成化十四年(1478)进士，授行人，出使庆王府。三年后，选为南京广西道监察御史，太监梁芳、陈某怙宠市权，而南京太监郭镛横行，擅入后湖，李善与同官缪樗等上疏极言，虽不报，但三人受宠由此衰落。受命清理江北诸郡尺籍，刮弊剔蠹以影射出者八百人有奇。

弘治元年（1488），以父丧归，终制，改任浙江道，出按辽东。总兵官罗雄偷安弛备，太监韦朗纵其舍人侵渔军饷、夺人妻女，闻李善至，皆恐惧而不敢复为。都督王铠、孙贵皆以不称职，被李善所劾罢。

寿宁侯张鹤龄的族子倚仗权势，欺压百姓，李善说：“教授，侯门之钤，钤弗严，故至此矣。”于是参劾其教授姚伦就问，教授惧走，匿藏侯府不出，李善于是弹劾寿宁侯交出教授就问，寿宁侯家以罪发戌者若干人，京师远近哗然，皆知有李御史也。寿宁侯怀恨在心，挑剔李善，明孝宗震怒，欲置于理，被陈宽等人谏止。吏部恐终不免，遂拟升河南按察佥事。都指挥李贤守备嵩卢，滥受民词，纳贿无厌。李善分巡河南道，乃劾罢去。