙子胡乱后的崇德二、三年，明将陈洪范两次秘密联络朝鲜，要求朝鲜和他一起抗清，第一次仁祖虽然冒着清朝的问罪的风险而予以回复，但还是委婉拒绝其要求，第二次只派林庆业去请求明朝人不要再来朝鲜，拒绝回信与答礼。崇德六年（1641年）后，明将王武纬两次秘密出使朝鲜，要求朝鲜与明朝共同抗清，仁祖亦不敢答应。

当然，仁祖并非对明朝恩断义绝。仁祖反正后，每月助饷于东江镇，此后尽管对东江镇极其不满，也从未中断过对东江镇的支援接济，仅在毛文龙生前就为其提供米谷268700余石。丙子胡乱期间，仁祖“遇节日（崇祯帝圣节及元旦）辄行望阙礼，如对咫尺焉”，丙子胡乱后，仁祖在经筵时读到《诗经》中“乐只君子，殿天子之邦”一句，不禁“为之太息，潸然泪下”。由于清朝强制征兵于朝鲜，仁祖与崔鸣吉合谋派僧侣独步秘密赴明，转达朝鲜的苦衷，恳求明朝的谅解。崇德三年（1638年）正月初一，仁祖还在宫中设牌位，西向中原哭拜，可见仁祖在感情上无疑是倾向于明朝的，只是在制定对明政策时不得不基于实力对比和本国利益出发。

仁祖继位后，标榜亲明排金，故中止了光海君时期对后金的国书往来，表示要和明朝“协力讨虏”，以后金为假想敌来强化军备，甚至仁祖表示要“亲征”后金。不过，这只是一种姿态而已，仁祖政权没有勇气与实力去招惹后金，所以实际上采取的是尽量避免刺激后金的政策。一个代表性事例是天启四年（1624年）四月，毛文龙要派人去咸镜道巡边，朝鲜君臣生怕其挑衅后金而惹祸，不仅仁祖亲自劝阻，备边司也拟定了回避策略，以备毛文龙征朝鲜兵的情况。然而朝鲜与后金关系的主动权并不掌握在朝鲜手上。后金新君皇太极继位后，于天启七年（1627年）派阿敏等讨伐朝鲜及毛文龙，史称丁卯胡乱。虽然毛文龙未被其消灭，可是朝鲜却连战连败，仁祖被迫逃亡江华岛，并向后金屈服，与其使者刘兴祚（刘海）缔结两国结为兄弟的盟约，其后更不得不向后金纳岁币。

朝鲜的后金的兄弟关系只是同床异梦而已，两国外交摩擦不断。丁卯胡乱后，尽管后金释放了大部分朝鲜被掳人口，但仍有上万人被后金扣作人质，要求朝鲜或以后金逃人交换、或以米粮赎回，朝鲜被迫选择后者，至于后金逃人问题，朝鲜虽表示允诺交出，却又以难以找回散落各地的逃人为由搪塞，交出极少，令后金不满。在开市问题方面，朝鲜自崇祯元年（1628年）同后金开市于义州，但在时间、价格、场所上多有争端，如原约为春秋开市，然而后金后来又要求夏季也开市，两国为此一直僵持；价格方面两国也按各自有利价格而争论；场所上后金要求咸镜道会宁也开市，朝鲜坚持拖延不开。在给后金的“岁币”上，皇太极嫌弃朝鲜的礼物偷工减料，崇祯四年（1631年）朝鲜在春秋两次纳岁币时，皇太极都干脆拒绝接受，引发两国关系紧张。

丁卯胡乱后，朝鲜对后金的敌视有增无减，仁祖和大部分反正功臣虽然不想和后金失和，但非功臣士人则大力标榜“斥和”，形成了主和派和斥和派。崇祯九年（1636年）皇太极自称皇帝、建号大清，胁迫朝鲜“劝进”并将兄弟之国变成君臣之国，导致朝鲜内部的斥和情绪达到顶峰，仁祖也被这种情绪所感染，拒绝接见来要求朝鲜劝进的金使龙骨大（英俄尔岱）、马夫大（马福塔）等，并在三月初一下达以“绝和备御”为要旨的谕书。四月十一日皇太极登极大典上，朝鲜春信兼回答使罗德宪、李廓拒绝跪拜，六月十七日，仁祖更向清朝发出斥责其败盟的“檄文”，两国关系濒临破裂。就在斥和派呼声高涨、主和派大多缄默的情况下，崔鸣吉疾呼不可刺激清朝，仁祖在其影响下也冷静下来，逐渐偏向“守和”，并依崔鸣吉建议派遣译官于清朝，沟通缓和两国关系，并罢免了反对者弘文馆修撰吴达济。十月入清的译使朴仁范等所携国书被皇太极拒绝接受，仁祖仍不放弃沟通努力，又派朴兰英出使清朝。此时大掠明朝的清军已经凯旋，皇太极决定亲自出兵征讨朝鲜，故在朴兰英前往清朝的途中，丙子胡乱就爆发了。

自清军先遣部队渡过鸭绿江不到五日就兵临汉城，仁祖先将自己和大臣的家眷安置于江华岛，等他自己要去江华岛时，则因担心被清军俘获而转向南汉山城避难。崔鸣吉前往清营，与清将劳萨、马福塔等周旋，使仁祖得以顺利转进南汉山城。十二月二十九日，南汉山城守军作战，被清军打败，从此龟缩不出，于是南汉山城彻底成为被清军围困的孤城，各地援兵也陆续被清军打败，四面楚歌的仁祖只有选择投降一途，但主和派崔鸣吉和斥和派金尚宪还在围绕讲和条件而争论不休。崇祯十年（1637年）正月二十二日，随着江华岛陷落、仁祖与大臣家眷被一网打尽，仁祖不得不无条件投降，在接受了清朝提出的条件（即《南汉山城条约》）后，于正月三十日在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼，标志着朝鲜成为了清朝的属国，战后50万朝鲜人被清军掳走。崇德二年（1637年）十一月二十日，仁祖正式接受清朝册封为朝鲜国王。

此后仁祖尽量顺从清朝要求，如交出斥和派三学士（洪翼汉、尹集、吴达济）由清朝处死、送昭显世子和凤林大君为人质、树立大清皇帝功德碑、强制要求大臣使用崇德年号并将不使用者罢职、后更要求公家祝祭也使用清朝年号（但后来朝鲜的祭祀、墓葬等阴事普遍遵用“崇祯后纪元”）。跟朝鲜与明朝徒有其名的同盟关系恰恰相反，尽管朝鲜极不情愿地臣服清朝，却多次实实在在地为清朝卖命。丙子胡乱结束后，清朝就命朝鲜出兵配合清军剿灭皮岛的明军（皮岛海战），崇德三年（1638年）发生库尔喀部酋长加哈禅（朝鲜称庆河昌）等叛逃熊岛（今俄罗斯符拉迪沃斯托克俄罗斯岛），清朝命朝鲜由庆兴府出动舟师一千予以剿灭。此后清军围困明朝在辽西的松山、锦州等据点，要求朝鲜出动舟师运饷，仁祖消极抵制无效后被迫顺从，出兵5000人助清攻明。皇太极留其中1500人（其中1000人为炮手），由朝鲜平安兵使柳琳统率参与松锦大战，朝鲜还在极端困难的情况下筹措粮食和马匹以转运至锦州前线。清军入关后，由于北京所储粮食大部分被李自成军掠走，江南漕运又不通，导致清朝粮食短缺，为此清朝向朝鲜征粮20万石，后经讨价还价，折半为10万石，朝鲜迅速海运至北京，缓解了清朝的燃眉之急。

由于仁祖小心翼翼地处理对清关系，所以丙子胡乱后的两国关系尽管也有波折（如清朝数落朝鲜十二罪状、抓走崔鸣吉等通明大臣与金尚宪等斥和派、崔孝一攻清计划暴露、林庆业逃亡明朝、清朝反复要求“国王入朝”来敲打仁祖等），不过总体而言还是平稳过渡了明亡清兴的关头，因此清军入关后多尔衮就下令削减朝鲜的贡品、放回朝鲜的人质、减轻对朝鲜的控制。某种程度上可以说拜仁祖后期的对清事大政策所赐，朝鲜王朝的宗庙社稷与固有习俗得以保全，但同时也导致仁祖政权的合法性面临危机、在反清气氛浓厚的朝鲜国内声望大跌，这也是后来孝宗即位后大力标榜北伐论以凝聚人心的一个背景原因所在。

仁祖朝延续并深化了光海君时代的对日和解政策，但因丙子胡乱的爆发而产生波折。就在仁祖反正那一年，德川幕府第三代征夷大将军（朝鲜称“关白”）德川家光袭职，负责日朝外交的对马岛于同年冬派源智次出使釜山，祝贺仁祖即位，并将德川家光袭职之事通报朝鲜，希望派遣通信使以维护德川家光的地位。不久朝鲜爆发李适之乱，李适军中的“降倭”发挥了很大的威力，因此在仁祖逃亡途中，朝臣李廷龟和吴允谦主张借兵日本，仁祖病急乱投医，竟一度同意，特赦有罪之臣李景稷并派其去东莱倭馆借兵，后因有所顾虑及叛乱被迅速镇压而未付诸实施。但“降倭”的威力还是给仁祖政权很大的冲击，所以在乱后不仅赦免“降倭”，还将本来推迟派遣的通信使定为立刻派遣，以郑笠、姜弘重、辛启荣为三使臣赴日祝贺德川家光袭职，名目依然跟之前两次一样是“回答兼刷还使”，任务还有刷还壬辰倭乱时期的朝鲜俘虏。此举开启了朝鲜祝贺将军袭职的先河。另外仁祖还需要从日本购入鸟铳等武器。仁祖继位后采取的对日亲善政策虽然是为了稳定政权起见，但客观上促进了日朝关系进一步正常化，同时由于朝鲜国内仇日情绪甚重，仁祖的对日亲善政策也遭到一些士大夫的批评。

当时，后金对明和朝鲜的侵略已为日本所知。丁卯胡乱后，对马岛提出出兵援助朝鲜，被仁祖拒绝。此时日本德川幕府一直致力于恢复同明朝的关系，所以对马岛方面又提出了“平辽通贡”的主张，即日本帮助明朝击退后金以使明日邦交正常化，并于崇祯二年（1629年）派僧侣规伯玄方等出使朝鲜，请为其“平辽通贡”开路，仁祖允许其来汉城（这是壬辰倭乱后到高宗时唯一一次进入汉城的日本使节），但是不接受其要求。

崇祯五年（1632年）发生柳川一件，对马岛私交朝鲜之事被其家老柳川调兴告发，德川幕府中断了向朝鲜的岁遣船，此种非常事态引发了朝鲜对日本入侵的恐慌，仁祖甚至下令在南部三道筑城以防备日本入侵。崇祯八年（1635年）柳川一件解决后，仁祖于十一月初六、初七日召集大臣讨论日本侵略朝鲜的可能性，仁祖显得很乐观，判断日本“无可忧之端”。翌年正月停止南部三道的筑城工程。崇祯九年（1636年），仁祖还应日本邀请，以任絖、金世濂、黄戾为通信使，赴日祝贺日本国“泰平”，这是壬辰倭乱结束后首次以“通信使”为名的使团。

随着丙子胡乱爆发，朝日关系又发生微妙变化。对马岛得知丙子胡乱的消息后，再度提出派遣援兵的建议，朝鲜方面撒谎说清军大败，被迫乞和。日本人不相信，崇德二年（1637年）十二月对马岛使节平成连提出包含七款条目的书契，涉及朝鲜与明、清的关系以及交涉礼仪的对等化。仁祖拒绝向日本透露朝鲜臣服清朝的事实。此后朝鲜在与日本的交往过程中一直使用崇祯年号，直到明亡为止，目的就是不让日本人知道朝鲜在丙子胡乱中战败。顺治三年（1646年），朝鲜应清朝要求将漂流到清朝的日本商人国田兵右卫门等送回日本，仁祖才发觉事情难以隐瞒下去，遂在翌年指示官员许积将其臣服清朝的事实向对马岛和盘托出。另一方面，朝鲜也对清朝要求其引导日本与清朝交往的要求虚与委蛇，尽量不让日本卷入朝鲜半岛事务中。

以丙子胡乱为界，仁祖对日本的态度也由乐观转为警惕，并采取拒绝对马岛提出的七款条目的强硬政策，甚至企图依靠清朝来防备日本。反之，许多大臣主张联合日本对抗清朝，如赵䌹即认为日本是可以用来“复仇雪耻”（指向清朝复仇）的“邻援”。仁祖不顾大臣们的反对，执意贯彻自己亲清防日的政策，主动地向清朝汇报日本国情，先后十次呈上“倭情咨文”，渲染“日本威胁论”。崇德八年（1643年），仁祖虽应邀派遣通信使尹顺之、赵䌹、申濡东渡日本，祝贺德川家光得子，却趁机搜集日本情报并汇报给清朝。仁祖实行上述举措的目的就是构筑清朝和朝鲜共同防备日本入侵的合作机制。其时日本德川幕府在听说清军入关后，也存在假道甚至直接攻打朝鲜的构想，这类风闻通过对马岛传入朝鲜，无疑会进一步引起仁祖对日本的警惕，但日本最终对大陆局势采取旁观政策，故朝日关系亦未因这些波折而恶化。

仁祖年幼时，受学于舅舅具宬。具宬家贫，雇不了人煮羹汤，于是就让学生们轮流煮羹汤。有一次仁祖煮羹汤，差不多快煮好时，看见有客人进来了，手忙脚乱之中不小心把穿着袜子的脚伸进羹里，客人们都不想喝他做的羹汤，仁祖却说：“这是我辛辛苦苦做的，不应该扔了，况且我的脚是穿着袜子的，怎么会脏呢？”于是怡然喝下他所煮的羹汤，在座者无不惊叹。

此外，具家还保留着仁祖幼年时坠落过的池塘，称为“龙潜池”。据具宬后裔具允明对朝鲜英祖所说，是仁祖游戏时不慎跌落的。但另一具氏后裔具树勋则在私撰笔记《二旬录》中记载仁祖读书不好，具宬又脾气暴躁，怒目瞪着仁祖，仁祖害怕，不断后退，跌入池中。还有说法是具宬把仁祖踢进这个池塘里，所幸水下有东西托着，仁祖毫发无损。仁祖即位后，重游故地，追思坠池往事，命令加上栏杆。

仁祖小时候喜欢画画，在宣祖面前游戏之余常常作画给祖父看，使“心疾最重”的宣祖为之开怀。有一次，宣祖让诸王子王孙作画，仁祖画了一匹在柳树下的马。其后宣祖将没有署名的王子王孙的书画作品出示给重臣李恒福观看。李恒福挑了仁祖的画作并带回家，后来又出示给其下属金瑬，问他画得如何，金瑬觉得画笔很稚嫩，对该画评价不高，可李恒福却说：“我不这么认为，希望你拿回去，必须要找到画主再给他。”金瑬就把这幅画拿回家并挂在客厅，每逢来客就问，但过了很久都没人认领。

有一次雷雨天，还是绫阳君的仁祖临时到金瑬家中避雨，之前他与金瑬并没有交情。仁祖看到挂在客厅上的画，就说：“这画我看见过呀！”金瑬问他是谁画的，仁祖不明说，只请求取走画，金瑬不给。其后仁祖又来拜访并索取画作，金瑬还是不给，但念在他身为宗室王孙，出于情面还是回访了仁祖，就这样一来一往之中，仁祖和金瑬的情谊就逐渐确立并稳固了，以至于共谋政变，推翻光海君，金瑬居功第一，被封为升平府院君。有一次仁祖在酒宴中对金瑬说那画是他画的，金瑬大惊，然后找李恒福（当时已故）的儿子询问情况，才得知了李恒福让他追随仁祖成就大事的用意，并佩服李恒福能看出画中王者气象的慧眼。

光海君时期，还是绫阳君的仁祖处境不妙，百计求生。仁祖的弟弟绫昌君李佺出事后，光海君的妻舅柳希奋的宠妾趁机来索取贿赂，仁祖为此倾家荡产去巴结，仍于事无补。有一次柳希奋赴其姐夫赵国弼在江亭所设宴会，仁祖听说后，为了营救绫昌君，赶紧跑去离家十里的江亭求见柳希奋，柳希奋借口喝醉而不见，赵国弼劝柳希奋好歹见绫阳君一面，柳希奋不听，于是赵国弼出门见了仁祖，并给他送上酒菜。仁祖反正后，有人说柳希奋没有参加废母之议，为其求情，仁祖坚决要求处死他；赵国弼则被流放庆尚道迎日，仁祖曾一度下令赦免他，但因台谏反对而收回成命。

据说仁祖“文章甚高”，但跟其他朝鲜国王热衷赋诗作文不同，仁祖“未尝作一句诗”，也不愿留下笔迹，哪怕是给臣下的批旨也是让内侍誊写，然后把自己写的草稿撕毁后丢进水里。在汇集历代朝鲜国王诗文的《列圣御制》中，仁祖仅留下7篇文章，大多是书信，留下的御笔也很少。崇德七年（1642年），日本邀请仁祖为供奉德川家康的日光山东照神宫题字。仁祖让其叔父义昌君李珖捉刀代笔，写“日光净界彰孝道场”八字冒充“御笔”送给日本人。

丙子胡乱时，时任领议政金瑬之子金庆征参与守卫江华岛，结果江华岛被清军攻破，仁祖和大臣的家眷当时都在江华岛，因而蒙受被清军俘虏之耻。战事结束后，大臣们纷纷要求处死金庆征，仁祖看在金庆征是金瑬独子的份上，不忍处死，但终究拗不过反对之声，将金庆征赐死，金瑬也被迫引咎辞职。仁祖多次秘密召见表兄具仁垕并询问：“金公无不平意耶？”让他注意观察金瑬的动向，对金瑬的赏赐也比以前多出数倍。金瑬也闭门谢客，处事低调，故能善终。

朝鲜王朝时期，出于为尊者讳的因素，加上后世的朝鲜君主皆出自仁祖一系，所以当时对仁祖只能采取正面评价，其庙号为“祖”本身就是一种高度评价的盖棺论定。而在现代的朝鲜半岛，对仁祖则普遍倾向负面评价。采取阶级史观的北朝鲜自不待言，韩国也是普遍否定仁祖。仁祖的三田渡之降不仅依然被视为国耻，仁祖本人更被认为要对此负最大责任，光凭这一点就为以民族主义为政治正确的当代韩国所不容。对仁祖的否定评价还与对另外两个人的评价上升直接挂钩，那就是光海君和昭显世子。韩国的主流观点是：光海君采取灵活卓越的外交政策，可以使朝鲜免受后金（清）入侵，而仁祖则囿于仁祖反正的大义名分而陷入对明义理的局限中，故无法像光海君那样发挥灵活卓越的外交政策，导致朝鲜蒙受后金（清）入侵的劫难；此后昭显世子在清朝接触了西方先进文物并对其产生浓厚兴趣，使朝鲜出现了提前近代化的可能性，仁祖则被考证出是害死昭显世子的幕后真凶，进而扼杀朝鲜近代化的萌芽的账也被算在仁祖头上。仁祖在两次胡乱时逃跑、降服及害死昭显世子夫妇使他在当代韩国被视为执着权力、刻薄无情、罔顾百姓的昏君。如此一来，仁祖成为朝鲜王朝27代君主乃至朝鲜半岛历史的君主中形象最差的一位。只有极少数学者（如吴恒宁）对仁祖以肯定评价为主，认为他只是遭遇了一些不幸的历史条件而失败了。