万历元年（1573）,因东南沿海受倭寇侵扰，奉命前往浙江行省抚标练兵，法令严明，倭寇不敢进犯。九年改任军门总务。十年士兵因减少军饷闹事，要挟巡抚，一些民众想乘机作乱，气势汹汹。承勋以权宜之计予以安抚，稳定了局势。次年春，设计擒拿为首的9名军人枭首示众军门。因功荐升游击将军。十六年,承勋将戚继光所撰的《纪效新书》十四卷刻本发行。二十三年（1595）,升授蓟辽参将调往山东防备倭寇，不久荐为镇守山东总兵官署都督佥事，以荐赐一品服，提督南北水陆官兵，防备倭寇侵犯朝鲜。承勋治军严明，严禁部下索取民间一物。二十七年三月,神宗命征倭总兵麻贵、陈璘、董一元等从朝鲜撤兵回国，任命承勋以原官提督水路官军,充任防海御倭总兵官,入驻朝鲜。倭寇驻扎对马岛，与朝鲜仅一洋相隔，闻李承勋日夜操演，炮声殷地，不敢再来犯。二十八年，承勋率军班师回朝。朝鲜君臣赋诗赞扬他，大臣尹根寿诗曰“昭代须名将，求忠孝亦俱。每怀酬顾复，何睱惜肌肤。”承勋还朝回京，朝廷赐以帑金文绮，派遣他镇守贵州。不久改镇浙江，三十一年（1603）五月，李承勋陪同浙江督抚都御史尹应元视师海上，登陆普陀山，并在普济寺左建“渡海纪事碑亭”，遗存至今。