2012年9月9日 李慧琼以277143票当选香港立法会区议会（第二）功能组别议员（俗称超级区议员）。

2015年4月 当选为民建联新一届党主席，成为该党创党近23年来最年轻的党主席，亦是首位女主席。

2016年3月17日 身兼香港民建联主席的行政会议成员李慧琼宣布，辞去行政会议一职，否认参选特首。

2016年10月13日 香港立法会选举,内会主席由李慧琼以三十八票比二十三票击败郭荣铿当选立法会内务委员会主席！

2020年5月18日，李慧琼以40票当选香港立法会内务委员会主席。

2020年10月09日，主持内会主席选举的马逢国宣布，民建联立法会议员李慧琼以39票高票当选内会主席。

2021年12月，香港特区第七届立法会选举投票于19日23时左右结束。经过点票，香港选举事务处于20日公布第七届立法会分区直接选举界别投票结果，李慧琼入选。

2022年12月，当选香港特别行政区第十四届全国人大代表。

2023年1月4日，香港立法会秘书处发布，李慧琼当选立法会内务委员会主席。

香港爱国主义教育工作小组组长。

2008年初，李慧琼代表民建联以九龙城区议会议员的身份去信区议会小组及立法会，要求将沙中线土瓜湾站由原来的土瓜湾道近九龙城码头与翔龙湾之位置迁往宋皇台道交界，被指其在宋皇台道附近的傲云峰拥有物业，且为土瓜湾北选区的议员，有利益冲突之嫌。事件后来获区议会内建制派、民协区议员及港铁的支持，却引起一些南土瓜湾居民包括近九龙城码头一带的翔龙湾与伟恒昌新村的居民不满，后更成立南土瓜湾关注组以争取权益。李慧琼又建议透过轻轨列车将前启德机场用地的邮轮码头与规划中之沙中线接轨。

李慧琼曾被指与民建联的经济事务副发言人及援交问题项目负责人陈仲翔盗用援交少女之资料向外发布了《援交调查第三期》报告，却被指原来是剽窃自关注性工作者权益组织的紫藤的20名援交少女之资料。紫藤直斥民建联之行为可耻，并发表严正声明指出“没有与民建联合作任何有关援交的调查，亦为民建联欺骗公众、向公众作出不诚实公告的行为感到遗憾。”李慧琼等民建联成员指2009年6月开始展开合作关系，交流保护援交少女的看法；双方立场不尽相同，但仍决定进一步合作，如其后共同草拟文件予警方、与警方会面和出席论坛等。李慧琼坚持不会就事件道歉，且反驳调查是民建联跟紫藤合作调查所得，认为紫藤的“可耻论”为言过其实，并指对方的声明措辞过份强烈，又反指从没有表示不准引用有关资料。紫藤方面指无法接受有关解释，重新申明对民建联的可耻谴责维持不变。

2009年12月25日，有署名“762”的网民于上传名为《我的师姐李慧琼》的短片，指李慧琼是香港科技大学首位成为立法会议员的毕业生，更指她为“科大之光”。

2010年1月，李慧琼拒绝签署由世界自然基金会发起支持将濒危物种蓝鳍吞拿鱼列入《濒危野生动植物物种国际贸易公约》限制其贸易以加强保育的声明，其中的原因之一竟是因为女儿爱吃日本菜，怕女儿会因为李慧琼签署公约而不喜欢。

2010年5月，李慧琼于选区内张示英文横额，原意是关怀少数族裔（Caring for ethnic minorities），但职员将横额写成“Caring for ethic minorities”，直译为“关怀道德少数”。时事评论员林忌撰文影射李慧琼，称她其实是关怀民建联这个“少数道德无耻”的组织。

香港最大政治团体民主建港协进联盟(民建联)副主席、特区立法会议员李慧琼认为，反对派议员联署反对政改方案，动摇了中央与反对派沟通对话的基础，不仅对推进香港民主进程没有帮助，更会带来反效果。她对李飞取消下月访港感到可惜。

第十四届全国人大常委会委员，第十四届全国人大代表。

2020年5月18日，香港立法会内务委员会再次举行主席选举，李慧琼以40票当选香港立法会内会主席。

2022年1月10日，香港特区立法会内务委员会主席及副主席的提名结束，李慧琼当选立法会内务委员会主席。

2023年1月4日，香港立法会秘书处发布，李慧琼当选立法会内务委员会主席。