另《后汉书》记载，光和元年正月，合浦、交趾乌浒反叛，招引九真、日南民，共数万人，攻没郡县。至光和四年，朱儁讨破乌浒，不知是否为一事。

后来，朝廷征朱儁入朝任谏议大夫。

光和七年（184年），黄巾起义爆发，朝中公卿都推荐朱儁，说他有才略。于是，朝廷任命他为右中郎将，持节，与皇甫嵩共同出征。

朱儁先与黄巾军波才部作战，失败。皇甫嵩退守长社（今河南省长葛县东北）。波才率大兵包围城。当时，城中兵少，众寡悬殊，军中震恐。皇甫嵩安慰部下，并打算使用火计。天遂人愿，当晚大风骤起。皇甫嵩命令将士扎好火把登上城墙，先派精锐潜出围外，纵火大呼，然后城上点燃火把，与之呼应。皇甫嵩借此声势，鸣鼓冲出。黄巾义军缺乏战斗经验，惊慌散乱，被迫后撤。这时，曹操也奉命赶来，于是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘胜追击，大破黄巾军，斩杀数万人。

接着，皇甫嵩又和朱儁一起乘胜镇压汝南、陈国地区的黄巾军，追破波才于阳翟、击败彭脱于西华，连连取胜，平定了三郡之地。皇甫嵩上表朝廷，推功于朱儁，朱儁被封为西乡侯，迁镇贼中郎将。

当时南阳郡黄巾首领张曼成起兵，自称“神上使”，拥众数万，杀郡守褚贡，屯驻宛城（今河南南阳）百余日。继任太守秦颉击斩张曼成。黄巾余兵又举赵弘为帅，人众越来越多，达到十几万人。朱儁、荆州刺史徐璆和秦颉合兵一万八千人，进击赵弘，从六月直到八月，始终不能取胜。有人建议要召朱儁回京。司空张温上疏（一说张温商议）：“当年秦用白起，燕任乐毅，都是旷年持久，才能够克敌。朱儁讨颍川，已经有功效，率部南征，计划已定，临阵换将，这是兵家所忌的，应该给他时间，让他成功。”灵帝依议，下诏严厉责备朱儁。朱儁担心被诛，于是挥兵急攻宛城，杀死赵弘。（《后汉纪》记载战后朱儁被封为上虞侯。）

黄巾军又以韩忠为帅，仍然占据宛城。朱儁兵少不敌。于是解散城围，扎下营垒，筑造土山，面对城内。鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。黄巾军全都赶赴应敌。朱儁却身披战甲，自率精兵五千，进攻东北，将士鼓勇，登城而入，韩忠退守小城，惊惧非常，请求投降。

朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之。朱儁不同意，他说：“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海内一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降，那就滋长他们造反的意念，给他们有利就进战，不利就乞降的想法，这是纵敌长寇的策略，不是良计。”说完，下令急攻，但一连数日，都未能攻克。

朱儁登上土山，瞭望黄巾营垒，然后对张超说道：“我知道了！贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出来不得，所以他们殊死战斗。万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！强攻的害处太大了。不如把包围撤除，集合部队进城。韩忠看见包围已经解除了，一定会自己出来，等他们出来，兵心就散了，这是易于攻破的方法啊。”于是下令解围。韩忠见围解，果然引军出战，朱儁乘势进击，大破其军，并趁胜向北追击十余里，斩杀一万余人。韩忠等人只好投降。秦颉非常愤怒，杀死了韩忠，黄巾余众不能自安，又以孙夏为帅，还驻宛城。朱儁进攻，于十一月癸巳日攻破宛城，孙夏败走，朱儁纵兵追到西鄂精山，又击破黄巾军，斩首万余级，孙夏也被朱儁军斩杀。黄巾因此破散流离。

中平二年（185年）春天，朝廷遣使者持节拜朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加食邑五千户，更封钱塘侯，加位特进。后来因为母亲丧离职。服毕起家，任将作大匠，转任少府、太仆。

黄巾起义之后，黑山、黄龙、白波、左校、郭大贤、于氐根、青牛角、张白骑、刘石、左髭丈八、平汉、大计、司隶、掾哉、雷公、浮云、飞燕、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目、白绕、眭固、苦唒之徒，并起于山谷间，不可胜数。其中大声的自称雷公，骑白马的自称张白骑，行动轻便的人就说是飞燕，胡须多的就号称于氐根，大眼的就说大目，如此多的称号，都各有原因。人多的聚众二三万，小的也有六七千人。其中，以常山人张燕势力最大，他轻勇矫捷，军中都号称是“飞燕”，他善得士卒的爱戴。据众百万，占据黑山，朝廷无法讨平。后来，他遣使至京师，投降了朝廷，被拜为平难中郎将，领河北诸山谷事。

后来，张燕渐渐率兵侵犯河内郡，进逼京师。朝廷任命朱儁为河内太守，率领家兵击退张燕。后来他们大多都被袁绍所讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。

中平六年（189年），董卓把持政权。因朱儁是功高望重的将领，董卓对他格外小心。外表与他亲近交结，内心则对他颇为忌惮。

初平元年（190年），关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主，兵锋甚为强盛。董卓感到恐惧，想请公卿们商议迁都长安，朱儁屡次阻止。董卓虽然厌恶朱儁和自己作对，但贪图他的高名，于是上表奏请朱儁为太仆，做自己的副手。

使者到朱儁府上后想要宣示诏命，朱儁坚决推辞，不肯接受，并乘机说：“国家西迁，必定让天下人失望，增长山东的祸乱，臣看不出此可行之处。”有司听了很感奇怪，诘问他：“召您受任，您坚决拒绝；没问您迁都的事，您却说了半天，这是为什么呢？”朱儁说：“副相国位重，臣不能胜任。迁都之计，也不是紧急要办的事情。辞却不能胜任的职务，提出不关紧要的事情，是我们做臣子的本分。”有司又问：“迁都的事，我从没听到过。就算朝廷有此打算，也还没有透露出来，您怎么知道的呢？”朱儁又煞有其事地说：“这是相国董卓告诉我的，我才知道的。”有司不能屈，此事于是作罢。之后，朝廷大臣及尚书郎华歆等人皆称赞佩服朱儁，董卓也更加痛恨朱儁。

朱儁曾为董卓谋划军事。董卓斥责朱儁：“我百战百胜，一心主事。你不要胡说，连我的刀也会弄脏的。”盖勋对董卓说：“从前武丁那样的明主，还求别人谏诤，何况像你这样的人，还想堵塞别人的口吗？”董卓说：“我只是说笑的。”盖勋说：“没听过怒骂可以说是说笑。”董卓于是向朱儁表示歉意。

初平二年（191年），董卓进入关中后，留朱儁守洛阳，朱儁便和山东诸将通谋，想作内应。后来，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。董卓任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳。朱儁闻讯，率兵还洛阳，杨懿退走。朱儁见河南残破，无法作为屏障依靠，于是引军向东面，屯驻在中牟县。并传信给各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千。其他州郡也派了一些兵来，陶谦便上表奏任朱儁代理车骑将军。董卓闻知后派兵出击，他的女婿牛辅派校尉李傕、郭汜、张济等人率领步骑数万屯驻河南抵挡朱儁。朱儁出击，在中牟被李傕等人击败。朱儁自知众寡不敌，于是停留关下，不再前进。

初平三年（192年），李傕、郭汜掌权。朱儁当时还在中牟，陶谦认为朱儁是名臣宿将，屡立战功，可以委以大任，于是和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。陶谦向朱儁行文（详见《奏记朱俊》）：“徐州刺史陶谦、前扬州刺史周干、琅琊相阴德、东海相刘馗、彭城相汲廉、北海相孔融、沛相袁忠、泰山太守应劭、汝南太守徐璆、前九江太守服虔、博士郑玄等，臣等斗胆向代行车骑将军原河南尹幕府进言：国家遭逢董卓祸乱，又遭遇李傕、郭汜之乱。幼主遭遇劫持，朝廷忠良，凋敝离散。西京长安，音信杳无，不知朝廷吉凶。因此，在职官员，乡间缙绅，有识之士，莫不深感忧虑。均以为当今之世，非通晓义理，英雄豪杰，敢作敢为之士，不能阻止祸患蔓延！自从崤山以东起兵，已经有三年时间，州郡相互观望，无人愿竭尽全力为国家讨贼，而是相互间为私利而争斗。陶谦等人经过协商，决心为国家纾难。大家认为：‘将军身为国家重臣，文武兼备，应该站出来，为国讨贼。凡世上君子，莫不仰望将军，请及早作出决定。’我等相互激励，挑选精兵强将，挥师进军，挺进咸阳，军中多带军粮、物资，足以支撑半年。敢在此披露心腹，听命将军调遣。”

正好李傕听从太尉周忠、尚书贾诩的计策，派人用天子诏书征召朱儁入朝。军吏将士都不愿入关，想与陶谦等联合。朱儁却认为：“以君召臣，臣子应当不等车马准备好就要去，何况是天子的诏命呢？况且李傕、郭汜是小人，樊稠是平庸无用的人，没有别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必定发生。我乘他们的不备，突然行动，那大事就可以成功了。”当下辞谢陶谦等人，奉诏入京任太仆。陶谦也只好作罢。

初平四年（193年）六月，朱儁接替周忠为太尉，录尚书事。

兴平元年（194年）二月，有司奏请立长秋宫。汉献帝下诏：“皇妣（献帝生母王荣）宅兆未卜，三年之戚，礼不言吉。朕虽然不能终身思慕，但何忍言后宫之选？”朱儁与司徒淳于嘉、司空张喜上奏：“春秋之义，母以子贵。应该改葬皇妣，追上尊号，按照以前穆宗、敬宗的事。”

七月，朱儁因日食而免职。又奉命代理骠骑将军职务，持节镇抚关东，但未出行。

兴平二年（195年）二月，李傕杀死樊稠，郭汜自疑，又与李傕相互攻杀，长安大乱。朱儁留京没有出行，任大司农。李傕劫持汉献帝到自己的营中，献帝命朱儁和太尉杨彪、司空张喜、卫尉士孙瑞、太仆韩融等十多人去说服郭汜，让他与李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、杨彪等为人质。

四月，郭汜与公卿商议攻打李傕，杨彪发言惹怒了郭汜，差点被杀。朱儁素来性格刚猛，愤怒发病而死。（另一说朱儁被劫持即日发病去世。）

在北宋年间成书的《十七史百将传》中，朱儁位列其中。

朱儁任交州刺史时，选兵五千，两路直奔交趾，讨伐梁龙之乱。他一面整军不动，遣使探查虚实，一面召集援军，最终与七郡兵士一齐发动总攻，斩杀梁龙，招降数万，旬月之间，大乱全部平息。

朱儁镇压黄巾之乱时，屡建战功：他先与黄巾波才部作战失利。后左中郎将皇甫嵩在长社（今河南省长葛县东北）以火计大破波才，朱儁、曹操与皇甫嵩合兵追击，杀死数万人。随后，朱儁与皇甫嵩协力进攻汝南、陈国黄巾，平定三郡之地。六月，奔赴南阳郡，以一万八千的兵力围困黄巾首领赵弘所部十余万人，至八月杀死赵弘。宛城黄巾仍推韩忠为帅，朱儁在宛城西南方扎营筑垒，使黄巾主力被诱往该处防守，自己则率五千精兵猛攻东北方，且拒绝了韩忠投降的提议。但在急攻不下之后，朱儁转而以“围师必阙”之计，诱使韩忠出击，大破黄巾，斩杀上万，韩忠投效。后黄巾余部仍拥孙夏为帅，据守宛城。朱儁再度攻击，“贼遂解散”。

《全后汉文》有朱隽的作品一篇：《奏上灵怀皇后尊号》。

陶谦等：“将军君侯，既文且武，应运而出，凡百君子，靡不颙颙。’故相率厉，简选精悍，堪能深入，直旨咸阳，多持资粮，足支半岁，谨同心腹，委之元帅。”

虞翻：“近故太尉上虞朱公，天姿聪亮，钦明神武，策无失谟，征无遗虑，是以天下义兵，思以为首。”

范晔《后汉书》：①“皇甫嵩、朱儁并以上将之略，受脤仓卒之时。及其功成师克，威声满天下。值弱主蒙尘，犷贼放命，斯诚叶公投袂之几，翟义鞠旅之日，故梁衍献规，山东连盟，而舍格天之大业，蹈匹夫之小谅，卒狼狈虎口。为智士笑。岂天之长斯乱也？何智勇之不终乎！前史晋平原华峤，称其父光禄大夫表，每言其祖魏太尉歆称‘时人说皇甫嵩之不伐，汝豫之战，归功朱儁，张角之捷，本之于卢植，收名敛策，而己不有焉。盖功名者，世之所甚重也。诚能不争天下之所甚重，则怨祸不深矣’。如皇甫公之赴履危乱，而能终以归全者，其致不亦贵乎！故颜子愿不伐善为先，斯亦行身之要与！”②“黄妖冲发，嵩乃奋钺。孰是振旅，不居不伐。俊捷陈、颍，亦弭于越。”

张预：“孙子曰：‘将能而君不御者，胜。’隽得假日月而破赵洪。又曰：‘善攻者，敌不知其所守。’隽攻西南而掩东北。又曰：‘围师必阙。’隽解围而降韩忠是也。”

郝经：“嵩儁有大将之略，昧匡时之几，遂为桀逆所制，不能以功名终。”

李贽：“呜呼，皇甫义真之不死于辈卓之手者，幸也；若朱隽者，不赴陶谦等倡议之招，而赴傕、汜，卒为汜所留，而死于郭汜之手。噫，何以异哉！”

黄道周：“郡贼梁龙，反于交趾。命隽往征，拜为刺史。调兵五千，不轻直抵。威德先扬，使其惊靡。七郡齐攻，自斩而死。再讨黄巾，赵洪正起。三月攻围，犹然对垒。有司召还，张温疏止。隽急进兵，洪方斩矣。韩忠据宛，复为虎兕。战败欲降，众以为喜。隽独不从，细陈底里。利则横行，钝则权已。长寇纵奸，最不可倚。解围斩之，功方足记。”

王夫之：①“朱儁曰：‘秦项之际，民无定主，赏附以劝来者。’此后世之权术，不可与三代并论。……以黄巾之徧天下也，不数年而定，汉虽亡，不亡于黄巾之手，则朱儁之所持者定矣。”②“若燮者，托以六尺之孤，正色从容而镇危乱，植也、儁也、允也，智勇形而中藏浅，固不足以测燮之涯量矣。”③“但言才，则与志浮沈，与情张弛，一匹夫而已矣。……乃至朱儁、皇甫嵩之荡除黄巾而束缚于董卓。乱国之朝廷所倚赖，乱世之人心所属望，皆其不可与有为者也。”④“绍、术、瓒、表虽怀异志，而朱儁、曹操、刘虞、孙策，夫岂不可激厉入援以解天子之困厄。”

蔡东藩：“黄巾之平，皇甫嵩为首功，朱儁其次焉者也。朱儁与皇甫嵩齐名，而谋略不及皇甫嵩，颍川之役，微皇甫嵩，儁且一蹶不振矣；若汝南陈国之平贼，亦赖嵩为主帅，而儁得分功，至移讨宛城，两月不下，必待朝廷之督促，方苦心焦思，用谋破贼，然亦幸遇赵弘韩忠之犷悍无谋，乃得为儁所算耳。”

儿子：朱皓，有才行，官至豫章太守，为笮融所杀。

《弘明集》称，汉末交州行政长官的弟弟担任豫章太守，被笮融杀害，交州长官打算派骑都尉刘彦率兵报仇。按照薛综的上表，会稽人朱符曾担任交州刺史，任用乡人虞褒、刘彦。如果《弘明集》无误，则朱符就是朱儁的儿子、朱皓的哥哥。

《续后汉书》

《后汉书·卷七十一·皇甫嵩朱俊列传第六十一》

《后汉孝献皇帝纪第二十八》

《十七史百将传·卷五》

在小说《三国演义》中，朱儁形象与正史相似。黄巾造反时，为中郎将，引军讨伐。屡立功绩，诏封为车骑将军，河南尹。李傕、郭汜相争时，朱儁与杨彪等人前往郭汜营中劝和，反被郭汜劫持，因中郎将杨密力劝而被放出。杨彪与朱儁相抱而哭，昏绝于地。朱儁归家后发病去世。