舟山是通航日本的海上贸易要道，明亡后，原江北总兵黄斌卿拥兵驻守岛上。朱之瑜到后多方出谋，为其规划抗清战事。

弘光元年（1645年）五月，清兵攻陷南京，弘光帝出走，方国安、阮大铖投降清军。弘光帝败亡后，明室产生了两个领导力量，即隆武帝（唐王朱聿键）政权和鲁王监国（朱以海）政权。不久，清兵攻取福建，杀害隆武帝。此时，鲁王率领部下进占南澳岛，然后攻取了舟山群岛。朱之瑜痛心于几支抗清力量自相残杀，竭力说服黄斌卿以抗清大局为重，同时奔走于几支队伍之间，广为联络。先后结交了王翊、黄宗羲、冯京第、张名振等著名的抗清领袖。他感到王翊能够广纳贤士，是一位胆识过人的英雄，便背着黄斌卿，与舟山诸将密定恢复之策，欲向日本借兵抗清。适逢鲁王派冯京第经舟山乞师日本，在朱之瑜的极力敦促下，黄斌卿遣其弟黄孝卿为副使偕朱之瑜同往。据说日本方面答应借钱发兵，冯京第遂携钱先归，黄孝卿与朱之瑜留待援兵（一说由于日本连续颁布锁国令，不许外人停留，只得返回舟山）。后黄孝卿酗酒狎妓，颇为日人所轻，援兵也未发。朱之瑜愤而独返，舟行海上，遇清军水师。清军白刃合围，逼他髡发投降，但他谈笑自若、誓死不降。同舟的刘文高等人被他的义烈所感动，在朱之瑜得到解救后偷偷驾舟将他送回舟山。

此间，张名振已奉鲁王之命克舟山，杀死黄斌卿。浙闽地区由于王翊和钱肃乐两支义军的几次军事胜利，收复了大片土地，加之鲁王坐镇舟山，形成领导中心，人心趋于稳定。鲁王对朱之瑜屡加官爵，“或京或外，倏高倏卑，殊无伦次。”如永历四年（1650年）正月，安洋将军刘世勋疏荐朱之瑜任监纪推官，不受；吏部左侍郎朱永佑荐授兵科给事中，旋改吏科给事中，不受；礼部尚书吴钟峦荐授翰林院官，不受。三月，巡按直浙监察御史王翊荐举朱之瑜为孝廉，他立刻疏辞。他认为天下沦丧，惟复国雪耻才是第一要务，便一概回绝封赏。王翊来舟山朝觐时，与朱之瑜多次商讨形势，深感鲁王及一班臣僚多目光短浅。遇小胜则志骄意满，不思进取，稍受挫又困缩舟山，“落日狂涛，君臣相对”，束手无策，二人知事不可为。果然不出两年，由于张名振排斥隆武旧臣，擅杀黄斌卿部将，闹得部众怀怨，人心涣散，在舟山的抗清志士纷纷出走。永历五年（1651年）六月，朱之瑜预料舟山失败在即，决定再度出走，张煌言等苦留不住，只得放行。仅月余，舟山和四明山皆被攻陷，王翊被擒遇害，吴钟峦、朱永祐等战死，鲁王宫眷阖门自焚，定海百姓残罹杀戮。张名振奉鲁王贸然出师吴淞，回援不及，只得匆忙出逃。

朱之瑜先避地安南，又转抵日本，以一封揭帖上长崎镇官，有避地久居之意，但因江户幕府的锁国政策，外国人不许逗留，遭到拒绝。

王翊殉节时，正值旧历中秋十五，朱之瑜在海外闻知后痛言道：“中秋为知友王侍郎完节日，惨逾柴市，烈倍文山（文天祥）。仆至其时，备怀伤感，终身遂废此令节。”又说：“十五日为知友王侍郎殉忠之日，此日不喜接见一客，亦不至于谈笑。”他还立即扶病给张名振写信，总结舟山兴废教训，恳切批评。张名振复信表示吸取教训，准备与郑成功合师再战。但他不久去世，权移张煌言。郑成功闻知朱之瑜的下落后，几次约他回国参加北伐；由于国事日益危急，在永历八年（1654年）降诏徵召五十五岁的朱之瑜。但因其东西飘泊，住处不定，玺书辗转两年后才到他手中。鲁王在书中责备他“托谕占城，去而不返，背君苟免，史氏讥之”，希望他尽快回国效力。朱之瑜手捧诏书，唏嘘慷慨，想立即转赴思明（今厦门）返回舟山，但苦无交通工具，困于安南。他只得先回复鲁王一封信，陈述他历年海外经营、筹资觅饷的苦心。他在丁酉《谢恩奏疏》中表明自己为恢复大明河山，时时辛劳，日日经营。在他苦心策划下，终获一救国良策。这一策略今已无法考证，但可见其对明王朝一如故往的赤胆忠诚。

永历六年（1652年）至永历十年（1656年），朱之瑜数次往返安南、日本之间，其中一度病危，还患上了咳血病。永历十年（1656年）秋，他自谓“数年经营，谓可得当以报朝廷”，便租船启程，孰料刚出海口，因船工作梗，竞未戍行。永历十一年（1657年）正月，他终于等来了日本船，准备乘舟渡海归国。但不料在二月遭安南供役之难，被羁五十余日。当时安南国王黎维祺（黎神宗）需要识字的人担任书记之职，有人推荐舜水，府吏便把他捉到官府去，面试作诗写字。他不肯，只写道：

朱之瑜，浙江馀姚人，南直松江籍。因中国折柱缺维，天倾日丧，不甘剃发从虏，逃避贵邦，至今一十二年，弃捐坟墓妻子。虏氛未灭，国族难归。溃耄忧焚，作诗无取。所供是实。

府吏把他拘囚起来，严密监视他。后来黎维祺召见朱之瑜，迫他行臣子跪拜礼，朱之瑜直立不肯跪。差官举杖画一“拜”字于沙上，朱之瑜乃借其杖加一个“不”字于“拜”字之上。同行的人也都劝他下拜。朱之瑜大声说，前天从会安来的时候，已经和亲友作过死别了，今日我为遵守礼节而死，毫无遗憾。于是，黎维祺终日派人在他寓所附近杀人，先枭其首，再收骨肉剁碎，抛散满场，招致乌鸢犬豕竞来就食，以恐吓他，但朱之瑜始终不拜。朱之瑜的行为终于感动了黎维祺，不但不杀他，反而请求他在安南作官，以“太公佐周而周王，陈平在汉而汉兴”相诱。但朱之瑜坚决不答应。黎维祺派人写一“确”字，探问其意。朱之瑜作《坚确赋》回报，以表自己坚贞的志操。期间曾代黎维祺撰写答某将军的书信，又代写讨伐高平莫氏的檄文。四月二十八日辞别黎维祺，返回会安，但行动仍不自由，加之所居官舍被盗，资产荡尽，使他数度萌生“必死”之心，撰写了数篇遗文。是年朱之瑜已五十八岁，为铭记这段老年之难，他逐日记有日记，并取“庶人召之役则往役”之义，名所记为《安南供役纪事》。

永历十二年（1658年）夏，朱之瑜又至日本，但仍不被允许登岸。十月，日本人安东守约经已在日定居的陈明德介绍，以书来问学，执弟子礼。朱之瑜为安东守约“执礼过谦”的恭敬“见解超卓”的学问所动，在之后两次复信安东守约。信中，朱之瑜悲喜交集，悲则国破家亡，故国“学术之不明、师道之废坏亦已久矣”；喜则“岂孔颜之独在中华，而尧舜之不绝于异域”，表达了他有意将圣贤践履之学传于这位异国弟子的心情。正如梁启超所说，此“为先生讲学之发轫”。

就在此时，郑成功来信招揽朱之瑜返国抗清，他即刻动身，得到僧人澄一和安东守约资助盘缠，于十月十九日从长崎随舟回到厦门。

永历十三年（1659年）五月，郑成功、张煌言会师北伐，收复瓜州，攻克镇江。朱之瑜到厦门时未能谒见郑成功，而是居舟樯中数月，静观默察，发现郑军虽气盛志锐，可许多人“佻达自喜”，显露出失败的征兆，觉得前途并不十分乐观。六月，他跟随建威伯马信营出征。北伐军一度进军顺利，收复四府二州二十四县，直抵南京城郊，兵威震动东南。然而由于郑成功盲目屯兵南京坚城之下，贻误战机，且律兵不严。至七月，北伐军在南京城外被击败，损失惨重。郑成功转而退往福建沿海，后行师海上，不得已而趋兵台湾，张煌言则数年后被捕遇害。

在此期间，朱之瑜皆“身在行间，亲知而灼见”，对之多有评论和记载，成为重要史料。他尖锐地指出：“前日南都（即围困南京）之败，乃闽师之自溃，非虏能胜之。”可是，他从未将意见面告郑成功、张煌言。因此，马信在北伐失败、朱之瑜又欲附船出走时，曾“一见奋辞，责成大义”，予以尖锐的批评。

（图册主要参考资料）

朱之瑜虽愧对郑成功等人，但更不愿剃发降清，辱没祖宗，“乃次蹈海全节之志”，学鲁仲连不帝秦，于永历十三年（1659年）冬沮丧地登上开往长崎的商船，离开了中国，最后一次东渡日本。

不久后，年已花甲的朱之瑜在长崎登岸。孑然一身的他谋生无计，时而“混迹商贩”。时而教书，度日艰难，且有可能在第二年夏间循例被遣。这时，安东守约等人为朱之瑜能在日定居奔走而奔走数月，长崎镇巡黑川正直也替他说情。最后得江户幕府政府批准，破四十年来日本幕府之国禁，让他在长崎租屋定居下来。于是在永历十四年（1660年）的冬天，朱之瑜终于结束了十多年的海上漂泊生活，“自此遂流寓日本以终”。

朱之瑜在长崎住了五年多，生活上一直依靠安东守约的资助。日本宽文三年（1663）春，长崎被大火灼为焦土，安东守约于朱之瑜濒于绝境时赶至长崎，为其“拮据绸缪”，自己却几至饿死。此后，他们之间虽谋面无多，然书信不断，高山流水之情一直为后人传誉。

朱之瑜定居日本时曾反复强调自己并非想倡明儒学于异域，仅是为了蹈海全节。永历十九年（1665年），他在长崎正准备购地躬耕之际，水户藩第二代藩主、初代幕府将军德川家康之孙德川光圀欲兴庠序之教（庠序，旧称，古代指地方学校），派儒臣小宅生顺到长崎礼聘朱之瑜为国师，要他到江户（今东京）去讲学。朱之瑜最初竭力谦让，但当他听安东守约等人介绍“上公（德川光圀）好贤嗜学，宜勿辜其意”之后，答应了德川光圀的要求，表示“至若招仆（‘仆’为朱之瑜自谦之称），仆不论禄而论礼”。翌年（1666年）七月，朱之瑜抵江户。德川光圀亲执弟子礼，竭诚尽敬。德川光圀认为朱之瑜年高德重，不敢直接称名称字，要他取一名号以称呼。朱之瑜就以故乡“舜水”为号，意为“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故国故土之情。“舜水先生”之称始于此时。朱之瑜得到德川光圀的礼聘，被认为是他“全生涯之一转捩（转折）”。

德川光圀欲为朱之瑜建新居，他以“耻逆虏之未灭，痛祭祀之有阙”，如果“丰屋而安居，非我志”，四次力辞。在德川光圀影响下，日本学者、达官显贵也纷纷诣门求教，或执弟子礼，或听其讲学。从此，朱之瑜往来于江户、水户两地，公开讲学。他曾去信远在柳川的安东守约介绍讲学的盛况。

永历二十四年（1670年），日本初造学宫，朱之瑜绘画图纸，度量尺寸，亲临施工现场指导，事后撰《学宫图说》。又造古祭器簋、笾、豆、登等，率学生习释奠礼，改定仪注，详明礼节。现代日本祭祀礼制种种规定，都留有朱之瑜当年指导的痕迹，水户学宫的模型也成了日本儒学痒序的嚆矢。

永历二十六年（1672年），德川光圀设置彰考馆，由朱之瑜门生安积觉任主编，聘请朱之瑜指导，编纂鼓吹“尊王一统”之说的《大日本史》，其影响直至二百年后的“明治维新”。以后德川光圀之所以能开创独树一帜、颇有成就的“水户学”一派，也是和朱之瑜多年的教育、熏陶分不开的。

朱之瑜称赞日本是个“山川降神，才贤秀山”的国家，他非常热爱日本人民，始终与之平等相待。他在日本的这一段讲学生涯，正如他自己在《答小宅生顺问》一文中所说：“仆之视贵国同为一体，未尝有少异于中国也。”

永历三十五年（1681年），朱之瑜因水土不服而致病，全身遍生疥疮，卧床不起，“涔涔在床”。

永历三十六年（1682年）三月，病重的朱之瑜最后一次设宴招待亲友及门人，撑着病体起坐，对众人谆谆教诲，“盖永诀也”。四月十七日（即1682年5月23日）未时，朱之瑜在一片平静中于日本大阪驹込屋敷的客厅中逝世，享年八十三岁。

朱之瑜逝世后，于四月二十六日被安葬在历代水户藩主的墓地瑞龙山（茨城县常陆太田市）。为了纪念他不忘故国，坟墓特建为明朝式样，碑文题“明徵君子朱子墓”。德川光圀率世子德川纲条及诸朝士临其葬。

永历三十七年（1683年）七月十三日，德川光圀与群臣商议，取朱之瑜道德博闻、执事坚固之意，私谥为“文恭先生”，并以少牢礼祭祀。

朱舜水死前遗言：“予不得再履汉土，一睹恢复事业。予死矣，奔赴海外数十年，未求得一师与满虏战，亦无颜报明社稷。自今以往，区区对皇汉之心，绝于瞑目。见予葬地者，呼曰‘故明人朱之瑜墓’，则幸甚。”朱之瑜一直企望中原能有恢复的那一天，为此，他滞日期间生活十分节俭，死时居然储蓄了三千馀金。这是他希冀恢复国家的经费。但就在他逝世后的第二年（1683年），清军击败明郑军队，延平王郑克塽降清，“明正朔绝”。

朱之瑜死后，德川光圀派人整理了他的遗稿。日本正德五年（1715年），德川纲条刊行了《舜水先生文集》全28卷。东京大学农学院内立有“朱舜水先生终焉之地”的石碑。

朱之瑜与黄宗羲同乡，深受浙东史学风气的影响，推重史学。到日本后，他以中国的治学之方、简牍之式、科试之制、用字之法为教材，通过讲学，大力传播中华民族的优秀文化。在六十二岁时撰写的《中原阳久述略》中，他分别探讨了明朝败亡的缘由、清兴衰的态势、清的祸害和灭清复明的策略，针对当时日本某些上层人士崇尚儒法，空谈佛理的僧侣主义倾向，提倡“实理实用实学”“知用合一”，宣传“学问之道，贵在实行”，反对“专在理学研究”。他说：“宋儒辨毫厘，不曾做得一事。”强调知识学问应从日常生活实践中求得。他重视史学研究，认为“经简而史明，经深而史实，经远而史近”“得之史而求之经，亦下学而上达也”。他的学术博采众家所长，常谓“千金之裘，非集于一狐之腋”。道德思想方面，主张忠君爱国，推崇苏武、文天祥的伟大人格。正是这种不尚虚华的学风、扎实严谨的学问和刚直崇高的人格，使朱之瑜的学术于日本发扬光大。听过他讲学的日本学者纷纷表示：“前者皆昏梦，今日始知耳。”

朱之瑜还协助编纂日本历史书，他的历史观点和治史方法，对日本编史及形成“水户学派”的思想体系，有一定影响。在朱之瑜熏陶教诲下，安东守约成为日本儒学发展的重要人物；德川光圀创立了前期的水户学派，以彰考馆为中心，召集三宅观澜、安积觉等一大批藩士，编纂《大日本史》。到了幕末，水户学派的说教十分流行，对后来的明治维新也产生了一定影响。木宫泰彦在《日中文化交流史》中评论朱之瑜说：“大兴水户学派，开创修史之风……凡当代学者无不间接直接受到他的感化，给日本儒学界以极大的影响。”日本一些学者称朱舜水为“泰山北斗”，并以师事朱之瑜为荣，比拟为“七十子之事孔子”。

朱之瑜在日本的二十余年间，不仅与思想、教育、学术界有密切的交往，而且与农业、匠作、建筑、园艺、医界等人士也有广泛的接触，其影响和成就是多方面的。他批评“中国胜于外国”的妄自尊大观念，是“眼界逼窄的三家村语”，热望日中两国人民千年和好；成为继鉴真之后，日中友好交往史上的突出人物。

朱之瑜的学术思想对日本社会带来的影响是巨大的。后来的日本学者评价说：“天佑以还，儒学以经世治民为要道，不务空理虚论，皆舜水所赐也……不惟后来明治维新受此良好之影响，即于朱氏学说本身发扬而光大之，其功亦伟矣！”梁启超在评论朱舜水时也说：“中国儒学化为日本道德基础，也可以说由舜水造其端”，“舜水人格极为高尚严峻，所以日本知识阶层受其感化最深。日人所以有二百年太平之治，实由舜水教化结果”。

德川光圀在为朱之瑜取私谥后的祭文中说：“呜呼先生道德坤厚，才望高崧，生于明季之衰，遭于阳九之厄，危行砥节，屯蹇隐居，鹤书连征，确乎不拔。身陷贼窟，守正不移，流离转蓬，经几年所，衣冠慕古，未曾变夷，欧血尝胆，至诚无息，韬光肥遁，谢恩远辞，鼓翼南溟，奋鳞东海，风饕雪虐，义气益坚。……呜呼先生！博学强记，靡事不知，起废开蒙，孜孜善诱，教我未半，天不假年。”第二年，他又亲撰祭文道：“呜呼先生！明之遗民。避难乘槎，来止秋津。寤寐忧国，老泪沾巾。衡门常杜，箪瓢乐贫。韬光晦迹，德必有邻。天下所仰，众星拱辰。既见既遘，真希世人。温然其声，俨然其身。威容堂堂，文质彬彬。学贯古今，思出风尘。道德循备，家宝国珍。函丈师事，恭礼夤宾。呜呼哀哉！齿超八旬。遽尔捐馆，今及三春。情所不忍，结不能伸。相攸构庙，轮奂维新。篮簋笾豆，云设云陈。牲醴粢盛，克祀克襁。敢告微诚，焚香参神。神若有知，来绥来臻。尚飨。”

在朱之瑜逝世一周年时，安东守约在祭文中表达了自己对老师的追思哀痛之情：

呜呼先生，秉仁仗义，特征不就，高尚其事。及胡入寇，屏迹四边，矫矫云鸿，不染腥膻，其在安南，国王将杀，守礼不屈，凛凛树节，吁我小生。无德无才，以先生来，为程为朱，负笈趋拜，齿弟子列，诱掖谆恳，教爱亲切，稍解矱榘，许以知己。经史奥义，命面提耳，雨雪之晨，风月之夕，醉酒饱德，情意共适。呜呼先生，质性刚毅，以诚为本。一生不伪，德贯天人，学极古今，洙泗伊洛。继统惟深，其接人也。容貌粹温，于和乐中，有恭敬存，其作文也，辞义典雅，顷刻成篇。足服班马，猗嗟若人，邦家宝也，在崎多年，世无知者，水户上公，间世明君，道德文章，出类拔群，先生赴召，过我衡门，岂图此别，永为终天。既至武阳，礼待日隆，释奠云行，周道兴东，信道崇圣，百禄是宜，人道之美，何事如之。呜呼哀哉！天和二年四月乙未，天不憋遗，溘乘云气，闻讣恸哭，绝而复苏，哲人云萎，吾道复孤，不侍汤药，不与窀穸，泣血号天，徒为毁瘠。奉别以往，忽十八祀，流化跳丸，复易年矢，追思昔游，不可再得，新树郁葱，听鹃怆恻，我有书笥，盈先生简，每一展开，哀慕无限。呜呼先生，知我望我，今也既逝。学殖云堕，有疑谁问。有过谁督，有事谁计，有怀谁告，先生之灵，上为列星，侑以芜词，鉴照我诚，呜呼哀哉尚飨！

张斐有“祭舜水先生文”两篇：

日本汉诗长老小野湖山在青年时代访水户谒朱之瑜墓时曾作过一首《朱舜水先生墓》：

安危成败亦唯天，绝海求援岂偶然。

一片丹心空白骨，两行哀泪洒黄泉。

丰碑尚记明征士，优待曾逢国大贤。

莫恨孤棺葬殊域，九州疆土尽腥膻。

康有为：“儒学东流二百年，派支盛大溯河先。生王难比死士垄，日本千秋思大贤。上续王仁传《论语》，隐同箕子访明夷。先生浮海能传教，却望神州应大悲。孔子已无丁祭拜，我游印度佛教绝，学风扫地丧斯文。一线儒传或赖君。德川儒业世昌半，楠社看碑访落红。十五年来重避地，每怀舜水庶高风。”

梁启超：

赵尔巽等：“之瑜严毅刚直，动必以礼。平居不苟言笑，唯言及国难，常切齿流涕。鲁王敕书，奉持随身，未尝示人，殁后始出，人皆服其深密谨厚云。”

许啸天：“舜水先生完全是一个实行家，他历史的前半段，是政治的实行家；后半段，却又是礼教的实行家。”

楼适夷在《朱舜水先生逝世三百年献词》里，对朱之瑜的生平事绩作了这样的概述：“大哉先生，吾乡巨哲。生当季世，阳九逢厄。满清入关，倾我社稷。一介儒生，志士广结，力挽狂澜，奋起抗击。跨海东瀛，乞师告急。扶桑流寓，江户讲席。交流文化，弘宣圣叶；胡运不尽，终老秉节。懿行殊勋，后世永式。三百周年，今逢祭日，两国俊彦，胜会吾邑。纪念前贤，显彰遗德。忝以后学，仰止先哲。羁身北国，适感小疾。乡老宠召，欲行未得，舜水悠悠，龙山霭霭。遥瞻盛典，驰恩无极，恭献芜言，衷表谨述：世代永好，共祝中日。”

朱之瑜在日执教，对水户藩和加贺藩影响最大。安积觉、今井弘济、小宅生顺等都是经德川光圀介绍对朱之瑜执弟子礼的。加贺藩主前田纲纪也很敬重朱之瑜，执弟子礼，所以他的属臣均拜朱为师。加贺藩的属臣奥村庸礼等人还把服部其衷、五十川刚伯、下川三省几个儒生介绍到朱的门下。后来安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省五人先后成了朱之瑜的近身弟子，并负起年事已高、不谙日语的老师的起居照料、侍奉，对外应酬、联系之责。这五位弟子中数安积觉日后成就最大，和德川光圀一起成为日本水户学派的领袖人物。他十三岁从师朱之瑜，接受蒙学。后因父亲病故回家奔丧而中辍学业。安积觉成年后，回忆起自己之所以能学有成就，是因为当年先生“课程严峻，晨读夕诵，故至今不忘耳”。朱之瑜很喜欢这个体弱多病的学生， 亲自为他题写一本作业簿，督促他“逐日书其功课”。安积觉到了晚年还告诫其孙辈：（舜水先生的）“片言只字，皆藏而宝护之，凡吾子孙，当敬之如神明，其有沦落丧失者非吾子孙。”

朱之瑜对其他几位近身弟子也尽心尽力，爱抚备至。他见下川三省“温存淳谨”，“抚之如慈母，督之如严父”。学生五十川刚伯学有基础，朱之瑜怕他“读书难入易出”，鼓励他不要虚费韶华，更上一层楼。服部其衷初投朱之瑜门下，因思乡不安心学习，朱之瑜既不急促，也不为他祚病所惑， 严格要求，一个月后服部其衷学业大进，和老师的感情也日厚笃深。朱之瑜在日本从事教育二十余年，其间，或执弟子礼，或从其质疑问学的学生远不止上述几位。学有成就的，还有林春信、佐左宗淳、人见传等人。

（朱之瑜书法作品图册部分来源）

师：朱永佑、张肯堂、吴钟峦

友：王翊

朱之瑜一生著述不甚多，大多为在日本时所撰，有《朱舜水先生文集》《安南供役纪事》《阳九述略》《释奠仪注》等。在他身后，后人整理有《朱氏谈绮》（安积澹泊编）、《朱舜水集》（朱谦之整理）及《新订朱舜水集补遗》（徐兴庆编，台湾大学出版中心2004年版）。

清朝时，余姚人民在余姚城老西门外姚江边，先后为朱之瑜、严子陵、王守仁、黄宗羲建立“先贤故里碑亭”，新中国成立后迁至龙泉山。在“明徵士朱舜水故里”碑亭，刻有盈联“东海蹈曾甘家老逊荒千载斯文归后死“南天擎独苦臣心如水一江终古属先生”横额“胜国宾师”。

1982年，日本朱舜水先生纪念会、日中文化交流协会为纪念朱之瑜逝世三百周年，在他的故乡余姚龙泉山建造“朱舜水先生纪念碑”。5月，以日本参议员户叶武为团长的代表团一行专程来余姚，参加纪念碑的揭幕式。碑正面刻有书法家沙孟海撰写的“朱舜水先生纪念碑”八字行书；碑后刻着“纪念中日文化交流之先驱朱舜水先生逝世三百周年”，落款是“日本朱舜水先生纪念会，日本、中国文化交流协会”。碑后种有两颗苍松；碑前为日人种的两颗柏树，象征中日友谊如苍松翠柏，万古长青。

浙江省余姚市城关镇龙山弄8-13号有朱舜水纪念堂，原名崇孝祠，朱之瑜是祠下子孙。宗祠自1995年修缮后辟为“朱舜水纪念堂”。

朱之瑜逝世后第十天，德川光圀破例为他依明朝式选址成坟，使其被葬在常陆久慈郡大田乡（今日本茨城县常陆太田市）瑞龙山麓的水户德川氏墓地，德川光圀率其世子德川纲条及诸朝臣临其葬。墓正面为德川光圀亲题隶书“明徵君子朱子墓”，两侧碑阴，即安积觉所刊之文；墓前左右有石片对立，如中土照门；旁有土坟起，半环如脊，仿佛护龙；墓道西向，据说是当时为遵朱之瑜遗嘱而特意安排的，表示不忘中土之意。

1976年，日本知识界在茨城县为朱之瑜树立纪念碑，以表怀缅之情。

水户市立有日本十大思想家的塑像，朱之瑜是其中唯一的外国人。

日本天和四年（1684年），德川光圀命建舜水祠堂于朱之瑜晚年居所——驹込屋敷中，同年十二月又迁入堂内，德川光圀亲举祭礼。祠堂内的朱之瑜牌位，则按日本神社中的神主式样设立，分内外两层：外题“大明徵士朱舜水谥文恭先生之神主”，内题“大明故舜水朱讳某鲁玙神主”，左右题生卒年月。此后几乎每年德川光圀都要亲祭或派人代祭舜水祠堂。1700年德川光圀逝世后，祭祀活动时断时续，祠堂也从江户迁至水户。现祠堂建筑已毁，祠堂外观图和祠堂平面图则存于水户彰考馆。

1912年6月2日，日本全国“朱舜水纪念会”在原驹込屋敷所在地召开了“朱舜水永住日本250年纪念大会”，并在他的原住地建了一块“朱舜水先生终焉之地”的纪念碑。1989年，因城市道路建设的需要，东京都教育委员会又将此碑移至距离原址二百米处的东京大学农学部校门旁，并立牌撰文以说明之。

1981年，为纪念朱之瑜逝世二百九十九年，日本知识界的旅日华侨集会隆重举行“朱舜水三百年祭”（日本风俗先一年预祭），并成立“朱舜水遗德显彰会”。