值得一提的是，李元阳陶醉于苍洱山水，却对鸡足山情有独钟。他与鸡足山高僧大德探讨佛理、唱和诗文，交往十分密切，还出资出力兴建、重建或扩建鸡足山寺院，著诗文数十篇，立碑十余通，介绍鸡足山。可以说，明清时期鸡足山的兴盛并成为佛教名山，与李元阳密切相关。《鸡足山志》中写道：“山中寺院，凡倾颓者，无不修葺，并为撰文。鸡山之盛，公为首功矣。”这样的评价是恰如其分的。

方志是中国特有的传统文化形式，被称为“地方典献”、“致用经籍”。作为本土著名学者，李元阳以其学识和威望，竭力倡导并亲自编纂方志，这也是他隐居后最重要的学术活动。李元阳曾三次编写方志，第一次是1542年，其返乡不久就与杨士云合作编修了《大理府志》刊印行世，后此书失传，具体情况已不可考；第二次是1562年至1563年，他独立修撰了嘉靖《大理府志》十卷；第三次是1576年，编纂完成了万历《云南通志》。

因兵燹战乱，嘉靖《大理府志》流传至今的只有目录及正文卷一、卷二。由于明代云南的府、州、县方志多数没有付梓刊刻，而刊刻印行的后又流失散佚，流传保存至今的只有寥寥数种。因而该志虽仅存卷一、卷二，其保存的有关明代大理地区的山川、形势、物产及大事、沿革方面的资料，却显得弥足珍贵，深得后世赞许。

万历《云南通志》是第一部由云南少数民族本土学者编纂的省志，以编纂年代顺序，为现存第三部完整的云南省志。万历《云南通志》共十七卷，分地理、建设、赋役、兵食、学校、官师、人物、祠祀、寺观、艺文、羁縻、杂志等十二志，下又分为五十八目。该志吸收历代地方志的优点，以独具匠心的编排、类列分明的条目、旁征博引的资料、独到的见解而为后世所瞩目。其中《赋役》、《兵食》、《羁縻》、《学校》诸志系李元阳首创，亦为后代云南省志所承袭。

李元阳为官十多年，任过县令、府守等亲理民政的地方官，有浓厚的“经世”思想和丰富的社会实践经验，因而十分重视方志的“经世致用”功能，强调方志不仅要 “采诸故实，征诸人事”，更应“将施有政”，使“善为政者成其务”。他深知经济、军事对社会发展和安定的重要性，故万历《云南通志》大量使用档册及采访材料，详细记录与人民生产、生活息息相关的事项，保存了许多珍贵史料。譬如，在该志“物产”中有关“玉蜀黍”、“蕃薯”（即今俗称红薯）等外来作物的记载，为今天研究外来作物传入中国的时间、地点、路线提供了重要的依据和佐证。旅美著名历史学家何炳棣在研究玉蜀黍、蕃薯传入中国的课题时，“基本翻遍了美国著名图书馆所藏的3000种方志”，得出结论说：“最重要的史料是李元阳1563年版的《大理府志》和1574年版的《云南通志》”。这充分表明万历《云南通志》在记载经济方面的内容，尤其是物产方面，不仅在西南，就是在全国也属上乘佳作。可以说，万历《云南通志》是云南方志编纂史上的一个里程碑，对后世的方志编纂有很大的影响。

李元阳是古代云南最著名的山水诗人和游记作家。明嘉靖二十一年（1542年），酷爱游山玩水的李元阳“以外艰（父丧）去任，遂里居不出。”以后的30多年间，他首先将他的居住地改造成为一个园林，以便悠游林下、寄情山水。他于宅后作“默游园”，郭外作缨江、艳雪二亭台，鉴湖、绿野二楼，日夕读书论道其中。其读书亭近中溪，自题对联：“花间鹤是仙都送；阶下泉从雪涧来。”有友赠联云：“一人林下烹仙茗；万卷堂中听响泉。”接着便四处出游，足迹几达半个云南。

省城昆明是李元阳访古探幽的重点。他从高泛舟滇池，被周边的湖光山色所陶醉，深情地写下了：“不到昆明三十年，重来今日已皤然。担头诗卷半挑酒，水上人家都种莲。山色满湖能不醉？荷香十里欲登仙。碧鸡岩畔堪题字，好把滇歌取次镌。”太华山（昆明西山）的罗汉岩（龙门所在地）特别险奇，《一统志》载：“在太华右，卓立海岸，其南峭壁千仞，常绕白云；其北迤逦幽奥，相传为梁王避暑宫。”李元阳泛舟滇池后，登山漫游罗汉岩，被罗汉岩的险奇所吸引，写下了一首长达200多字的古体诗《罗汉岩》：“湖山飞岩映波绿，石壁插水山不足。舣艇跻攀到上头，下见湖光洗寒玉。寒玉汹涌动席前，二十万顷涵云烟。冥冥一鹤飞不去，天际回翔似有缘……”西山诸峰中，还有一座山峰“状若耳窍，因名进耳。”进耳山上有一座环境清幽的进耳寺，李元阳漫步在进耳寺里，口占了一首七律：“江海闲身得漫游，莲宫一榻喜清幽。湖窥水鉴频疑曙，风度岩廊易作秋。千里遮围山势合，孤帆迢递海门收。禽鱼上下应无数，独羡安眠沙际鸥。”“螺峰拥翠”是明代昆明的六景之一，螺峰山也名圆通山，山下有元代古刹圆通寺，山上亭台楼阁隐现在茂密的树林中，是文人墨客重九登临的首选之地，也是善男信女烧香拜佛的重要场所。一生礼佛并写过许多禅诗的李元阳，曾多次到圆通寺朝拜。有一次，他朝拜毕佛祖，从圆通山南麓陡峭的石壁下登山，被陡峭、多姿的石壁所打动，不禁写下了一首七绝：“铁壁蜷然拥绀宫，曲崖石磴穿玲珑。何年脱下苍龙骨，至今鳞甲生秋风。”

嵩明药灵山，又名秀崧山，海拔2627.4米，是一座风光旖旎、生长着300多种药材的名山，山上有一座很有名气的何有庵。李元阳有感于庵主“白斋师”的为人，特写了一篇《嵩明何有庵记》。该记在称颂了“白斋师”的为人后，还对何有庵的环境和设施有所记录：“按状，庵跨崧山，前为楼阁奉弥勒像，后为观音殿，左为茄蓝殿，右为祖师堂，金碧丹垩，在翠烟碧澜之上。左山为蟠尾，凡三。顾右，则海子三隐三现。”

家乡大理，更是到处都留有李元阳的足迹。他泛舟洱海，观察之细，令人赞叹。白天的洱海是：“洱波三万顷，轻舟泛长风”；夜晚的洱海是：“不见波跳险，但闻摇橹声。渔灯在一舍，斗柄正三更。”；晴天的洱海是“琉璃泻万古，灏气开鸿蒙。风恬水无波，一镜涵虚空。澄明万象丽，照耀金银宫。中流棹讴发，心与境俱融。”；阴雨的洱海是：“风轻雨细一江浪，凫没鸥兴几叶舟。”居住在苍山中溪旁的李元阳，对苍山的描写就更多，更细腻了，从宏观上看苍山是：“点苍山势若游龙，深入烟霞第几重？二十四峰青欲滴，中间一朵白芙蓉。”（《游苍山背白石岩》）；从微观上看苍山“玉带云”是：“苍山多白云，鲜妍逗高岊。风吹云缕分，如丝又如缬。悠扬出崦嵫，萦回恋□嵲。暂开非有祛，才定翻成掣。翩然鹏翼垂，郁彼隼旟揭。来封隐士庐，占断苍虹穴。色形稍染日，石碍疑堆雪。须臾风候殊，变态不容瞥。但见翠微间，玉英纷点缀。逢迎似袂连，接续如牵绁。一带縆山腰，玉光同皎洁。横亘百里长，延缘浑如截。曙色欲曈昽，见者为击节。方舆富伟观，此境真奇绝。传图反见疑，欲说难为舌。汉家禅五陵，兹山方隔别。留与山中人，晨夕自怡悦。”（《点苍山夏秋有白云如带，横亘山腰，世称奇绝》）。苍山马龙峰和圣应峰之间的“清碧溪”，是苍山的一个著名景观。那里，自上而下有三潭清澈、甘洌的泉水，称为“水叠三潭”。李元阳曾三次探访这个名胜，并写过一篇《游清溪三潭记》。他在这篇游记中说，清碧溪之水“明莹不可藏针”，水底青绿黑白的石子“丽于宝玉”；还说，若有树叶落到潭中的水面，就会有小鸟立即飞到水面用嘴叼去；“下潭水光深青色，中潭水光鸦碧色，上潭水光鹦绿色。”

漾濞县境内，苍山龙泉峰与玉局峰西麓，有闻名遐迩的石门关。李元阳游览石门关，被石门关的险峻和奇景所震撼，曾写下《石门山行》、《游石门关记》等诗文。《石门山行》是一首七言古诗，该诗长达210字，将石门山的险峻和奇异景观写得淋漓尽致：“石门倚天千仞青，花源崖夹春冥冥。芝墙瑶洞杳莫测，羽衣金节藏仙灵。仙人乘鸾从此去，石扇千年永不扃。上有五城之绛阙，雨旸祈报称明馨，我来窥门入不得，遥寻石磴迂游軿。须臾得到洞天上，拜谒虚皇礼列星。万丈铁崖无尺土，淄泉直落声丁丁。青冥下视不见底，白昼倏忽生雷霆。……”

剑川西南25公里的地方，有一座佛教名山石宝山。李元阳曾两次到此访古探幽，第一次是嘉靖九年（1530年），李元阳陪同被谪戍云南永昌的四川状元杨慎一道登山；另一次是32年之后的嘉靖四十一年（1562年），李元阳与弟李元和等人重游。两次游览石宝山，李元阳都写有详细的游记，第二次游览时，他还在石宝山的崖壁上题了这样一首诗：“剑海西来石宝山，凌风千仞猿猱攀。岩唇往往构飞阁，石窟层层可闭圜。恍疑片云天上落，五丁把往留人间。霜痕雨溜石色古，璆琳琅玕何足数？老藤穿石挂虚空，欲堕不堕寒人股。”

宾川鸡足山海拔3240米，是中国五大佛教名山之一，明代时有大小佛寺、庵院100多所。李元阳嘉靖二十五年（1546年）游鸡足山，写有长达2400多字的《游鸡足山记》，对鸡足山的风光、佛寺、僧人有较详细的记录。李元阳游鸡足山，还写有一首五言古诗《同诸人渡榆水上鸡足山大顶》，这首长达260字的诗描写了他与诸人登鸡足山时所见到的许多景观：“乘兴访名山，发掉榆河涘。兰舠辞碧波，跃浪看鱣鲔。……突见华首门，下拜斯为美。古松千尺强，马远画中似。桧枝如建纛，半被雷火死。排空罗汉壁，嵌洞援藤藠。……”

李元阳的山水诗清新、隽永，具有很强的生命力。他曾说：“古今游观题咏，不在园苑则在宫观，不在宫观而在岩洞，皆以山水形状之变无穷，故章句之变亦无穷。然寄墨于园苑者以年计，寄宫观者以世计，寄岩洞者与山河同其永矣。”李元阳的游记大多景不虚设，必在写景中摇荡胸次，写出生生不尽的意来。如游鸡足山天柱峰普光殿，见大殿恢宏，不由得生出了“追维存殁”之情来，“恨殁者长往，存者不再见矣。江山千古，登眺须臾，胜迹既留，音容在目。”（《游鸡足山记》）李元阳游记的另一特点是文有赋心，但又脱去汉代大赋不厌其烦的长篇铺叙、堆砌辞藻的恶习，而具有六朝抒情小赋清新明丽的特点。如《翠屏草堂记》篇幅短小、文辞清丽，就体现了抒情小赋的特征。有人认为，李元阳的游记宗法于柳宗元，且得其神髓，如果就其风格的瘦削、幽远，艺术上的融情于景、铺排收结来讲、李元阳的确是学柳而得柳。不仅如此，李元阳的游记也于法外创新，如风格的峭洁就甚于柳宗元。

李元阳才情并茂，长于诗词创作。他的诗大多数创作于隐居后，以反映蛰居生活、寄情山水的内容为多。《默游园记》：“手种园林满落霞，闲来钟罄听儿挞。竹间笔砚誊诗草，楼上香炉供法华。窗岫爽添三伏雪，阶泉寒绕四时花。闻之天上夸兜率，孰与榆城处士家。”就是其晚年宁静生活的真实写照。

李元阳深谙佛道，洞穿世事，其诗澹泊、旷达。刘文征天启《滇志》称其诗“森爽潇洒，有尘外致”，这是有道理的。的确，他的山水诗中常常蕴涵着佛的灵妙、道的高洁，如：“日晒苍山雪，瑶台十九重。白圭呈众谔，玉镜出奇峰。涧口羊蹲石，枝头鹤压松。九洲多杂染，太素此提封。”然而，身似悠然，内心却充盈着矛盾与苦闷，“点苍山月碧玻璃，光泛榆河万顷波。却亿美人何处是？欲随风到玉关西！”《病》中亦写到：“久知身是幻，何处归愁肠。”但他亦非消极遁世，清新淡泊却不废青云之志。《闲咏》：“灰心不待老，世味久已泊……浮邱昔所宗，无生倘能托。”《眺望点苍山》：“夙心在翠微，安得随高鸟！”等等，正是这种心境的自然流露。

李元阳的诗也有不少是反映现实社会生活的。《喜雨》、《雨望》、《苦雨叹》、《征妇怨》等诗，描写了水旱灾害及征战给人民带来的痛苦。如，《苦雨叹》：“檐涌滴不绝，寒意入衾绸。哀彼茅屋人，相向双涕流。玉桂悲粒薪，宁思身上袭？门无丁壮儿，逐役何时休！”他严厉抨击封建王朝对云南少数民族发动的战争“损国威，剥元气，莫此为甚矣！”

李元阳还长于文，创作了不少散文、游记、序跋、碑铭之类。其游记如《榆城近郭可游山水记》、《游鸡足山记》、《石宝山记》，描写大理白族地区绮丽的自然风光，表达了热爱祖国山河的真挚感情。如《榆城近郭可游山水记》写到：“若夫苍山之色，春黛而夏绿，秋翠而冬苍；雪睿经朱夏而耀银，溪水下渠漱玉。四塔标空，宝顶出入云上；一江涵碧，天镜堕于地中。烟树蔽亏，林密幽映，此则一入其境而目为之明，暂杷其光而身为之使者也……”《清碧溪三潭记》写到：“源出山下石间，涌沸为潭，深丈许，明莹不可藏针。小石布底累累，如卵如珠，青绿自黑，丽于宝石，错如霞绮。”行文寓骈于散，状物惟妙惟肖，抒情直泻胸臆，情景交融，生动真切。壮丽苍山与秀美洱海的景致，与其松立险壑的品节，跃然字里行间。李元阳的序跋、碑铭则温文尔雅，圆润流畅，在艺术上超过了历代白族文人，至今为人称道。

李元阳工于书，书法温润拙朴，蔚为大家。不仅大理地区，省内昆明、安宁、腾冲的庙宇碑文撰书多出其手，远至湖北、福建也有其书法碑刻流传于今。

李元阳的人品学识为时人推崇，与其同时代的“嘉靖八才子”之一任忠斋，就曾评价说：“中溪晚年之学，如霜清岁晏，万象森严，长松在壑，剥落英华，收敛神气，复归乎其根也”。而他的道德文章，又为后人景仰，李元阳之后的明清云南省志和大理地区的府县志，多为之立传，表彰其事迹。甚至在白族民间，至今还流传着许多有关李元阳的故事传说。

与杨士云同修《大理府志》，并修订《云南通志》。著有《心性图说》、《艳雪台诗》、《中溪漫稿》。在闽中曾校刻《史记题评》、《十三经注疏》、《杜氏通典》等计764卷。